В тот же день, 15 марта, президент, его министры в сопровождении отряда в 100 человек покинули Гуадалахару, преследуемые все тем же подполковником Ландой.
По дороге беглецы остановились переночевать в селении Атаклан. Здесь их настиг и окружил подполковник Ланда. Казалось, смерть снова пришла за Хуаресом и его друзьями. Хуарес предложил своим министрам оставить его и попытаться по одному бежать. Сам же он, как и полагается главнокомандующему, останется с верными ему бойцами сражаться до последнего патрона. Министры Хуареса не пожелали покинуть его. Было решено всем вместе пробиваться сквозь окружение, что им удалось сделать следующей ночью.
Теперь уже это было не отступлением, а настоящим бегством. И тем не менее Хуарес и его друзья не падали духом. На всем пути простые люди — крестьяне, индейцы, горожане — встречали их хлебом-солью, преподносили цветы, оказывали всякого рода помощь. «Народ нас поддерживает, — говорил Хуарес своим спутникам, — а это главное. Наши враги могут нанести нам тысячу поражений, но одолеть пробудившийся к борьбе народ они все равно не смогут. Если мы проявим упорство и будем продолжать нашу политику реформ, победа будет за нами».
В Колиме, где власть удерживали левые либералы, Хуарес и его спутники смогли, наконец, передохнуть, привести себя в порядок и вновь наладить связь со своими единомышленниками в других штатах. Сведения, поступавшие в Колиму, были неутешительны. Генерал Парроди попал в окружение в Гуадалахаре и сдался противнику. В распоряжении конституционного правительства осталось всего 350 солдат и две пушки. На севере Мексики войну с войсками Сулоаги можно было продолжить только партизанскими методами. Учитывая создавшуюся обстановку, Хуарес и его друзья решили перебраться в Веракрус, где имелись хорошо вооруженные отряды Национальной гвардии и большой арсенал в крепости Сан-Хуан-де-Улуа. С суши Веракрус был защищен окружавшими его малярийными топями. Немаловажным соображением было и то, что для закупки оружия можно было воспользоваться доходами местной таможни.
Назначив на пост военного министра и главнокомандующего Сантоса Дегольядо, адвоката-самоучку, сына священника, стойкого левого, пользовавшегося большим влиянием в штате Мичоакан, где он являлся ректором университета, и поручив ему возглавить партизанские действия на севере страны, Хуарес со своим кабинетом покинул Колиму. В тихоокеанском порту Мансанильо 11 апреля беглецы сели на американский пароход «Джон Д. Стефенс», направлявшийся в Панаму. Там они пересекли железной дорогой перешеек и в Колоне, на атлантическом побережье, пересели на другой пароход, который с остановкой в Гаване доставил их в уже знакомый Хуаресу Новый Орлеан. Тут они совершили еще одну пересадку — на пароход «Теннесси», на борту которого 4 мая 1858 года прибыли в Веракрус, где местные власти приветствовали Хуареса 21 орудийным залпом. Наконец законный президент Мексики и его законное правительство обрели себе надежное убежище. Вскоре к ним присоединился Мигель Лердо де Техада, назначенный на пост министра финансов.
Веракрус считался не только морскими воротами Мексики, но и «легкими» любого правительства. Дело в том, что доходы таможни Веракруса составляли чуть ли не половину всех поступлений в государственную казну. Правительство, лишенное этого спасительного «легкого», было осуждено на скоротечную жизнь, и наоборот: тот, кто «дышал» через Веракрус, мог рассчитывать на длительное существование.
Жители Веракруса, тесно связанные с заморской торговлей, не терпели попов и продажных генералов. Здесь Хуарес находился в безопасности и его правительство могло приступить к исполнению своих обязанностей. В первую очередь следовало укрепить оборону города, усилить Национальную гвардию, наладить связь с провинциями, сплотить воедино всех недовольных режимом Сулоаги — местных каудильо, разночинную интеллигенцию, крестьян, ремесленников, буржуазию, использовавшую закон Лердо для приобретения церковного имущества. Нужно было также приложить немало усилий, чтобы заручиться если не признанием, то по крайней мере нейтралитетом иностранных держав, в особенности Англии, через негоциантов которой можно было получить столь необходимое конституционалистам оружие. Главное же, предстояло углубить революцию путем продолжения осуществления политики реформ.