Наибольший размах партизанское движение приняло в Закарпатской Украине, где оно имело непосредственную связь с партизанскими отрядами Советской Украины, получая от них помощь и поддержку. Это движение возглавлялось героем закарпатско-украинского народа Миколой Барканюком. Под его руководством партизанские отряды Гавриила Лагойды, Михайлы Серко, Миколы Сокача, Василия Жупана действовали на коммуникациях немцев и венгров, громили их обозы и транспорты, уничтожали военные склады.
Одновременно с борьбой народов Чехословакии против немецко-венгерских оккупантов внутри страны большая работа проводилась и за границей.
Президент Бенеш, не признавший мюнхенского соглашения, уехал ещё 5 октября 1938 г. сначала в Америку, а затем в Англию, где в 1940 г. встал во главе созданного в Лондоне Чехословацкого национального совета. Национальный совет стал организационным центром чехословацкой эмиграции в Великобритании. Он образовал кабинет министров, возглавленный Шрамеком и признанный к лету 1941 г. великими державами законным правительством Чехословацкой республики. В первые годы войны под влиянием проанглийски настроенных и связанных с консервативными кругами Великобритании членов Национального совета президент и правительство Шрамека занимали выжидательную позицию. Они выступали против организации активного сопротивления немецко-венгерским оккупантам внутри страны, против развёртывания партизанского движения, расходясь в этих вопросах с позицией чехословацкой эмиграции в Советском Союзе. Чехословацкая эмиграция в СССР, возглавленная руководителем КПЧ К. Готвальдом, с первых дней оккупации явилась инициатором и руководителем движения сопротивления в чехословацких землях, создания подпольных радиоцентров в Чехии и Словакии, организации партизанских отрядов, актов саботажа и диверсий против оккупантов. После нападения гитлеровской Германии на Советский Союз и первых ударов советских войск по германской армии президент Бенеш вступает с правительством СССР в переговоры, завершившиеся 18 июля 1941 г. соглашением об обмене посланниками, о совместных действиях в войне против Германии и о создании на территории СССР национальных чехословацких воинских частей. Одновременно лондонским чехословацким правительством предпринимаются некоторые шаги для организации воинских частей в других странах. Небольшая чехословацкая воинская часть приняла в конце войны участие в боях на западном фронте. Некоторые чехословацкие лётчики, находившиеся в Англии, участвовали в налётах английской авиации на германские города. Одновременно чешскими патриотами был создан батальон имени Яна Жижки, сражавшийся в составе югославской народно-освободительной армии.