Филипп решил запретить этим прелатам покидать королевство, папа же настаивал на их немедленном прибытии в Рим. Король Филипп собрал совет в Лувре, и один из его преданных советников выдвинул обвинение против папы римского Бонифация. Было сформулировано даже требование об избрании нового папы, «подлинного защитника веры».
Бонифаций ответил на это, что королю следует оставить подобное поведение, иначе он должен быть наказан как несмышленый ребенок, и заявил, что, если прелаты не будут отпущены из Франции, король будет отлучен от церкви.
Филипп был встревожен этим: он опасался, что его подданные, привыкшие повиноваться церкви, в случае действительного отлучения могут его оставить. Поэтому он потребовал поддержки церквей, с тем, чтобы было объявлено к общему сведению: следует игнорировать указы папы и повиноваться только королю. Лишь немногие отказались повиноваться, в том числе аббаты Сито и Темплар.
Король, почувствовав, за собой поддержку, послал Гильома де Ногаре к Бонифацию, находившемуся в то время в родном городке Ананьи, жители которого относились к папе с благоговением и даже, чтобы продемонстрировать преданность ему, протащили по пыльной земле знамя королевской Франции. Гильом решил прежде всего заручиться поддержкой врагов Бонифация в Риме, семьи Колонна, щедро заплатив им за услуги. Больше всего в этой семье ненавидел Бонифация Сциарра Колонна, который прежде был захвачен в плен пиратами и мог бы быть освобожден, если бы открыл свое имя, а пираты обратились бы к папе с требованием выкупа. Но Колонна из гордости отказался от обращения к врагу. В дальнейшем ему удалось бежать. Сциарра с удовольствием присоединился к Гильому, и во главе отряда своих сторонников они въехали на конях в городок, крича: «Смерть Бонифацию! Да здравствует Филипп Красивый и французское знамя!»
Простые горожане испугались, решив, что к ним нагрянуло французское войско, и забаррикадировались в своих домах, забыв об обещаниях защитить папу римского, оставив его лицом к лицу с врагами. Колонка потребовал, чтобы папа немедленно отрекся.
Бонифаций отказался это сделать, заявив: «Меня предали, как Христа. Может быть, я умру, но умру папой римским».
Семидесятипятилетний старик держался перед врагами с достоинством, облаченный в плащ св. Петра, в Константиновой короне, с ключами и крестом в руках. Колонна готов был убить папу на месте, но Гильом де Ногаре, понимавший всю неразумность этого намерения, Удержал своего спутника. Он заявил при этом, что папа «должен благодарить короля Франции за милость», которую тот оказал Бонифацию через Гильома, защитив его от угрозы убийства..
Затем французы посадили папу под арест. Через три дня горожане, устыдившись своего отступничества, вышли на улицы. Они убедились, что неприятельской армии вовсе нет, а в город вошла только кучка иностранцев. Толпа горожан направилась к дому, где содержали папу, и освободила его. Он страдал от голода и жажды, и добрые люди давали ему хлеб и вино и кричали: «Да здравствует его святейшество!»
Но этого испытания Бонифаций не перенес. По прибытии в Рим он сразу тяжело заболел. Одни объясняли его болезнь лихорадкой, другие утверждали, будто он «лишился рассудка от ярости» (возможно, последняя версия была выдумана врагами папы). Бонифаций скончался в Риме 11 октября 1303 г. Он пытался идти по стопам Иннокент тия III, но не учел, что со времен последнего прошло почти сто лет, и за это время власть светских государей усилилась в ущерб папской власти. Бонифаций ушел из жизни, так и не сумев поддержать престиж Святого Престола.
Филипп решил извлечь выгоду из создавшегося положения. Когда был избран новый папа, Бенедикт XI король отправил к нему послов с поздравлениями, но одновременно дал понять, что папа, если желает защиты для себя, не должен пренебрегать властью французского государя. Бенедикт понимал необходимость сохранять мир с самым могущественным европейским монархом; вместе с тем он не мог простить Гильома де Ногаре и тех французов, которые явились к предыдущему папе в Ананьи, послужив фактической причиной его смерти. Также он не мог, как хотел того Филипп, осудить предшественника.
