Военные преступления и преступления против человечности
Борман согласно декрету от 29 мая 1941 г. принял должность и полномочия Гесса; декретом от 24 января 1942 г. эти полномочия были расширены, и он получил право контроля над исполнением всех законов и директив, издававшихся Гитлером. Таким образом, он нес ответственность за законы и приказы, издававшиеся с этого момента. 1 декабря 1942 г. все гау были преобразованы в районы имперской обороны и гаулейтеры партии, подчинявшиеся Борману, были назначены комиссарами имперской обороны. В результате они фактически возглавили военные усилия всего гражданского населения. Так было не только в Германии, но и на тех территориях, которые были включены в состав империи из захваченных и побежденных территорий.
Посредством этого механизма Борман осуществлял безжалостную эксплуатацию покоренного населения. Своим приказом от 12 августа 1942 г. он подчинил все партийные агентства делу выполнения проводившейся Гиммлером программы принудительного переселения и германизации населения оккупированных стран. Через три недели после вторжения в Советский Союз он присутствовал на совещании 16 июля 1941 г. в полевом штабе Гитлера, где также присутствовали Геринг, Розенберг и Кейтель; согласно отчету Бормана, там обсуждались и развивались подробные планы порабощения и уничтожения населения этих территорий. 8 мая 1942 г. он совещался с Гитлером и Розенбергом по вопросу о принудительном переселении голландцев в Латвию, а также о проведении в Советском Союзе программы уничтожения и об экономической эксплуатации восточных территорий. Он был заинтересован в конфискации предметов искусства и другой собственности на Востоке. В письме от 11 января 1944 г. он призывал к созданию огромной организации по вывозу товаров с оккупированных территорий для германского населения, пострадавшего от бомбардировок.
Борман развил чрезвычайно активную деятельность по преследованию евреев не только в Германии, но и в завоеванных и побежденных странах. Он принимал участие в совещаниях, которые привели к вывозу 60 000 евреев из Вены в Польшу, в сотрудничестве с СС и гестапо. Он подписал декрет от 31 мая 1941 г., который распространял «нюрнбергские законы» на аннексированные восточные территории. В приказе от 9 октября 1942 г. он заявил, что проблема окончательного устранения евреев с территории Великой Германии не может больше разрешаться путем эмиграции, а лишь путем применения «грубой силы» в специальных лагерях на Востоке. 1 июля 1943 г. он подписал указ, лишавший евреев защиты судов и передававший их исключительно в ведение гиммлеровского гестапо.
Борман сыграл видную роль в программе рабского труда. Партийные руководители осуществляли надзор над рабским трудом в своих гау, включая наем рабочих, условия их труда, питание и расквартирование. В своем циркуляре от 5 мая 1943 г. по корпусу руководителей, разосланном до ортсгруппенлейтеров включительно, он дал инструкции об обращении с иностранными рабочими, указывая на то, что по вопросам безопасности они находились в ведении СС, и приказывал прекратить существовавшее до этого жестокое обращение с ними. Отчет от 4 сентября 1942 г. в отношении вывоза с Востока в Германию 500 000 женщин для работы в частных хозяйствах показывает, что контроль должен был осуществляться Заукелем, Гиммлером и Борманом. Декретом от 8 сентября Заукель дал указание крейслейтерам осуществлять надзор над распределением и назначением этих женщин на работу.
Борман также издал целый ряд приказов партийным руководителям относительно обращения с военнопленными. 5 ноября 1941 г. он запретил хоронить русских военнопленных достойным образом. 25 ноября 1943 г. он дал указание гаулейтерам докладывать о случаях мягкого обращения с военнопленными. 13 сентября 1944 г. он приказал крейслейтерам установить связь с комендантами лагерей по вопросу использования военнопленных для принудительного труда. 29 января 1943 г. он передал подчиненным ему руководителям инструкции ОКВ, в которых разрешалось применение огнестрельного оружия и телесных наказаний к провинившимся военнопленным в нарушение правил ведения войны на суше. 30 сентября 1944 г. он подписал декрет, по которому военнопленные изымались из-под юрисдикции ОКВ и передавались в ведение Гиммлера и СС.
Борман несет ответственность за линчевание союзных летчиков. 30 мая 1944 г. он запретил полиции предпринимать какие-либо меры или возбуждать уголовное преследование против лиц, которые принимали участие в линчевании союзных летчиков. Это сопровождалось пропагандистской кампанией Геббельса, подстрекавшей немецкий народ к действиям подобного рода. Борман также присутствовал на совещании 6 июня 1944 г., где обсуждались положения о применении линчевания.