Манко Инка (согласно Фелипе Гуаману Поме, 1615 г.)
Обращение Манко Инки к своим капитанам во время его первого пленения испанцами в 1535 г. (согласно его сыну Титу Куси, 1570 г.)
Братья мои, друзья мои. Когда-то я вас собрал, как сегодня, чтобы вы познакомились с новыми людьми, прибывшими в наши края, бородачами, которые сейчас в этом городе. Так как они сказали мне, что они — виракочи, на которых они и походили своими одеждами, я приказал всем вам прислуживать им и уважать их, как меня самого, и выплатить им подать из того, что есть в ваших землях, полагая, что они — люди признательные, присланные сюда тем, кто, по их словам, был «Тикки-Виракоча», то есть Богом-Создателем. Сейчас я осознаю, что все пошло не так, как я ожидал. Знайте же, братья мои, что эти люди, как они отчетливо показали с тех пор, как появились в моем королевстве, являются сыновьями не Виракочи, но дьявола, так как с тех пор, как они здесь, они действовали и действуют против меня, как оные, что вы и можете видеть собственными глазами. Если вы действительно меня любите, думаю, вы не можете не чувствовать огромную боль и печаль, глядя на меня, вашего короля, закованного в цепи, но явно не заслуживающего такого обращения, — и все это лишь потому, что я впустил в мое королевство подобных людей, за что должен был бы сам себе отрубить голову. Жизнью вашей заклинаю, если вы хотите видеть меня довольным, соберите в своем кругу как можно быстрее побольше серебра и золота, раз уж эти люди любят их так страстно, чтобы я мог избежать этого унижения и выйти из этой тюрьмы, в которой вы собственными глазами видите меня таким подавленным и удрученным.
Манко и несколько сотен инков нашли прибежище в горах Вилькабамбы, к северу от Куско, лесистом регионе с множеством отвесных крутых склонов. Однако там находились несколько небольших поселений, таких как Вилькабамба, Виткос, Пампаконас и Рангалья. Манко располагал лишь несколькими тысячами воинов-горцев и не мог поднять против испанцев остальное население страны, заметно уставшее за годы войн и эпидемий. В итоге в Вилькабамбе инки пытались организовать некое неподвластное чужестранцам пространство, сочетая переговоры с колониальной властью с нападениями на испанцев, проезжающих по дороге, что соединяла Куско с Лимой. Но не вся инкская элита высказалась за новое восстание. Некоторые предлагали принять условия новых хозяев страны, дабы сохранить хоть толику богатств и власти. Для других же присутствие чужаков даже являлось возможностью занять позиции, о которых прежде они не могли и мечтать. Именно таков был случай Паулью, выбранного испанцами в качестве преемника его сводного брата Манко, тогда как претендовать на престол в обычных условиях Паулью не смог бы, так как мать его принадлежала к верхушке завоеванного племени, уайлья. Под властью испанцев Паулью изображал верховного правителя инков до своей смерти в 1549 году.
Колониальный порядок устанавливался постепенно. Сначала вооруженный конфликт разгорался между конкистадорами, затем — между испанцами и королевской властью, когда последняя пыталась воспрепятствовать им воцариться на ее территориях на правах феодалов. Эти войны продолжались до 1551 года, и местное население, встающее то на одну сторону, то на другую, стало их главной жертвой. Надеясь сыграть на разногласиях между конкистадорами, Манко принял в Вилькабамбе тех испанцев, что восстали против присланного испанским королем губернатора. В конце 1544 года один из этих вероломно убил правителя инков. Сопротивление возглавил сын Манко, Сайри Тупак. Рассчитывая на капитуляцию инков Вилькабамбы, испанские власти приступили к переговорам, которые завершились в 1558 году «выездом» Сайри Тупака, коему было обещано богатое владение неподалеку от Куско. Но это соглашение оказалось выгодным лишь для Верховного Инки, так как Сайри Тупак обрел возможность обеспечить безбедное существование своим родным и потомкам, тогда как другие инки, остававшиеся в Вилькабамбе, не получали ровным счетом ничего. Тишу Куси, который сменил Сайри Тупака во главе сопротивления Вилькабамбы, активизировал политическую и военную деятельность мятежных инков. После его смерти (1571 г.) власть переходит к другому сыну Манко, Ту паку Лмару, но уже в следующем году вице-король Толедо направляет в Вилькабамбу отряд из 250 испанцев, которым оказывают поддержку сотни каньяри и чачапойя. Плененного Тупака Лмару доставляют в Куско, где вскоре казнят. Инкскому сопротивлению в Вилькабамбе приходит конец.