Месяц спустя Ф. Палацкий опубликовал статью, обвинив газету в невежестве и недобросовестности, в раздувании национальной ненависти между чехами и немцами, в том, что она помышляет «отнять у нас наши драгоценные сокровища». Однако, решив не втягиваться дальше в разгоравшуюся полемику, Ф. Палацкий сообщил, что отныне не участвует в распре.
Тем временем в «Богемском вестнике» одна за другой появились пять статей о подложных рукописях. Спор вышел за границы литературной полемики.
Всех занимал вопрос; кто осмелился посягнуть на национальные святыни? И так как статьи печатались без подписи и узнать автора было невозможно, то все обвинили редактора газеты д-ра Д. Куга. На него и обрушили критику защитники рукописей. Дошло, наконец, до того, что оскорбленный и разобиженный Ганка по наущению друзей подал в суд на редактора за клевету.
Началось следствие, которое тянулось несколько месяцев. Общественность напряженно следила за ходом дела, ожидая решения почтенного пражского суда: уступит ли он общественному мнению или оправдает того, кто посмел оскорбить всеми уважаемого «пана библиотекаря».
Суд внимательно изучал данные экспертизы, заслушивал показания свидетелей. Отыскали и пригласили в суд даже очевидца, некоего Ф. Стовичека, счетовода приходской церкви из Двур-Кралове. Он показал, что еще мальчиком рассматривал в костеле старинную рукопись. Через несколько лет, в 1817 году, Ганка нашел рукопись, и счетовод узнал ее. И вот опять, спустя сорок два года, взглянув на КР, он вновь подтвердил, что это и есть та самая рукопись. Памятливый счетовод брался даже указать, какие внешние изменения претерпели пергаментные листки за пятьдесят с лишним лет.
Опираясь на эти, прямо скажем, весьма сомнительные показания, суд установил лишь, что Ганка нашел КР в Двур-Кралове. Дальше этого дело не пошло.
Чем же закончился этот знаменательный и редчайший в своем роде процесс?
Редактора «Богемского вестника» приговорили к двум месяцам заключения, штрафу в сто флоринов и возмещению судебных издержек. Он подал апелляцию самому императору. В Вене вняли его жалобе, и исполнение решения суда было приостановлено.
Тем не менее защитники рукописей и самого Ганки сочли, что процесс «кончился не только положительным оправданием Ганки, но и блистательным доказательством подлинности памятников».
Впрочем, Ганка не был открыто оправдан решением суда. Несмотря на это ликование было всеобщим, повсюду приветствовали «пана библиотекаря», в театре организовали патриотические представления — показывали живые картины на темы песен КР. Власти опасались такого рода спектаклей — ведь они могли вылиться в демонстрацию политического протеста против Вены. Здесь прекрасно понимали значение рукописей, справедливо усматривая в их защите проявление борьбы за суверенность чешского народа против австрийского господства. Это действительно было так. Надо лишь добавить, что историко-литературный спор приобрел, как заметил в свое время А. Н. Пыпин, характер «столкновения» между чехами и немцами. И те и другие в споре о рукописях смешивали археографию как науку с политикой, и многим чехам рукописи казались тогда такими китами, на которых стоит земля чешская: отымите этих китов, и погибнет чешская народность. Вот почему и судебный процесс был процессом, в сущности, политическим.
В наши дни, когда стали доступны архивы того времени, установили, что пражский полицейский комиссар стремился дискредитировать рукописи, понимая, что они поднимают у чехов антинемецкий дух. Если бы удалось доказать, что рукописи возникли в XIX веке, то есть поддельны, цензуре ничего не стоило их запретить.
Хотя Ганка и не был официально признан непричастным к созданию рукописей, он мог торжествовать. Как-никак одержал победу, формально выиграл процесс, «вышел из него, — по словам профессора Харьковского университета П. А. Лавровского, хорошо знавшего Ганку, — подобно золоту, очищенному в огне, еще светлее». Однако для самого Ганки испытание это оказалось роковым. Слишком много пришлось ему пережить в эти тревожные дни, ведь на карту было поставлено все: научное имя, авторитет и репутация ученого, наконец, вся жизнь. Страх разоблачения преследовал Ганку. И несмотря на сочувствие многих и даже публичные демонстрации протеста против нападок на него, он испытывал всевозрастающую нравственную тревогу. Семидесятилетнему старику это оказалось не под силу и, проболев двенадцать дней, 12 января 1861 года он скончался.
Никто не сомневался, что причиной смерти стал злосчастный процесс, который он сам, впрочем, и затеял (замечу, что и Макферсон умер в тот момент, когда создали комиссию для расследования подлинности стихотворений Оссиана, не дожив до разоблачения своей подделки).