Следующая вспышка флагеллантского психоза была вызвана эпидемией чумы 1348–1349 годов. В духе средневекового религиозного сознания эпидемические болезни объясняли гневом Божьим на людские грехи, которые можно было искупить лишь самобичеванием. В 1349 году, в разгар опустошавшей Европу «черной смерти», искупительные флагеллантские процессии захватили огромнейшие массы народа, особенно в Германии, Франции и Фландрии. Начались крестоносные флагеллантские процессии (первая зафиксирована в Страсбурге): впереди шёл человек с распятием в руках, за ним участники процессии с хоругвями и красными крестами на одежде и шляпах. Эти процессии переходили с пением и плачем из города в город, заходя во все церкви и монастыри. Дважды в сутки процессии останавливались (обыкновенно за городом, в открытом поле) и либо совсем раздевались, либо обнажали верхнюю часть тела и бичевали себя, а иногда ложились на землю, тогда как некоторые ходили по рядам и наносили направо и налево удары кнутом или хлыстом; получивших наказание заставляли подняться с земли, произнося над ними следующую формулу: «Встань, прошедший через пытки чести, и остерегайся от дальнейших грехов».
Когда все были на ногах, флагелланты становились в круг, хором запевали религиозный гимн и с пением и стонами попарно двигались по кругу, бичуя себя ремнями, узловатыми плётками с металлическими наконечниками и т. д. После нескольких таких туров они все разом падали на колени и молились об отпущении грехов, а затем снова начинали круговое хождение.
С подачи атеистической и антирелигиозной литературы принято считать, будто такого рода массовые движения были вдохновляемы Церковью с целью усиления контроля над верующими, прозелитизма, насаждения религиозного фанатизма, а также в целях обогащения. Конечно, в числе зачинщиков экстремистских движений встречались и лица духовного звания, однако далеко не всегда они отражали позицию Церкви и почти никогда не были уполномочены ею.
Церковь всегда применяла в отношении самобичевания, как и других инструментов мистической практики, двойные стандарты. По большому счёту, для целей, которые ставит перед собой Церковь, никакие эксцессы и крайности не полезны, а иногда и вредны. Однако, поскольку область деятельности Церкви совпадает со сферой духовных исканий мистиков, она вынуждена с ними считаться, и порой использовала результаты мистической практики в своих интересах, интегрируя их в себя и подчиняя своей юрисдикции (как, например, ей удалось встроить в свою структуру движение отшельников-пустынников), что, впрочем не исключало известного напряжения между мистическими течениями и церковной иерархией. В таких ситуациях Церковь руководствуется вполне понятной логикой: она снисходительно относится к тому, что в состоянии держать под своим контролем, но становится в оппозицию в отношении явлений, которые не может эффективно контролировать.
В частности, Церковь готова мириться (и даже представлять их в качестве образца христианского рвения) с методами самобичевания, однако выступает категорически против, когда эти методы начинают применяться вне её юрисдикции, когда их использование приобретает характер массовых социальных движений и становится угрозой общественному порядку.
Теория флагеллантства встретила оппозицию со стороны церковных деятелей уже с момента её провозглашения Петром Дамиани. Впрочем, на тот момент противникам этого учения нечего было ему противопоставить, кроме некоторых чисто внешних и непринципиальных возражений, так что в этой дискуссии победа в конце концов досталась Дамиани.
Вначале Церковь реагировала на процессии флагеллантов спокойно, иногда даже благосклонно, воспринимая их как один из способов психологической разрядки, позволяющей избежать более серьезных социальных потрясений. Однако сказать, что Церковь поддерживала это движение, а тем более инициировала его, было бы большим преувеличением: она лишь мирилась с его существованием и старалась использовать в своих интересах.
Когда движение флагеллантов приобрело характер массовой психической эпидемии и стало приводить к эксцессам, Церковь изменила свою позицию. Эксцентричное поведение флагеллантов стало восприниматься как рискованное и полное соблазна, несовместимое с представлением о христианском благочестии. Тем более что между флагеллантами оказалось множество лиц самого предосудительного поведения, пользовавшихся движением для своекорыстных или развратных целей.
