Политическое укрепление Моравии и создание самостоятельной славянской церкви беспокоило Людовика и Зальцбургского епископа, ставшего непримиримым врагом Мефодия.
Славянская объединительная политика Ростислава побудила немецких феодалов принять меры к тому, чтобы освободиться от этого пламенного сторонника независимости славянских племён Моравии. В 864 г. Людовик начал успешную войну с Ростиславом. Военные неудачи не сломили славян, в 869 г. вспыхнуло всеобщее восстание славян против Людовика, и он не смог его тогда подавить. Бессильные подчинить Ростислава военной силой, немецкие феодалы решили свергнуть его таким же образом, как они свергли в своё время при содействии Ростислава его дядю Моймира. Орудием этого коварного плана был избран нитранский князь Святополк, племянник Ростислава. В 870 г. с помощью немецких феодалов Святополк захватил Ростислава в плен и отправил к Карломану, сыну Людовика, в Регенсбург, где суд приговорил Ростислава к смертной казни. Под видом смягчения приговора Карломан распорядился ослепить Ростислава и заточить его в монастырь. В Моравии стал княжить Святополк (870–894). Однако последний становился уже ненужным немецким феодалам, в планы которых входило подчинить Моравию и её союзников Германии. В 871 г. Святополк был обвинён в измене, низложен и отправлен в Германию. Вся Моравия была оккупирована немцами, и управление ею было поручено двум графам. Но в 872 г. славянские племена Моравского союза восстали против немецких захватчиков. Тогда Людовик для усмирения восставших отправил Святополка. Германские войска проникли до центра Моравии Велеграда. Но в момент, когда немцы уже готовились праздновать победу, Святополк перешёл на сторону своих соплеменников. Он объединил под своей властью ополчения моравов, чехов и полабских славян и нанёс немцам страшное поражение. Тогда Людовик Немецкий поспешил вступить в переговоры с Святополком. В 874 г. был заключён мир в Форгейме, и германский король вынужден был признать независимость Моравии. Чехия стала тоже независимой от Германии. После смерти Коцела под власть Святополка перешло и его княжество. Святополк распространил свою власть на славянские земли по Лабе, Одре и в Карпатах. Дитмар Мерзебургский сохранил для истории указания на зависимость от Святополка польских племён. Значение деятельности Святополка заключается в том, что ему удалось отстоять внешнеполитическую независимость Великоморавского союза племён. Однако он в то же время содействовал укреплению германского влияния внутри союза, поддерживая германское духовенство против славянской христианской церкви.
Немецкое католическое духовенство не желало примириться с потерянными позициями и повело напряжённую борьбу с славянской народной церковью. Оно выступило против её главы Мефодия, не брезгуя клеветой и обманом.
Добившись значительных военно-политических успехов в борьбе с немцами, Святополк стремился не обострять в дальнейшем отношений с ними, в частности с католическим духовенством. Пользуясь этим, немецкое духовенство начало преследовать Мефодия. Его заключили в тюрьму, где он оставался в течение двух с половиной лет. В Риме стало известно о положении Мефодия, и папа Иоанн VIII, считая, что немецкое духовенство превысило свою власть и задело папский авторитет, потребовал освобождения Мефодия из тюрьмы. Немецкое католическое духовенство вынуждено было подчиниться требованию папы и освободило Мефодия из заключения.
После нового путешествия в Рим Мефодий был восстановлен в своих правах. С этого времени начинается особенно интенсивная деятельность Мефодия в Моравии и за её пределами. Мефодий оставался во главе народно-славянской церкви до самой смерти, последовавшей 6 апреля 885 г. Смерть Мефодия послужила поводом к усилению немецкой агрессии с целью ликвидации народно-славянской церкви и всего культурного наследия, оставленного Мефодием и его братом Кириллом.