Поражение России в Крымской войне заставило руководство военного министерства обратить самое пристальное внимание на разведку. И уже 10 июля 1856 г. Александр II утвердил первую инструкцию о работе военных агентов. В ней указывалось, что «каждому агенту вменяется в обязанность приобретать наивозможно точные и положительные сведения о нижеследующих предметах:
1) О числе, составе, устройстве и расположении как сухопутных, так и морских сил.
2) О способах правительства к пополнению и умножению вооруженных сил своих и к снабжению войск и флота оружием и другими военными потребностями.
3) О различных передвижениях войск, как приведенных уже в исполнение, так и предполагаемых, стараясь по мере возможности проникнуть в истинную цель сих передвижений.
4) О нынешнем состоянии крепостей, предпринимаемых новых фортификационных работах для укрепления берегов и других пунктов.
5) Об опытах правительства над изобретениями и усовершенствованиями оружия и других военных потребностей, имеющих влияние на военное искусство.
6) О лагерных сборах войск и о маневрах.
7) О духе войск и образе мыслей офицеров и высших чинов.
8) О состоянии различных частей военного управления, как то: артиллерийского, инженерного, комиссариатского, провиантского со всеми их отраслями.
9) О всех замечательных преобразованиях в войсках и изменениях в воинских уставах, вооружении и обмундировании.
10) О новейших сочинениях, касающихся до военных наук, а также о картах-планах издаваемых, в особенности тех местностей, о которых сведения могут быть нам полезны.
11) О состоянии военно-учебных заведений, в отношении устройства их, методов преподавания наук и господствующего духа в этих заведениях.
12) Об устройстве генерального штаба и о степени познаний офицеров, оный составляющих.
(Статья эта для агента, посылаемого в Турцию, где не устроен еще генеральный штаб, заменена следующим пунктом: «О лицах, составляющих военное управление Турции, степени их познаний, способности каждого и доверенности к нему правительства и подчиненных лиц».)
13) О способах к передвижению войск по железным дорогам, с возможными подробностями о числе войск и времени окончании ими передвижения между данными пунктами.
14) Об улучшениях военной администрации вообще для скорейшего исполнения письменных дел и сокращения времени в передаче приказаний.
15) Все означенные сведения собирать с самою строгою осторожностью и осмотрительностью и тщательно избегать всего, что бы могло навлечь на агента малейшее подозрения местного правительства.
16) Каждому агенту состоять в полной зависимости и подчиненности от начальника миссии, при коем находится. Без его разрешения ничего особенного не предпринимать, испрашивать наставлений и руководствоваться ими в точности. Собранные сведения, в особенности кои могут быть в связи с политическими отношениями, прежде отправления их к военному министру предварительно докладывать начальнику миссии и в случае экстренно необходимых расходов испрашивать от него пособия» [33] .
Условно сотрудников военной разведки в то время можно разделить на следующие категории: генерал-квартирмейстеры и офицеры генерал-квартирмейстерской части (Генерального штаба) военного министерства, генерал-квартирмейстеры и находящиеся в их распоряжении офицеры военных округов, гласные и негласные военные агенты за рубежом, конфиденты, агенты-ходоки. К последним следует отнести офицеров Генерального штаба, отправляемых с секретной миссией за границу, и лазутчиков, засылаемых в тыл к противнику во время войны. Если же говорить более конкретно, то в 1856 г. за границу были направлены: в Париж - флигель-адъютант полковник П.П.Альбединский, в Лондон - флигель-адъютант полковник Н.П.Игнатьев, в Вену - полковник барон Ф.Ф. фон Торнау, в Константинополь - штабс-капитан Франкини. Одновременно с ними в Италии сбором военных сведений занимался полномочный представитель России в Турине генерал-майор граф Штакельберг (до этого находился в Вене) и представитель России в Неаполе полковник В.Г.Гасфорт [34] .
Однако полноценные централизованные органы военной разведки появились в России только в сентябре 1863 г., когда император Александр II в виде опыта на два года утвердил Положение и Штаты Главного управления Генерального штаба (ГУГШ). Разведывательные функции в ГУГШ были возложены на 2-е (азиатское) и 3-е (военно-ученое) отделения, которые подчинялись вице-директору по части Генерального штаба. При этом военно-ученое отделение занималось сбором военной и военно-технической информации об иностранных государствах, руководством военными агентами за границей и военно-учеными экспедициями, направляемыми для сбора сведений в приграничные районы России и прилегающих к ним стран и т.д. Что же касается азиатского отделения, то оно выполняло те же задачи, но в граничащих с Россией странах Азии. По штатам в военно-ученом отделении предусматривалось 14 сотрудников, а в азиатском - 8. Таким образом, впервые с 1815 г. была сделана попытка восстановить военную разведку [35] .
Введенная на два года в виде эксперимента новая структура военной разведки в целом себя оправдала. Поэтому в 1865 г. во время очередной реорганизации военного министерства ее сохранили. 3-е отделение переименовали в 7-е военно-ученое отделение Главного штаба, а его руководителем назначили полковника Ф.А.Фельдмана. Сохранилось и 2-е азиатское отделение, получившее название «Азиатская часть». Продолжали свою работу и зарубежные военные агенты военно-ученого отделения, более того, их число увеличилось. Так, в Париже находился флигель-адъютант полковник Витгенштейн, в Вене - генерал-майор барон Торнау, в Берлине - генерал-адъютант граф Н.В.Адлерберг 3-й, во Флоренции - генерал-майор Гасфорт, в Лондоне - полковник Новицкий, в Константинополе - полковник Франкини.