Когда находившиеся в музее художники обратили внимание на отсутствие «Джоконды», им говорили: «Взяли фотографировать, вот сделают снимок, и принесут обратно». Но прошли сутки, картину обратно не принесли. Чтобы выяснить причину задержки, во вторник утром хранители музея пошли в лабораторию и только тогда, узнав, что «Джоконду» сюда не приносили, подняли тревогу. Музей наполнился сыщиками и полицейскими. Начались поиски: тщательный осмотр всех помещений, всех уголков и закоулков Лувра результатов не дал. Картины не нашли, но на площадке одной из лестниц была обнаружена массивная рама «Джоконды». При внимательном осмотре рамы установили, что картина была вынута без спешки, с большой осторожностью и аккуратностью и что преступник оставил след на стекле — отпечаток большого пальца левой руки. Отпечаток сфотографировали, но и только. Во Франции того времени господствовал метод антропометрической идентификации по способу Бертильона. У всех, кто мог подозреваться в причастности к краже, полиция обмеряла голову, руки, ноги, туловище, но безуспешно: преступника не находили. Между тем сделать это было легко, достаточно было сравнить их отпечатки пальцев с оставленным на стекле рамы.
Поиски картины продолжались два года. Страницы газет заполнили всевозможные догадки о преступнике, похитившем «Джоконду». Писали, что это маньяк, которого свела с ума загадочная улыбка Джоконды; что картину, возможно, похитил немец, которого чуть не каждый день видели стоящим у картины. Высказывались подозрения в том, что картину мог украсть один из агентов американского миллиардера Джона Моргана, владельца картинной галереи, оценивавшейся многими миллионами долларов. Вспомнили о двух интересных обстоятельствах, предшествовавших краже.
В 1909 году в Дании вышла книга анонимного автора под названием «Монна Лиза», в которой описывалась фантастическая кража этой картины. Подробности описанной и действительной кражи во многом совпадали, отличался лишь конец: в книге «Джоконда», украденная молодым художником, вошедшим в соглашение с префектом полиции, возвращалась на свое обычное место. Вспомнили и о том, что в 1910 году из Америки в Лувр поступил телеграфный запрос: не украдена ли «Джоконда»? Были сообщения о поимке преступника. В частности, одно из таких известий пришло из Португалии. В автомобиле двух путешественников нашли «Джоконду». Полиция и сыщики вздохнули, наконец, свободно. Репортеры бросились сразу же в Португалию. Но радость была преждевременной. Исследование находки показало, что это была лишь слабая копия подлинной Джоконды.
Нашлась картина, как уже говорилось, через два года, и случайно. Крупному флорентийскому антиквару Гери было сделано предложение: купить «Джоконду». Оно исходило от некоего Винченцо Леонарди, проживавшего в Париже. Вначале Гери принял предложение за шутку, но потом решил проверить, кто же является шутником, и пригласил его к себе. К нему в контору явился одетый в черный костюм худощавый человек, примерно 30 лет, с черными маленькими усиками. Пришелец заявил, что он и есть Винченцо Леонарди. За картину он запросил 500 тысяч франков. Все еще не веря пришельцу, Гери тем не менее условился о встрече с ним на следующий день. Встреча состоялась в отеле «Триполи Италия». Антиквар привел с собой видного эксперта-искусствоведа, профессора Погти.
Оба они не думали, что напали на след «Джоконды», но их сомнения скоро развеялись. Из деревянного чемодана, хранившегося под диваном, Леонардо извлек картину, завернутую в красную ткань. Когда Погги ее развернул, удивлению его не было границ, перед ним предстала прекрасная «Монна Лиза». Желая, однако, выиграть время, Погги заявил, что сделка крупная и поэтому картину следует исследовать в лаборатории. В этот же день Винченцо Леонарди был арестован. Его действительным именем было Винченцо Перуджио. Будучи по профессии маляром, вдень кражи он находился в группе рабочих, ведущих ремонтные работы в Лувре.
Существует, правда, версия, что Перуджа был лишь пешкой в комбинации аргентинского мошенника Вальфьерно. Тот якобы заказал шесть превосходных копий «Джоконды», а потом нанял Перуджу украсть подлинник. После того как газеты разнесли по миру новость о похищении, Вальфьерно продал подделки американским частным коллекционерам, мечтавшим о жемчужине Лувра. Выдавая фальшивых «Джоконд» за настоящих, к ворованному подлиннику хитрец-аргентинец даже не притронулся во избежание неприятностей с законом. Когда оставшийся без хозяина недотепа Перуджа начал действовать на свой страх и риск и попался, облапошенные коллекционеры поняли, что их надули, но по понятным причинам помалкивали. Вальфьерно исчез с миллионами и лишь перед смертью, уже в 30-е годы, рассказал о пике своей воровской карьеры английскому журналисту.