В 1333–1334 годах доминиканец Вентурин возбудил своими проповедями массы народа в Ломбардии, Тоскане и Папской области и устроил ряд бичующихся паломничеств в Рим. Реакция Святого престола на эти события была недвусмысленной: в Риме Вентурина подвергли жестокому осмеянию, запретили проповедовать и властью папы сослали в горы Рикондона.
После того, как эпидемия «черной смерти» середины XIV столетия отступила, началось систематическое преследование флагеллантов римской Церковью. Сначала борьба велась с высоты церковных кафедр; потом епископы стали запрещать публичные бичевания. В конце 1349 года папа Климент VI (занимавший этот пост с 1332 по 1352 г.) в специальной булле объявил флагеллантские учения еретическими. Один из главных духовных авторитетов тех времён, Парижский университет, разгромил учения флагеллантов в специально против них изданном постановлении. Светские власти, опираясь на поддержку Церкви, стали со своей стороны преследовать это беспокойное движение, казавшееся им опасным вследствие слишком большого возбуждения народных масс.
В начале XV столетия флагелланты ещё существовали, но былой популярностью не пользовались. Доминиканец Викентий Валенсийский в это время примкнул к флагеллантам и на некоторое время усилил их упавший моральный кредит. Когда он умер (в 1417 г.), его оппонентам удалось добиться от Констанцского собора полного и категорического осуждения флагеллантизма. После громкого судебного разбирательства девяносто одного флагелланта подвергли сожжению на костре в одном только Сангерсгаузене; в других городах сожгли также значительное количество этих фанатиков. Однако никакие преследования не могли окончательно рассеять секту флагеллантов, и на протяжении ещё долгого времени их следы встречаются в Испании, Франции и Португалии.
После фактического разгрома флагеллантизма, самобичевание нашло приют в высших слоях общества, сделавшись на некоторое время своеобразной придворной модой. Французский король Генрих III и его мать Екатерина Медичи покровительствовали флагеллантам и по имеющимся свидетельствам, участвовали в авиньонской процессии бичующихся в 1574 году. Однако при французском дворе флагеллантизм выродился окончательно в особую форму разврата. В 1601 году парижский парламент объявил флагеллантов нетерпимыми в обществе, распущенными людьми, после чего мода на флагеллантизм начала уменьшаться и ко времени Ришелье совсем прошла.
В XVII столетии наблюдались ещё изредка единичные флагеллантские процессии в Италии, Испании и Португалии. Патер Мабиллион упоминает о такой процессии, встреченной им в Турине в 1686 году в Страстную Пятницу. В своем сочинении «Annales d’Espagne et de Portugal» Кольменар описывает аналогичные процессии в Италии начала XVIII века. «В этих процессиях, – говорит он, – принимали участие все кающиеся и хлыстуны города… Они истязали себя по установленным в братстве правилам, применяя для этой цели чаще всего плеть из веревок, в конце которой были скрыты туго скатанные восковые шары, унизанные осколками стекла. Кто истязает себя наиболее сильно, тот почитается самым мужественным».
Есть известия, что последние такие процессии происходили в Лиссабоне в 1820 и 1847 гг.
Характерно, что как раз в последние четыре века, когда секта флагеллантов гибла и исчезала, бичевание с целью отпущения грехов необыкновенно усилилось в католической церкви под влиянием сначала францисканцев и доминиканцев, а потом иезуитов, а в ХХ веке сделалось принадлежностью католического ордена «Opus Dei». Это свидетельствует о том, что Церковь отрицала не принцип искупления грехов при помощи телесного страдания, а лишь формы, в каких этот принцип применяли флагелланты, в то же время солидаризуясь с последними в оценке самоистязаний как верного пропуска в «Царство небесное».