Функ начал свою деятельность в области экономики после того, как ясно определились нацистские планы ведения агрессивной войны. Один из его представителей присутствовал на совещании, имевшем место 14 октября 1938 г., на котором Геринг объявил о гигантском увеличении вооружения и дал задание министерству экономики увеличить экспорт с тем, чтобы получить необходимую валюту. 28 января 1939 г. один из подчиненных Функа направил ОКВ меморандум по вопросу об использовании военнопленных с тем, чтобы компенсировать недостаток в рабочей силе, который мог возникнуть в случае объявления мобилизации. 30 мая 1939 г. заместитель министра экономики присутствовал на совещании, на котором был разработан детальный план финансирования войны.
25 августа 1939 г. Функ написал Гитлеру письмо, в котором выражал свою благодарность за то, что он имел возможность участвовать в таких потрясающих мир событиях, и сообщал, что его план «финансирования войны», контроля над заработной платой и ценами и укрепления Имперского банка был осуществлен, что он незаметно превратил в золото всю наличную иностранную валюту, находившуюся в распоряжении Германии. 14 октября 1939 г. после начала войны он произнес речь, в которой констатировал, что экономические и финансовые учреждения Германии, работающие для выполнения четырехлетнего плана, уже свыше года вели тайную экономическую подготовку к войне.
Функ принимал участие в экономическом планировании, которое предшествовало нападению на СССР; его заместитель ежедневно совещался с Розенбергом по экономическим проблемам, которые могли возникнуть в связи с оккупацией советской территории. Функ лично участвовал в планировании печатания в Германии советских денежных знаков до нападения на СССР с тем, чтобы использовать их для денежного обращения на оккупированной территории СССР.
После нападения он произнес речь и в ней описывал разработанные им планы экономической эксплуатации «обширных территорий Советского Союза», которые должны были быть использованы как источники сырья для Европы.
Функ не принадлежал к числу руководящих лиц, создавших нацистские планы агрессивной войны. Его деятельность в области экономики в качестве агента генерального уполномоченного по четырехлетнему плану протекала под контролем Геринга. Он, однако, участвовал в экономической подготовке некоторых из агрессивных войн, особенно против Польши и Советского Союза, но его вина в связи с этим охватывается разделом вторым Обвинительного заключения.
Военные преступления и преступления против человечности
Занимая пост заместителя министра пропаганды и вице-президента имперской палаты культуры, Функ принимал участие в первоначальной нацистской программе экономической дискриминации евреев. 12 ноября 1938 г. после ноябрьских погромов он присутствовал на совещании под председательством Геринга, на котором обсуждалось решение еврейской проблемы и на котором он предложил декрет, запрещающий евреям участие в экономической жизни страны; этот декрет Геринг опубликовал в тот же самый день от имени управления по четырехлетнему плану. Функ показал, что он был потрясен событиями 10 ноября, но 15 ноября он произнес речь, описывая эти эксцессы как «бурный взрыв негодования немецкого народа, вызванного преступным наступлением евреев на немецкий народ»; он также сказал в этой речи, что устранение евреев из экономической жизни является логическим продолжением их устранения из политической жизни.
В 1942 году Функ заключил соглашение с Гиммлером, согласно которому Имперский банк должен был получить известное количество золота, драгоценностей и валюты от СС, причем он предложил своим подчиненным, которые должны были разрабатывать детали соглашения, не задавать лишних вопросов.
В результате этого соглашения СС послала Имперскому банку личное имущество, отобранное у жертв, которые были уничтожены в концентрационных лагерях. Имперский банк оставил у себя монеты и банкноты, а драгоценности, часы и личные вещи поспал берлинским муниципальным ломбардам. Золотая оправа от очков, золотые зубы и пломбы хранились в сейфах Имперского банка. Отрицая это, Функ заявлял, что он не знал, что Имперский банк получал вещи подобного рода. Трибунал придерживается того мнения, что Функ или знал о том, что поступало в банк, или же он умышленно закрывал глаза на происходившее.
Функ, будучи министром экономики и президентом Имперского банка, участвовал в экономической эксплуатации оккупированных территорий. Он был председателем континентальной нефтяной компании, в ведении которой находилась эксплуатация нефтяных ресурсов оккупированных восточных территорий. Он осуществлял захват золотых фондов Чехословацкого национального банка и ликвидацию Югославского национального банка. 6 июня 1942 г. его заместитель послал ОКВ письмо с требованием выделить в его распоряжение для покупок на «черном рынке» денежные суммы из фонда издержек на оккупацию Франции.