После событий 1917 года Ян, хотя и без особой охоты, остался в городе на Неве. Во время восстания кронштадтских моряков он показал себя энергичным, решительным и справедливым врачом. Спустя несколько лет, когда облик России коренным образом изменился, Ян, как выдающийся специалист по болезням сердца, снискал популярность среди высоких московских сановников, которые терпеливо сносили предписываемые им утомительные обследования. Однажды в его кабинет пожаловал академик Кузнецов и передал ему распоряжение самого Егорова принять участие в важном консилиуме. 18 апреля в сумерки Яна в черном автомобиле привезли в кремлевскую больницу, где он якобы участвовал в консилиуме вместе с Кузнецовым, Розенкранцем и специально вызванным из Казани академиком Борисевичем.
Три года спустя Яна арестовали. Главной уликой в деле была фотография молодой женщины с штампом «Фото Атлас — Хожая, 17» и надписью на обороте синими чернилами: «Дорогому пану Яну с сердечной благодарностью за помощь — Эстер Зиммель. Warschau 11 апреля». Фраза эта, написанная по-немецки, возбудила подозрение тех, кто производил обыск в квартире на третьем этаже клиники на Садовой, тем более что кроме фотографии среди бумаг Яна обнаружили также письма на польском языке, подписанные «Александр Целинский» и отправленные в Петербург из немецкого города Гейдельберга. Следствие продолжалось две или три недели, после чего — как сообщила в одном из октябрьских номеров «Правда» — Яну и еще нескольким врачам предъявили обвинение. Было установлено, что они участвовали в разработке планов строительства туннеля под Ботническим заливом, через который в критический момент будущей войны немецкие войска, поддерживаемые японским десантом, должны были молниеносно добраться до пригородов Петербурга, бывшей российской столицы, недавно переименованной в Ленинград.
Те, кому удалось выйти из тюрьмы, не скрывая удивления, рассказывали, что в ходе следствия Ян признался во всем, в чем его обвиняли, хотя пыткам не подвергался. На вопросы он отвечал тихо, но отчетливо, не глядя на следователя, словно не имел отношения к тому, о чем говорил. Он также охотно излагал на бумаге «преступные» эпизоды своей биографии и красочно описывал грядущую войну на скованных морозом равнинах за Уралом. Исполнения приговора он дожидался в одной камере с академиком Борисевичем. По словам свидетелей, в последнюю ночь они вспоминали любопытные случаи из своей многолетней хирургической практики, а также рассуждали о том, насколько обоснованы — как выразился на рассвете Ян — надежды, что уже через несколько лет можно будет проводить операции на открытом сердце и смерть перестанет существовать.
Приговор был приведен в исполнение 12 мая в подвале в правом крыле тюрьмы. Надзиратель, который около пяти утра отвел Яна в бетонный подвал без окон, освещенный голой электрической лампочкой под низким потолком, приказал ему встать на колени на мокрый пол лицом к стене, а поскольку заключенный отказался исполнить приказ, вынужден был применить силу.
Как впоследствии выяснилось, «немку из Дерпта», чья деятельность причинила столько вреда, звали вовсе не Эстер Зиммель, а Эстер Зиммлер, однако прокурор Вышинский счел, что эта деталь не имеет существенного значения для дела, ибо следствие подтвердило вину обвиняемого во всей ее полноте.
В бывшей квартире Яна на Садовой, доставшейся семье академика Кузнецова, был обнаружен порванный пополам листок, исписанный чернильным карандашом. Листок этот попал к Игнатьеву, который несколько раз обращался к Яну за медицинскими советами и однажды, не зная, что случилось, зашел на Садовую, где застал уже новых жильцов. Рассказывая об этом в конторе на Злотой, Игнатьев вынул из бумажника разорванный листок и со странной улыбкой протянул отцу Александра. На листке были какие-то заметки, которые проводившие обыск на Садовой чекисты, вероятно, не посчитали нужным приобщить к делу.
«Не видеть. Не слышать. Не чувствовать. Закрыть глаза. Закрыть и не открывать. До конца. Но как крепко ни зажмуривайся, видеть ты не перестанешь. Всегда какое-то мелькание разноцветных линий. Воспоминания. Картины. Ты не перестаешь видеть, потому что ты есть. Потому что никогда не перестаешь быть.