В науке о названии кораблей можно выделить следующее: структуру, систему, свойства, эмблематику и происхождение названий кораблей.
Структура - это деление имен кораблей на группы, которые объединяют родственные по смыслу названия, имеющие единый признак.
Группы образуют иерархическую лестницу, на вершине которой находятся самые почетные имена кораблей, а у подножия - рядовые. Религиозные темы в структуре названий кораблей были самыми почетными, образуя вершину иерархической пирамиды. Это почетное место определялось мировоззрением общества, идеологией господствующего класса, отражало государственную иерархию. На низших уровнях иерархии находились зоологические и ботанические имена - собирательные названия растений, зверей, рыб, птиц, насекомых и т. д. Как правило, эта обширная группа включала названия хищных, свирепых и ядовитых существ, но также и неповоротливых и неприятных животных.
Система - принцип отбора имен для образования названий кораблей данного ранга, размера и назначения.
Кораблям военного флота названия давались по определенной системе, подчиненной четким правилам, основанным не столько на государственных указах, сколько на традиции. Основной особенностью системы было беспрекословное требование соответствия имени рангу корабля. Название корабля должно было отвечать размерам, назначению и боевому значению (рангу) корабля, его архитектурным особенностям, боевым и мореходным качествам и т. п., а также требуемому уровню иерархии. Например, линейные корабли как главная ударная сила флота получали самые величественные, «могущественные» или почетные названия - «Слава Екатерины», «Святой Павел», «Богоявление господне», «Гавриил», «Михаил», «Победа», «Ратный», «Полтава», «Варшава», «Париж», «Императрица Мария», «Чесма», «Двенадцать апостолов», «Варна», «Храбрый», «Синоп» и т. д. И, наоборот, флашхоуты как базовые суда, не имевшие боевого значения и служившие для снабженческих целей, носили самые рядовые, порой «обидные» названия, говорящие об их неповоротливости, неуклюжести или «вьючном» характере службы - «Жук», «Рак», «Улитка», «Буйвол», «Слон», «Жаба», «Лошак», «Верблюд», «Носорог», «Дромадер» и т. п.
Свойства (особенности) - общие, существенные, т. е. устойчивые, повторяющиеся явления в структуре и системе названий кораблей. Помимо уже упомянутых - определенности, гармоничности и иерархичности, - можно выделить и такие свойства, как единственность, преемственность и резонансность названий.
Конкретное название военного корабля, как правило, было единственным не только на флоте, в списках которого он числился, но и во всех флотах страны. Во всем русском флоте в одно и то же время почти не встречалось двух кораблей с одинаковым названием; при необходимости присвоить новому кораблю уже существующее название корабль-носитель переименовывался. Единственность названий придавала всему военно-морскому флоту стройную организационную структуру, информативность, четкость в управлении, исключало путаницу. Бывали, однако, редкие исключения. Например, под названием «Святой Николай» в 1797 г. в эскадре Ушакова на Средиземном море (в составе Черноморского флота)
действовали два корабля: фрегат и крейсерское судно (покупное).
В названиях кораблей сохранялась преемственность: после исключения военного корабля из списков флота (гибель в бою, авария, передача на слом и т. д.) его название давалось строящемуся кораблю соответствующего ранга, назначения или размера. Преемственность названий придавала кораблям устойчивость, долговечность, живучесть, превращала их в своеобразные исторические памятники, плавучие мемориалы, напоминавшие об исторической славе народа, нации, государства (по названию корабля можно было, например, узнать о победе в морском сражении, происшедшем 100 и более лет назад). Переименования были редкими и связывались только с позорными действиями корабля.
Военный корабль как любое воинское подразделение отвечает перед государством за результаты своих боевых действий. Название, как и флаг, олицетворяет честь государства, ибо корабль даже вдали от Родины считается частью государства, подчиняясь всем его законам. В случаях потери знамени в бою, массового проявления трусости, сдачи в плен без боя и других позорных поступков корабль переименовывался и его название навечно вычеркивалось из списков флота. Ярким примером может служить случай, когда в плен без боя был сдан фрегат «Рафаил» турецким кораблям, с которыми затем успешно сражался бриг «Меркурий». С тех пор название «Рафаил» более не появлялось на бортах кораблей. Причинами переименований были также политические перемены, требующие изменения названия корабля, в котором отражались ранее существовавшие политические взгляды или стороны общественного строя. Чаще всего «по наследству» передавались названия кораблей, ранее участвовавших в знаменитых битвах или отличившихся в сражениях.