В 1304 г. новый папа издал буллу, отлучающую от церкви тех, кто осмелился совершить преступление против доброй памяти папы Бонифация. Король Филипп на это никак не отреагировал. Однако через месяц Бенедикту принесли корзинку со свежими фигами. Он съел несколько из них и почти сразу после этого скончался. Трудно сказать, наверняка, кто именно был отравителем. Назывались имена Колонны, Гильома и самого Филиппа. Последнее вероятнее всего, так как королю надо было устранить несговорчивого Бенедикта и найти такого папу, который был бы послушен французскому королю.
Он нашел такого человека в лице Бернара, архиепископа Бордоского, отличавшегося тщеславием и амбициозностью. Король Филипп встретился с архиепископом и обещал, что поможет ему сделаться папой, если тот выполнит некоторые условия короля. Бернар, перед которым открылась перспектива поддержки от такого могущественного монарха, с радостью согласился. Правда, одним из условий являлся отказ от почитания памяти папы Бонифация, а это не было легким делом. Еще одно условие, на котором король настаивал, он до поры сохранил в секрете. Филипп оставил у себя заложниками брата и двух племянников будущего папы, и они расстались. Через несколько недель архиепископ стал папой Климентом V. Филипп же теперь становился самым могущественным человеком в Европе. Тот, кто прежде мог бросить ему вызов, теперь находился под его контролем. Более того, новый папа перенес резиденцию из Рима в Авиньон, который хотя и был папским владением, но находился во Франции, под контролем короля. Этот период (около 60 лет) прозвали «авиньонским пленением пап».
Вскоре после этого французский король сообщил папе о последнем условии — о необходимости упразднить орден тамплиеров (рыцарей храма). Новый папа был поражен: он не понимал, чем тамплиеры не угодили королю Франции. Правда, они не поддержали его против Бонифация, но едва ли это было достаточным основанием для таких суровых мер. Между тем Филиппу были очень нужны деньги. Он знал, что этот орден располагает сокровищами огромной ценности, тем более что сам пользовался убежищем в замке тамплиеров во время беспорядков в Париже в 1206 г. Войны, которые он вел, истощили казну, а богатства тамплиеров могли бы поправить дело.
Орден рыцарей храма сильно изменился со времени своего основания на Святой земле в Иерусалимском королевстве времен первых крестовых походов, около 1119 г. Уже к концу XII века он располагал огромными богатствами во всех христианских странах, а через сто лет его мощь и богатства еще возросли. Король Филипп был намерен завладеть всем этим достоянием, а папе Клименту пришлось теперь выполнять волю того, кому он был обязан избранием. Папа и король вызвали в Париж великого магистра ордена Жака де Моле, будто бы для того, чтобы обсудить планы нового крестового похода. Тогда же Филипп распространил слухи о преступных пороках, которым будто бы предались тамплиеры. Сам же король делал вид, что даже не слышал ничего об этом, и де Моле был уверен, что пользуется благосклонностью короля, тем более что был крестным отцом одного из королевских детей. Хитрый Филипп подождал еще какое-то время, а затем снова встретился с папой, и они обсудили тревожные слухи о тамплиерах, после чего король заявил, что это надо расследовать. Не трудно было получить доказательства их вины, и в результате великий магистр был арестован, как и ведущие тамплиеры по всей Франции. Начались пытки и казни. Клименту должно было быть стыдно за такое обращение с людьми, которые любили богатство и роскошь, но никогда не были врагами Рима и не были виновны в тех нелепостях, которые ставились им в вину.
Де Моле и два других руководителя ордена были сожжены 11 марта 1314 г. Под пытками они сделали нужные признания, но, когда их повели на казнь, отказались от признаний и де Моле, говорят, заявил: «Бог отомстит за нашу гибель». Так как папа скончался уже в апреле, а король Филипп — через восемь месяцев после казни великого магистра, появились слухи, что их смерть связана с его проклятием.
Добиваясь богатств тамплиеров, король Филипп одновременно установил власть французских королей над папами.