Такое положение дел сразу же отразилось на управляемости портов, которая просто рухнула. Уже через год, в декабре 1993 г., пришлось вводить новую государственную структуру в системе Минтранса — «Морские администрации порта» (МАП), на которые возложили надзор за технической эксплуатацией не подлежащих приватизации портовых сооружений и имущества, обеспечение их ремонта, развития и строительства. Кроме этого, МАПы должны были обеспечивать безопасность мореплавания, следить за соблюдением действующего морского законодательства и порядком в портах, Все за счет средств, получаемых от портовых сборов, сдаваемого в аренду государственного имущества. То есть доходы, которые должно было получить государство от портов, стали проедаться самим же государством. Окончательно МАПы обосновались во всех морских портах только к 1995 г.
Условиями приватизации было установлено, что все портовые сооружения и объекты: причалы, подходные каналы, волноломы, железнодорожные пути и автомобильные дороги, объекты инженерной инфраструктуры не включаются в уставные капиталы создаваемых акционерных обществ, а остаются в государственной собственности и используются ими на условиях аренды, что не противоречило международной практике.
Распоряжение Чубайса составляло меньше одной страницы машинописного текста, который полностью противоречил идеологии приватизации как средства привлечения инвестиций, и оно на десять лет затормозило развитие в стране стивидорного бизнеса. Скорее всего, данное распоряжение и не предусматривало в будущем роста отечественной экономики и как следствие — экспорта, а портам отводилась всего лишь роль центров перевалки гуманитарной помощи. Привело это к тому, к чему и должны приводить подобные «ценные руководящие указания»: к экономическому бардаку в портах, появлению «левых» наценок на фиксированные цены за услуги, отсутствию рынка услуг и конкуренции, а также к оккупации портов бандитами, которые и так к ним неровно дышали, потому что даже в советское время, под недрёмным оком КГБ, через морские порты вливался в страну основной поток контрабанды.
Остается добавить, что приватизация большинства морских портов в России проводилась с грубыми нарушениями и без того ущербного чубайсовского распоряжения. Вопреки мировой практике, в собственность акционерных обществ перешла часть недвижимости и инфрастуктуры.
Аренда государственного имущества во многих морских портах была заключена на неоправданно длительные сроки по очень низким арендным ставкам. И разные ООО и товарищества, аффилированные с АО «Морской порт», получив это имущество от него в субаренду, сами сдавали его в субсубаренду, присваивая разницу в ставках, достигающую 200–300 %, что вело за собой постоянное повышение цен на услуги портовых компаний.
Соответственно, привлекательность морского порта для стороннего инвестора изначально была нулевой до тех пор, пока государство не стало распродавать принадлежащие ему пакеты акций.
Государство озаботилось навести порядок в портовом хозяйстве только в мае 1999 г. Начали с ревизии. Комиссию МВД по проверке законности приватизации морских портов возглавил заместитель начальника главного управления по борьбе с экономическими преступлениями министерства И. Галимов. Результатом этой проверки стала смена модели приватизации морских портов. От чубайсовской она отличалась тщательной, детально проработанной предпродажной подготовкой каждого объекта, включающей юридическую и управленческую подготовку, аудит, реальную оценку предприятия или пакетов акций, которые продаются, а также ориентацией, прежде всего, на интересы регионов. Эта модель ориентировалась на объективные оценки и продажу государственных долей в морских портах по реальной цене.
Намерения государства провести полную приватизацию морских портов совпало со стремлением экспортеров, выстроивших к тому времени крупные ФПГ, оптимизировать затраты на транспорт. Иметь дело с цепочкой фирм, которые зарабатывают только на том, что продают друг другу в субаренду государственное имущество, перестало устраивать экспортеров, особенно после повышения железнодорожных тарифов. Они нашли точку оптимизации логистических затрат и поначалу внедрились в стивидорский бизнес, а затем начали скупать акции портов у менеджмента, в преддверии большой распродажи государством своей доли.