В самый разгар сражения, когда Александр, предводительствуя гвардией, раненный в бедро, словно тигр, рвался к колеснице Дария, а персы собственными телами и горами павших преграждали ему путь, последний монарх ахеменидской династии дрогнул и повернул свою колесницу, запряженную четверкой лошадей, прочь с поля битвы. Войско персов замерло, подалось назад и наконец побежало. Однако греческие наемники— гоплиты— ударили по расстроенным при переходе реки и отставшим от флангов шеренгам фаланги и принялись теснить македонян. На левом фланге персидская конница терзала кавалерию фессалийцев. Когда весть о том, что Дарий бежит, достигла персидских всадников, они развернули коней и, давя пехоту, бросились прочь из битвы. Воды Пинара окрасились кровью персов, земля была густо усеяна их телами, а расщелины в земле едва ли не доверху наполнились убитыми, ранеными и задушенными воинами. Туманившая разум паника вмиг скомкала ряды громадной армии. И лишь одни греческие наемники, сомкнув плотнее ряды под ударами оправившейся фаланги, молча и организованно отступали от реки.
Бегство персов возглавила колесница Дария, которую, сметая, словно пыль, попадавшихся на пути персов, кинулся догонять Александр. Однако настичь ему удалось лишь брошенную царем колесницу, лук, щит и мантию. Дарий ускакал верхом на лошади.
Потери персов были громадны. Александр же потерял не более пятисот солдат убитыми и в несколько раз большее число ранеными. В память о павших на берегу Пинара было воздвигнуто три алтаря. Богатый обоз Дария в Дамаске был взят сподвижником Александра Парменионом. Величина и стоимость доставшейся в руки эллинов добычи были таковы, что отныне они не знали ни малейших финансовых затруднений в завоеваниях на востоке. В лагере персов была пленена семья Дария.
По вступлении в Финикию Александр получил от Дария письмо с просьбой вернуть семью и начать переговоры о мире и союзе, при этом Дарий упрекал Македонию в беспричинном нарушении македонско-персидского мира. Александр в ответном послании Дарию высказался так:
— персы — извечные враги эллинов;
— Дарий узурпировал власть, переступив труп законного наследника;
— воля богов — против Дария, и победа над ним Александра вручает ему бразды правления персидской державой;
— народы Азии сами склоняют головы перед Александром — и будь на то воля самого Дария, и ему будет оказана милость;
— в случае отказа Дария повиноваться Александр настигнет его куда бы он ни скрылся.
Во время осады отказавшегося повиноваться Александру крупного порта и могучей крепости Тира, взять которую было не под силу ни Ассирии, ни Вавилону, от Дария прибыло новое посольство. Послы передали предложение Дария уступить Александру западную часть царства, вплоть до течения реки Евфрат, и выкуп семьи Дария за 10 000 талантов. Союз двух монархов должен был скрепить брак Александра и дочери Дария. Совет во главе с Александром отверг предложение персидского царя. В ответе Дарию было сказано, что вся держава персов принадлежит Александру, включая, если Александр того пожелает, и дочь Дария, а для личных просьб Дарию следует лично явиться в стан македонян.
Между тем Карфаген отказал в помощи осаждённому Тиру. Однако пал Тир лишь после нескольких месяцев осады и яростной обороны. Известие о его взятии произвело потрясшее всех впечатление.
Флот персов прекратил существование с занятием македонянами Финикии. Мятежный пыл Афин вновь был остужен. Бежавшие к южному побережью Черного моря остатки разгромленной при Иссе персидской армии были уничтожены Антигоном, новым сатрапом Фригии. И только спартанский царь Агис высадился на Крите, стремясь расширить антимакедонскую кампанию в Элладе.
Иудея признала власть Александра, и он даровал ее общинам, раскиданным по городам Азии и Европы, значительные права и привилегии, что скоро привело их к повсеместному процветанию.
Далее сопротивляться Александру решилась крепость Газа. Она была взята с помощью насыпей и штурмовых орудий, доставленных из Тира. Этим штурмом было завершено покорение Сирии и Палестины.
Переход по пустыне в Египет у Александра занял 7 дней. В городе Пелузий его ожидал флот Эллады. Персидский сатрап Маздак практически без сопротивления сдал македонянам Мемфис, а с ним и весь Египет.
На северо-западе дельты Нила, у острова Фарос, Александр выбрал место для основания города своего имени. Александрия Египетская сразу же превратилась в один из наиболее красивых, богатых и благоустроенных городов Средиземноморья.