Когда начались первые сражения, Барятинский понял, что слишком погорячился, когда обещал справиться с Шамилем за несколько месяцев. Теперь он мечтал закончить кампанию хотя бы за несколько лет.
Шамиль видел, что соглашение с Муравьевым окончательно нарушено и что теперь он оказался в гораздо худшем положении, чем это было до Крымской войны. Имам давно привык к таким гримасам политики, когда сила оказывалась важнее добрых обещаний. Он собрал остававшихся ему верными наибов и объявил, что будет защищать горы, чего бы это ему ни стоило.
Позиционные бои разгорелись с новой силой.
В 1856 году Барятинский сумел установить контроль над восточными районами Чечни. В 1857 году он уже утвердился в центре Большой Чечни, возведя Шалинское укрепление. В начале 1858 года отряд начальника Левого фланга Кавказской линии генерал-лейтенанта графа Н. Евдокимова прошел вдоль реки Аргун и построил здесь новую крепость.
Шамиль отступал с боями, используя любую возможность перехватить инициативу. Весной 1858 года назрановские ингуши подняли восстание против занятия их земель казачьими станицами. Шамиль решил контратаковать и двинулся в Малую Чечню.
Но восстание было быстро подавлено, и превосходящие силы Барятинского оттеснили отряды имама.
Летом 1858 года Евдокимов прошел вверх по Аргуну и построил укрепления Шатой и Евдокимовское.
Население Малой Чечни было полностью отрезано от Большой Чечни и Дагестана и вынуждено было смириться с властью Барятинского.
Разворачивались бои и в Дагестане. Наступление шло с нескольких сторон. Войска были столь велики, что разбить их было уже невозможно. Горцам едва удавалось сдерживать их продвижение вглубь гор. Оставляя свои укрепления, Шамиль уводил людей в горы, а аулы сжигал.
Взятие Ведено
К концу 1858 года войска Барятинского тремя отрядами начали наступление на столицу Имамата.
Шамиль перегородил завалами ущелье реки Бассы, но противник обошел ущелье по заснеженным горам и 8 февраля появился у Ведено. Первой сюда пробилась конница Евдокимова. Следом подошли другие отряды и стали в виду Ведено большим лагерем. Как писал очевидец, «это место стало, как небо в ясную ночь, усеянное звездами, так много было палаток, лошадей, орудий и других припасов».
Наутро начался артиллерийский обстрел, а затем и штурм.
Бои продолжались несколько дней. Но когда подошел Дагестанский отряд генерал-лейтенанта барона А. Врангеля, а следом и другие части, наибы попросили Шамиля оставить резиденцию из-за угрозы полного окружения.
Имам покинул Ведено и отошел к аулу Эрсеной. Защищать столицу остался его сын Гази-Магомед. Резиденция имама оказалась в полной блокаде, но гарнизон упорно отбивал атаки. Евдокимову удалось провести траншеи к стенам Ведено и подорвать их минными галереями. Затем начался такой сильный обстрел, что «залпы слились в один протяжный гул и кроме дыма и пыли ничего не было видно». Охваченный пожаром аул продолжал сопротивляться. В ночь на 1 апреля Гази-Магомед с последними защитниками Ведено прорвался через окружение и ушел к Шамилю.
Последний призыв
С потерей Ведено Шамиль отступил в Дагестан и укрепился на берегу Андийского Койсу. Бои в Чечне продолжались еще несколько месяцев, но главные силы Барятинский теперь нацелил на Шамиля в Дагестане.
Нагорный Дагестан — последний оплот Шамиля — собирался с силами в ожидании трагической развязки.
Шамилю доносили, что из Аргунского ущелья, разрушая все на своем пути, идет Чеченский отряд Евдокимова, снизу поднимается Дагестанский отряд Врангеля, а из Кахетии движется в тыл имаму Лезгинский отряд князя Меликова.
Имам укрепил свои позиции в Анди завалами и даже начал строительство крепости. Но появившиеся с разных сторон отряды Врангеля и Евдокимова с ходу вступили в бой. Через четыре дня ожесточенных сражений Шамиль был вынужден отступить вглубь Дагестана.
В мае Шамиль созвал в Хунзахе съезд наибов, ученых и почетных представителей всех обществ Имамата. Здесь он прямо заявил, что подозревает многих из них в желании отойти от борьбы и склонить голову перед сильным противником. В ответ собравшиеся поклялись, что не изменят имаму даже перед угрозой смерти. По горскому обычаю многие даже усилили клятву, заявив, что пусть их бросят жены, если они нарушат данное слово. Даниял-бек клясться не стал. Шамиль заподозрил бывшего царского генерала в изменнических намерениях и заставил его принести клятву, хотя и отдельно от остальных.
Этот съезд стал последним в истории Имамата. И во многом походил на Тайную вечерю Иисуса Христа, когда апостолы клялись не оставлять своего учителя, а затем отреклись от него. Очень скоро отреклись от Шамиля и многие его сподвижники. Нашелся в окружении Шамиля и свой иуда, вернее, их оказалось несколько.