Фашистские главари своими показаниями со скамьи подсудимых вынуждены были признать истинные цели захвата Чехословакии, явившегося лишь этапом в их политике «покорения мира». Эти цели состояли, как говорят нам материалы Нюрнбергского процесса, «в стремлении поработить чехословацкий народ, использовать чехословацкие промышленные и естественные ресурсы в целях увеличения германского военного потенциала и создать стратегические предпосылки для нападения на Польшу». Чешско-моравский бассейн должен был быть очищен от чехов, которых предполагалось переселить на восток, в район Сибири, и колонизован немцами. Целью вторжения в Чехословакию была ликвидация исторически сложившихся славянских государств. На состоявшемся 23 ноября 1939 г секретном совещании главнокомандующих сухопутными, морскими и воздушными силами Германии Гитлер выступил с речью, в которой заявил: «Мне было заранее ясно, что я не могу удовлетвориться присоединением Судетской области. Мною было решено вступить в Богемию, после этого назначено было вступление в Польшу».
Заставив словацких фашистов провозгласить самостоятельность Словакии, гитлеровская Германия на деле превратила её в свою колонию. Премьер словацкого марионеточного «правительства» Тука заявлял: «Будущая государственная система Словакии явится сочетанием немецкого фашизма и римского католицизма». Действуя в духе этого заявления, Тисо, Тука и им подобные поставили всё словацкое народное хозяйство на службу Германии. 23 марта 1939 г. ими был подписан договор с гитлеровским правительством, согласно которому Германия принимала на себя «защиту интересов Словацкого государства». В договоре говорилось: «Основным принципом является то, что все ресурсы, в которых Словакия не ощущает потребности, будут предоставлены в первую очередь в распоряжение Германии. Все естественные ресурсы будут находиться под управлением германского ведомства по исследованию природных ресурсов».
В «протекторате Чехия и Моравия» тоже существовало «правительство», был и президент, которым остался за свои заслуги перед Германией Гаха. Фактически полными хозяевами протектората стали имперский протектор фон Нейрат и его ближайший помощник, бывший заместитель Генлейна в Судето-немецкой партии, Карл Франк, въехавший в Прагу вместе с Гитлером 15 марта. Первым «мероприятием» этих уполномоченных Гитлера явилось полное ограбление страны. Оккупанты крали всё — от предметов потребления до заводов и фабрик. Они вывезли из Чехословакии различных ценностей на миллиарды крон, значительную часть золотого запаса, 45 % паровозного парка и 76 % автомобилей. Ими были конфискованы и вывезены в Германию все военные материалы Чехословацкой армии стоимостью в 20 млрд. крон. Нужные им отрасли промышленности немцы забирали в свои руки, ненужные — закрывали. Оккупанты подчинили своему контролю всё чехословацкое сельское хозяйство, полностью вывезли запасы продовольствия в Германию, обрекая тем самым местное население на голод. Немцы не остановились на этом. Они стали вывозить из Чехословакии в Германию людей. За 6 лет гитлеровской оккупации туда было отправлено свыше 600 тысяч человек. Всякая политическая и культурная жизнь в протекторате была подавлена. Немцы ввели здесь свои законы и учреждения. Чехи были лишены всех прав. Им было запрещено говорить на родном языке. Делопроизводство велось только на немецком языке. Школы, театры, печать и издательства стали достоянием немцев. Университеты и большинство высших школ были закрыты, в оставшихся школах преподавали немцы. В стране установилось царство террора. Немецкие захватчики уничтожили в общей сложности 244 836 чехословацких граждан, из которых 200 тыс. погибло в концлагерях.
Но всё это не сломило чехословацкий народ. С самого начала германской оккупации начинается борьба чехов, словаков и закарпатских украинцев за своё освобождение. Эта борьба ведётся ими как внутри страны, так и вне её. С момента нападения Германии на СССР движение сопротивления приобретает ещё больший размах.
Организатором сопротивления немецким захватчикам на оккупированных территориях Чехословакии выступила чехословацкая компартия, поддержанная подавляющим большинством населения. Сопротивление выражалось в массовых актах саботажа, бойкоте всего немецкого, террористических актах и т. д. Руководили этими действиями члены подпольной организации, издававшей свои газеты и листовки. В Словакии и Закарпатской Украине широкий размах приняло партизанское движение. Немецкие власти проводят целый ряд жесточайших репрессивных мероприятий. Они расстреливают чешских студентов и рабочих, сажают их в концлагери и тюрьмы. Но сопротивление всё возрастает. Интеллигенция вместе со всем народом всё активнее борется против германских захватчиков. В 1940 г. Карл Франк заявил, что «2 тыс. чешских заложников, находящихся в концлагерях, будут расстреляны, если видные чешские деятели откажутся подписать заявление о лояльности». Но борьба не прекращалась. Гитлер негодовал. Он сместил Нейрата и назначил протектором Гейдриха, приказав ему усилить террор. Чехи ответили на это убийством Гейдриха. В отместку гитлеровцы 10 июня 1942 г. стёрли с лица земли чешскую деревню Лидице, уничтожив её население, и расстреляли многих заложников. Чехи усилили акты саботажа. Оккупанты попытались возложить ответственность за поведение рабочих на администрацию предприятий, заставив директоров заводов и фабрик подписывать такое заявление: «Я принимаю к сведению то обстоятельство, что я буду немедленно расстрелян, если фабрика прекратит работу без уважительной причины». Такая же ответственность была возложена на школьных учителей за поведение учеников. Но и это не помогло. Чехи, словаки и украинцы вплоть до момента разгрома гитлеровской Германии не прекращали борьбы. Формы этой борьбы в зависимости от обстоятельств были различными. Чехи, которых немцы не брали в армию, считая опасным дать им оружие, широко практиковали акты саботажа и террора. Словаки, которые как «союзное» государство имели воинские части, включённые в состав германской армии, применяли и другие способы сопротивления. Часть их, уклоняясь от призыва в армию, уходила в горы, создавая там партизанские отряды. Те, кто в составе германских войск оказались на советско-германском фронте, массами переходили на сторону Красной Армии, сдаваясь в плен при первом соприкосновении с её частями. Кульминационным пунктом борьбы словаков явилось вспыхнувшее 29 августа 1944 г. восстание всей словацкой армии, находившейся внутри страны. Центром восстания была Баньска Быстрица. Восставшие установили свой контроль над большей частью Словакии. Против них германским командованием были брошены крупные немецкие и венгерские соединения с большим количеством танков, самолётов и артиллерии. Словацкие войска, совершенно не имевшие тяжёлого вооружения, тем не менее свыше двух месяцев вели ожесточённые бои со значительно превосходящими их силами противника. Когда немцы после тяжёлых боёв заняли центр восстания Банську Быстрицу, словаки не сложили оружия и ушли в горы, где вели партизанскую войну вплоть до прихода Красной Армии.