2- й (восточный) отдел: майор (затем полковник) А.П.Кисленко (с мая 1939);
3- й (военно-технический) отдел: военинженер 1-го ранга А.А.Коновалов (с мая 1939);
4- й (паспортный) отдел: майор (затем полковник) С.Ф.Пивоваров (с июля 1939);
5- й (информационный) отдел: исполняющий должность начальника полковник Г.П.Пугачев (с августа 1939);
6- й (приграничной разведки) отдел: начальник полковник Т.Ф.Корнеев (с декабря 1939);
7- й (радиоразведки) отдел: майор (затем полковник) Ф.П.Малышев (с октября 1939);
8- й (радиосвязи) отдел: военинженер 1-го ранга И.Н.Артемьев (с мая 1939);
9- й (шифровальный) отдел: майор Н.А.Филатов (с мая 1939), майор Л.С.Пелевин (с октября 1939);
10- й (внешних сношений) отдел: полковник Г.И.Осетров (с мая 1939);
11- й (дешифровальный) отдел: майор Н.А.Филатов (с октября 1939);
Специальный отдел «А»: полковник Х.У.Д.Мамсуров (с мая 1939);
Политотдел: бригадный комиссар И.И.Ильичев (с июня 1938);
Отдел кадров: зам. начальника бригадный комиссар И.Ф.Туляков (с июня 1939);
Общий отдел: начальник майор (затем полковник) М.С.Маслов (с июня 1939);
Административно-хозяйственный отдел: майор (затем полковник) К.Н.Деревянко (с июня 1938);
Центральная школа подготовки командиров штаба - майор П.С.Петров (с октября 1939);
Курсы усовершенствования комсостава - полковник Д.И.Гончаров (с октября 1939);
НИИ по технике связи - военинженер 1-го ранга И.С.Киселенко (с июня 1938);
Институт оперативной техники (в составе Управления с 1939, штаты: 16 военнослужащих, 21 вольнонаемный) - В.С.Четвериков (с декабря 1939).
Прежний 9-й (монголо-синьцзянский) отдел стал самостоятельным подразделением Генштаба под названием Отдела специальных заданий (начальник - полковой комиссар Н.С.Соркин, с 1939).
Июль 1940 года - Приказом НКО №0038 (о структуре ГШ КА) от 26 июля 1940 года РУ включено в ГШ КА и стало называться РУ ГШ КА
Начальник - генерал-лейтенант Ф.И.Голиков (с июля 1940);
Зам. начальника - генерал-майор А.П.Панфилов (с июня 1940), генерал-майор И.Г.Рубин (с июля 1940);
1- й (западный) отдел: начальник полковник А.М.Кузнецов (с августа 1940);
2- й (балканский) отдел: полковник С.М.Чувырин (с августа 1940);
3- й (восточный) отдел: полковник А.П.Кисленко (с августа 1940);
4- й (военно-технический) отдел: военинженер 1-го ранга А.А.Коновалов (с августа 1940);
5- й (специальный) отдел: полковник Х.У.Д.Мамсуров (с августа 1940);
6- й (паспортный) отдел: генерал-майор Н.И.Егорычев (с августа 1940);
7- й (приграничной разведки) отдел: полковник И.В.Виноградов (с августа 1940);
8- й (радиоразведки и радиосвязи) отдел: военинженер 1-го ранга И.Н.Артемьев (с мая 1939);
9- й (шифровальный) отдел: майор Л.С.Пелевин (с октября 1939);
10- й (дешифровальный) отдел: полковник Н.А.Филатов (с августа 1940);
Отдел внешних сношений: полковник А.В.Герасимов (с июля 1940);
Отдел Центральной военной цензуры: полковой комиссар А.Ф.Кобелев (с августа 1940);
Информационный отдел: генерал-майор Н.И.Дубинин (с сентября 1940);
Отдел спецзаданий: полковой комиссар Н.С.Соркин (с декабря 1939);
Общий отдел: полковник С.Ф.Пивоваров (с августа 1940);
Отдел кадров: полковник А.Н.Кондратов (с июня 1940);
Политотдел: генерал-майор (ранее дивизионный комиссар) И.И.Ильичев (с июня 1938);
Административно-хозяйственный отдел: полковник Г.Н.Жданов (с августа 1940), полковник Ф.С.Веселов (с сентября 1940);
Высшая специальная школа: генерал-майор Н.Е.Чуваков (с сентября 1940);
Разведывательные курсы усовершенствования комсостава Высшей специальной школы: полковник Д.И.Гончаров (с сентября 1940);
НИИ по технике связи: военинженер 1-го ранга И.С.Киселенко (с июня 1938);
Институт оперативной техники: полковник В.С.Четвериков (с декабря 1939).
18 сентября 1940 года Нарком обороны С.К.Тимошенко и начальник Генерального штаба К.А.Мерецков представили в ЦК ВКП(б) И.В.Сталину и В.М.Молотову военно-оперативный план «Соображения об основах стратегического развертывания Вооруженных Сил Советского Союза на Западе и на Востоке на 1940-1941 годы», содержавший на основе данных военной разведки анализ военно-политической обстановки, состояния вооруженных сил вероятных противников и их оперативных планов
15 января 1941 года начальник Разведуправления Ф.И.Голиков издал приказ о составлении мобилизационного плана Разведуправления к 15 апреля 1941 года
С 23 января по 22 февраля 1941 года Разведуправление провело сборы начальников разведотделов штабов военных округов и армий с целью отработки организации деятельности при переходе их с мирного на военное время