Итоги работы Паренсова, Артамонова, Фаврикодорова и многих других офицеров русской разведки в годы русско-турецкой войны 1877-1878 гг. в целом отражены в оценке, данной в 1880 г. управляющим Военно-ученым комитетом, будущим начальником Главного штаба генерал-адъютантом Н.Обручевым: «Никогда данные о турецкой армии не были столь тщательно и подробно разработаны, как перед минувшею войною: до местонахождения каждого батальона, каждого эскадрона, каждой батареи…» [38] .
Однако, несмотря на столь хвалебное утверждение Обручева, русско-турецкая война вскрыла и ряд недостатков в российской военной разведке, что послужило причиной очередной реорганизации ее центрального аппарата. В декабре 1879 г. утверждается новый штат канцелярии Военно-ученого комитета в составе управляющего делами, пяти старших и девяти младших делопроизводителей с четким разграничением функций каждого из них. Штаты Азиатского делопроизводства в 1886 г. увеличили с двух до пяти человек. А в середине 1890-х годов оно состояло уже из трех делопроизводств. Первые два отвечали за работу азиатских военных округов, а третье занималось непосредственно разведкой за рубежом. Всего же к концу XIX века Россия располагала военными агентами в 18 мировых столицах, а также морскими агентами в десяти странах.
В июле 1900 г. началась очередная реорганизация военной разведки. В составе Главного штаба учреждается генерал-квартирмейстерская часть, в состав которой включили оперативное и статистическое отделения. При этом на статистическое отделение были возложены функции Азиатского делопроизводства, а именно ведение разведки в Китае, Корее, Японии и других азиатских странах. А полгода спустя, в декабре 1900 г., генерал-квартирмейстерской части передали и канцелярию Военно-ученого комитета.
В апреле 1903 г. объявили новые штаты Главного штаба. Согласно им, вместо канцелярии Военно-ученого комитета ведение разведки возлагалось на 7-е (военная статистика иностранных государств) отделение 1-го (Военно-статистического) отдела Управления 2-го генерал-квартирмейстера Главного штаба. Состояло 7-е отделение из начальника, 8 столоначальников и такого же числа их помощников. Практически сразу же негласно внутри 7-го отделения выделяется добывающая часть, получившая название Особое делопроизводство, в котором работало два офицера [39] . Однако в 7-м отделении по-прежнему не были разделены добывающие и обрабатывающие функции разведки и не велась работа по руководству разведкой военных округов. Начальником 7-го отделения в 1903 г. назначили генерала Целебровского, до этого руководившего Военно-ученым комитетом Главного штаба. Он возглавлял военную разведку до 1905 г., когда его сменил генерал Н.С.Ермолов, занимавший этот пост до 1906 г.
Поражение России в войне с Японией вскрыло существенные недостатки в организации военной разведки. Война 1904-1905 гг. наглядно показала необходимость не только непрерывной войсковой разведки в период боевых действий, но и постоянного агентурного наблюдения за вероятными противниками, чему, по мнению большинства офицеров-разведчиков, не уделялось должного внимания.
Поэтому военные реформы, которые начали проводить в 1906 г., заставили офицеров-разведчиков приступить к коренной реорганизации своей службы. Осенью 1906 г. в ГУГШ поступили докладные записки нескольких офицеров разведывательного отделения с конкретными предложениями по перестройке деятельности разведорганов. По их мнению, разведкой следовало заниматься штабам приграничных округов под руководством ГУГШ, которое создавало агентурную сеть в важнейших центрах предполагаемых противников, тогда как штабы округов - в приграничных районах прилегающих государств. Еще одним важным звеном в выявлении сил вероятных противников России они считали секретные командировки офицеров Генерального штаба для рекогносцировки путей сообщения и укрепленных районов в приграничной полосе.
В результате в апреле 1906 г. утверждается новая структура ГУГШ. Она впервые официально закрепила разделение добывающей и обрабатывающей функций военной разведки. Добывающие функции были теперь сосредоточены в 5-м (разведывательном) делопроизводстве части 1-го обер-квартирмейстера Управления генерал-квартирмейстера ГУГШ. Оно состояло из одного делопроизводителя и двух его помощников, один из которых отвечал за восточное, а другой - за западное направление разведки. Первым делопроизводителем назначили полковника М.А.Адабаша, а его помощниками - молодых офицеров О.К.Энкеля и П.Ф.Рябикова. А в марте 1908 г. Адабаша сменил полковник Н.А.Монкевиц, руководивший военной разведкой до начала первой мировой войны.
Обрабатывающие функции возложили на части 2-го и 3-го обер-квартирмейстеров: у 2-го - на 2-е, 3-е, 4-е, 5-е и 6-е делопроизводства, а у 3-го - на 1-е, 2-е и 4-е делопроизводства. Сотрудниками этих обрабатывающих делопроизводств стали работники бывшего 7-го отделения.
Впрочем, реорганизации на этом не прекратились, и 11 сентября 1910 г. утверждаются новые штаты Главного управления Генерального штаба. 5-е делопроизводство преобразовали в Особое делопроизводство (разведки и контрразведки) в составе Отдела генерал-квартирмейстера. Подчинялось Особое делопроизводство непосредственно генерал-квартирмейстеру, что говорило о повышении статуса разведслужбы и усилении роли разведки. В его составе была образована журнальная часть для ведения секретной переписки. А всего штат Особого делопроизводства включал в себя делопроизводителя, трех его помощников и журналиста.
Обрабатывающие делопроизводства вошли в состав частей 1-го и 2-го обер-квартирмейстеров. Части 1-го оберквартирмейстера занимались западным направлением: 4-е делопроизводство - Германией, 5-е - Австро-Венгрией, 6-е - Балканскими государствами, 7-е - скандинавскими странами, 8-е - прочими странами Западной Европы. Делопроизводство части 2-го обер-квартирмейстера занималось восточным направлением: 1-е делопроизводство - Туркестанским, 2-е - турецко-персидским, 4-е - Дальневосточным.