Друга і єдина відома копія чи версія «Хронік» Захарія — «Р. VII. 132», або «Патріарша версія», — зберігається в бібліотеці Вселенського патріархату в Константинополі і палеографічно датована серединою або кінцем шістнадцятого сторіччя. Мабуть, це пізніша версія копії, надісланої патріархові настоятелем Зографу ще за життя Захарія. Оригінал цієї версії, ймовірно, супроводжувався листом від настоятеля до патріарха. У листі настоятель попереджає патріарха про можливу єресь у Болгарії в монастирі Светі Георгі. Листа більше немає, хоча, можливо, заради обережності та збереження таємниці настоятель Зографу попросив Захарія скопіювати рукопис, аби відправити його до Константинополя, а оригінал залишив у бібліотеці Зографу. Через п’ятдесят і навіть через сто років після створення документ усе ще вважали настільки важливим, що його копіювали в бібліотеці Вселенського патріархату. «Патріарша версія», що являє собою пізнішу копію листа із Зографу, відрізняється від «Афона 1480» однією деталлю: до неї виключено ту частину розповіді, де йдеться про те, що бачили ченці під час чергування біля трупа в церкві на Снагові (дослівно від рядка «Один чернець бачив, як звір…»і до рядка «безглаве тіло князя сіпнулося й намагалося встати»). Можливо, цей уривок виключили з пізньої копії, щоб користувачі Патріаршої бібліотеки не виявили небажаної інформації про єресь, описану Стефаном, або для того, щоб не афішувати забобони щодо мерців — такі хибні вірування керівництво церкви забороняло. «Патріаршу версію» важко датувати, хоча ця копія є в каталозі Патріаршої бібліотеки з 1605 року.
Остання риса схожості, разюча й загадкова, існує між двома відомими версіями «Хроніки». Обидва рукописи обірвані рукою практично в тому самому місці. «Афон 1480» закінчується словами «Я зрозумів…», у той час як у «Патріаршій версії» є продовження: «що це була не чума, а…». Після цього обидва документи були повністю обірвані уздовж рядка, можливо, щоб викинути частину розповіді Стефана, де оповідалося про ще більшу єресь або інше зло в монастирі Светі Георгі.
Ключем до дати ушкодження рукопису може бути виноска в бібліотечному каталозі, у якому «Патріарша версія» позначена як «незавершена». Ми цілком можемо припустити, що кінцівка цієї версії була відірвана до 1605 року. Проте не можна з’ясувати: ці обидва акти вандалізму було скоєно одночасно чи відірвана кінцівка одного рукопису змусила зробити те саме із другим, тільки пізніше. Ми також не можемо дізнатися, наскільки збігалися кінцівки обох цих рукописів. Але, ґрунтуючись на точній подібності «Патріаршої версії» до рукопису із Зографу, за винятком відсутності згадуваного уривку, можна стверджувати, що розповідь, вочевидь, закінчувалась однаково, принаймні, кінцівки двох документів були дуже схожі. Більше того, той факт, що частина «Патріаршої версії» була відірвана, незважаючи на виключений уривок про надприродні події в церкві на Снагові, свідчить на користь того, що відірвана частина все-таки була пов’язана з єрессю або злом у монастирі Светі Георгі. Більше серед балканських манускриптів не було знайдено жодного випадку, коли виправлялися б копії однакових документів, що знаходяться на відстані сотень миль одна від одної.
«Хроніка Захарія із Зографу» публікувалась до цього часу двічі. Перше видання було перекладом грецькою з ґрунтовним коментарем. Воно входило до книги Ксантоса Константиноса «Історія візантійських церков, 1849». 1931 року Вселенський патріархат надрукував брошуру зі слов’янським оригіналом. Атанас Ангелов, який знайшов версію Зографу 1923 року, планував видати її з великим коментарем, але його смерть 1924 року перешкодила йому здійснити задумане. Деякі з його нотаток були оприлюднені посмертно в журналі «Балканскі історично преглед» 1927 року.