В VI веке н.э. возникают два крупных горных государства — Уари и Тиауанако. Это начало «среднего горизонта». Империя уари, столица которой размещалась неподалеку от современного Аякучо (в Перу), тянулась от региона Куско до района Кахамарки. Это самое крупное государство Южной Америки из тех, что существовали до Инкской империи. Возведенная на высоте 2800 метров, его столица, Уари, является одним из самых больших городов древнего Перу. В этом лабиринте многоуровневых каменных, оштукатуренных под белый мрамор строений, снабженном высокими (от 10 до 12 метров) укреплениями и системой водостоков, проживало, по разным подсчетам, от 35 000 до 70 000 человек. Строители Уари соорудили также большую сеть мощенных щебнем дорог, являвшуюся прямым предшественником инкской, и провинциальные административные центры, вроде Пикильякты (регион Куско), Вилькаваина, что в долине реки Санта, или Виракочабамбы (провинция Уамачуко). Эта империя постепенно канула в Лету между 800 и 1000 годами н.э.
Расположенный на высоте 3850 метров, неподалеку от южных берегов озера Титикака, Тиауанако в полной мере становится городским центром лишь к 350 году н.э. Мало-помалу это поселение берет под свой контроль все верхнее плато и к 550 году начинает распространять свою власть за пределы бассейна Титикаки. В конце концов его сфера влияния распространилась на прибрежные долины крайнего юга Перу и севера Чили, пустыню Атакама, всю сухую пупу боливийского запада и долины восточных боливийских предгорий. В Тиауанако могло проживать от 30 000 до 40 000 человек, к которым следует добавить примерно 10 000 обитателей каждого из городов-спутников, расположенных в его окрестностях. Таким образом, общее население метрополии могло приближаться к 250 000 человек, из которых 115 000 были городскими жителями. Никогда больше, даже при инках, в доиспанских Андах не будет столь активного процесса урбанизации, как в этот период «среднего горизонта». Церемониальный характер основных строений Тиауанако и в основном религиозная направленность его искусства, а также значительное преобладание предметов культа над военными предметами наводят на мысль, что власть метрополии скорее основывалась на ее технологических достижениях и религиозном влиянии, нежели на могущественном военном аппарате. По непонятным причинам Тиауанако и его города-спутники были оставлены приблизительно в 1000 году.
Закат крупных горных государств знаменует собой возврат к более автономному развитию местных объединений. Начинается так называемый «поздний переходный период». На побережье крайнего севера Перу, между долинами Сульяны и Чикамы, блестящим наследником культуры Мочика становится культура Сикан. В X веке это объединение приступило к массовому производству мышьяковой бронзы (сплав бронзы и мышьяка), которая постепенно заменила камни и кости в изготовлении инструментов. Его огромная столица, Батан-Гранде, становится крупнейшим металлургическим центром. Примерно в это же время объединения бассейна озера Титикака начинают производить бронзу на основе меди и олова. Центральные Анды вступили в настоящий бронзовый век, который представляет собой новый этап в завоевании человеком территорий: вооруженные бронзовыми земледельческими орудиями, андские крестьяне возделывали все больше и больше земель, сооружая все больше и больше сельскохозяйственных террас, прорывая еще больше ирригационных каналов, вырубая леса, покрывающие восточные склоны Анд.
В первой половине XI века Батан-Гранде уничтожает пожар, возможно, вызванный взбунтовавшимся населением, и власть Сикана рушится. Примерно в 850—900 годах н.э. обитатели прибрежной долины Моче основывают новое поселение немного южнее старого, известное сегодня под названием Чан-Чан, но инками называемое Чиму. На протяжении XII и XIII веков обитатели Чан-Чана, индейцы племени чиму, в результате серии завоеваний создают империю, которая, в период своего апогея, простирается на 1300 километров вдоль побережья, от Тумбеса до окрестностей Лимы. С его 20 000 или 30 000 жителей и площадью в 20 000 квадратных километров, застроенной исключительно сооружениями из кирпича-сырца, Чан-Чан становится крупнейшим андским городом той эпохи. На центральном побережье Перу город-храм Пачакамак распространяет свою политическую власть на долины рек Римак, Лурин и Мала, а религиозное влияние — на большую часть Перу. Чуть южнее возникает еще одно относительно могущественное государство — Чинча. В высокогорьях, напротив, закат государств Уари и Тиауанако открыл эпоху постоянных конфликтов между множеством небольших территорий, подвластных амбициозным вождям. Население перемещается в горы, где концентрируется и окружает себя укреплениями. Но в большинстве своем эти забравшиеся на возвышенности деревушки удалены от мест добычи воды, до которых зачастую приходится добираться по несколько часов, поэтому оборонительные возможности их обитателей весьма ограничены, так что, судя по всему, военные операции того времени представляют собой обычные набеги. Таков контекст, в котором предстоит возникнуть могущественной Инкской империи.