Отношение самого исапостола Юстиниана к праву вполне соответствовало его идее о том, что нет ничего выше и святее императорского величества. Высказывания Юстиниана на этот счет говорят сами за себя: «Если какой-либо вопрос покажется сомнительным, пусть о нем доложат императору, дабы он разрешил таковой своей самодержавной властью, которой одной принадлежит право истолкования Закона»; «сами создатели права говорили, что воля монарха имеет силу закона «[244, т. XLI, с. 446]; «Бог подчинил императору самые законы, посылая его людям как одушевленный Закон» (Новелла 154, [144, т. II, с. 38]).
Активная политика Юстиниана затронула и сферу государственного управления. На момент его воцарения Византия делилась на две префектуры — Восток и Иллирик, в которые входили 51 и 13 провинций, управлявшихся в соответствии со введенным Диоклетианом принципом разделения военной, судебной и гражданской власти. Во время Юстиниана некоторые провинции были слиты в более крупные, в которых все службы, в отличие от провинций старого типа, возглавлял один человек — дука (дукс). Особенно это касалось удаленных от Константинополя территорий, таких как Италия и Африка, где несколькими десятилетиями позже были образованы экзархаты. В тщании улучшить структуры власти Юстиниан неоднократно проводил «чистки» аппарата, пытаясь бороться со злоупотреблениями чиновников и казнокрадством. Но борьба эта всякий раз проигрывалась императором: колоссальные суммы, взимавшиеся сверх налогов правителями, оседали в их собственных сокровищницах. Процветало взяточничество, несмотря на принятые против него суровые законы. Влияние сената Юстиниан (особенно в первые годы правления) свел практически к нулю, превратив его в орган послушного утверждения приказов императора.
В 541 г. Юстиниан упразднил консулат в Константинополе, объявив себя пожизненным консулом, а заодно и прекратил дорогостоящие консульские игры (на них уходило одного только казенного золота 200 либр ежегодно).
Столь энергичная деятельность императора, захватившая все население страны и потребовавшая непомерных затрат, вызывала недовольство не только нищавшего народа, но и не желавшей утруждать себя аристократии, для которой незнатный Юстиниан был выскочкой на троне, а его беспокойные идеи слишком дорого стоили. Недовольство это реализовывалось в мятежах и заговорах. В 548 г. был раскрыт заговор некоего Артавана, а в 562 г. столичные богачи («менялы») Маркелл, Вита и другие решили зарезать престарелого василевса во время аудиенции. Но некий Авлавий выдал товарищей, и, когда Маркелл с кинжалом под одеждой входил во дворец, стража схватила его. Маркеллу удалось заколоть себя, однако остальных заговорщиков задержали, и те под пытками объявили организатором покушения Велисария. Клевета подействовала, Велисарий попал в немилость, но казнить столь заслуженного человека по малопроверенным обвинениям Юстиниан не осмелился.