Возможно, один из факторов, обусловливающих разнообразие языков, имеет генетическую природу. Было показано, что географическое распределение использования основного тона голоса (для передачи грамматического и лексического значения) коррелирует с распределением частот генов ASPM and Microcephalin, отвечающих именно за эти тона.
Ключевые свойства сознания, направлявшие эволюцию языка, почти наверняка появились раньше, чем сам язык. Полагают, что их истоки находятся в ранней, более фундаментальной архитектуре когнитивной деятельности. В молодых языках, например креольском и пиджин-инглиш, а также в повсеместно используемых языках жестов, отмечена вариабельность порядка слов, что свидетельствует о гибкости в развитии синтаксиса. Конечно, синтаксис этих языков мог претерпеть влияние обычных языков, но по крайней мере в одном случае такое влияние можно исключить. Речь идет о языке жестов бедуинов Аль-Сайид. Эта изолированная эндогамная группа проживает в районе Негев (Израиль). Она была основана примерно 200 лет, то есть семь поколений, назад и ныне насчитывает примерно 3500 человек. Ее отличительной особенностью является высокая встречаемость полной доречевой врожденной глухоты, связанной с рецессивным геном на хромосоме 13q12. За последние три поколения в ней родилось около 150 глухих (все они — потомки двух из пяти сыновей основателей группы). Они прекрасно интегрированы в жизнь группы и общаются как между собой, так и со слышащими членами сообщества, на особом жестовом языке, сложившемся за последние 70 лет. Было показано, что этот язык имеет систематическую грамматическую структуру, позволяющую выразить грамматические отношения между элементами посредством строгих вариантов порядка слов. Эти варианты не имеют аналогов ни среди обычных языков, на которых говорят в этом сообществе, ни среди знаковых языков, используемых в этом географическом районе. Следовательно, можно считать, что эти грамматические структуры появились независимо в пределах нового языка.
Естественная изменчивость грамматики была продемонстрирована в одном исследовании, где последовательность действий испытуемых сравнили с порядком слов в предложениях, описывающих их деятельность. Так, носителей четырех языков (английский, турецкий, испанский и китайский) просили описать событие словами и реконструировать его при помощи картинок. При невербальной коммуникации испытуемые использовали одну и ту же последовательность: «агенс-пациенс-действие» или проще «кто действует по отношению к кому-что за действие». Это соответствует порядку слов «подлежащее-дополнение-сказуемое». Примерно так люди думают о действии. Однако при вербальной коммуникации на своем языке такой порядок использовался далеко не всегда. Порядок слов «подлежащее-дополнение-сказуемое» встречается во многих языках, в том числе в развивающихся языках жестов. Это наводит на мысль, что в глубине нашей когнитивной структуры заложено склоняющее к нему эпигенетическое правило. Однако грамматика конкретного языка, то есть конечный результат, очень вариабельна, и ее нужно выучить. Таким образом, и Скиннер, и Хомский были отчасти правы, но Скиннер был все-таки несколько ближе к истине.
Множественность путей эволюции элементарного синтаксиса заставляет полагать, что обучение языку у конкретного индивидуума диктуется лишь малым числом генетических правил. Возможно даже, что их нет вообще. Вероятную причину прояснили Ник Чейтер и его коллеги в своих последних математических моделях генно-культурной эволюции. Она заключается в том, что стремительно меняющаяся языковая среда просто недостаточно стабильна для естественного отбора. Изменения языка из поколения в поколение и от культуры к культуре не оставляют времени для генетической эволюции. Именно поэтому произвольные свойства языка, включая такие абстрактные синтаксические принципы, как структурирование фраз, маркирование падежей и согласование, не были встроены эволюцией в специальный «языковой модуль» мозга. Исследователи приходят к выводу, что «генетическая основа овладения языком не эволюционировала вместе с языком, а в основном предшествовала его появлению. Как предполагал еще Дарвин, соответствие между языком и механизмами, на которых он основан, возникло потому, что в процессе эволюции язык приспосабливался к человеческому мозгу, а не наоборот».