После перевода Библии на коптский язык в III столетии христианство вышло за пределы Александрии и других грекоязычных общин и стало распространяться среди коренного населения Египта. За столетие гонений ни одна провинция Римской империи не пострадала больше, чем Египет, где при Диоклетиане погибли мученической смертью сотни тысяч человек. Некоторые нашли убежище в пустыне, но только после Миланского эдикта 313 г., когда необходимость в бегстве отпала, начался настоящий исход. Раньше прямой путь к Богу видели в мученичестве, а теперь его стали искать в пустынножительстве.
Это было чисто египетское явление, поскольку практически все первые отшельники и монахи были египтянами. Они тысячами отправлялись в бесплодные и дикие земли, чтобы, избавившись от имущества, почестей и даже ощущения себя как личности, стать ближе к Богу. Св. Антоний сказал: «Пусть никто, отказавшийся от мира, не думает, что отказался от чего-то великого. Вся земля скудна и бедна в сравнении с бесконечностью небес». Этот тихий голос из египетской пустыни, принадлежавший человеку, который в каждом мгновении умел видеть вечность, оказал не меньшее воздействие на умы христиан, чем вся греческая мудрость александрийских философов.
338 г. Св. Антоний покидает свою отшельническую келью и прибывает в Александрию, чтобы поддержать Афанасия. Несмотря на это, Констанций изгоняет Афанасия и его сторонников из церквей. Тот покидает Египет и находит убежище в Риме у Константа.
341 г. В Египте начинается официальное преследование традиционных языческих верований. Констанций заявляет в своем декрете: «Суеверию нужно положить конец, а нечестивые жертвоприношения должны быть прекращены».
346 г. Афанасий снова возвращается в Александрию, где остается на последующие десять лет. За это время Александрия распространяет свое влияние в христианской Эфиопии, патриархи получают право назначать главу эфиопской церкви (абуну) и ее епископов. Такая практика сохранялась и в двадцатом столетии.
350 г. Констанций отдает церкви Цезареум — храм, построенный в Алексанрии Клеопатрой для Марка Антония.
353 г. Императорские эдикты запрещают языческие ритуалы и настаивают на закрытии языческих храмов.
356 г. После новых столкновений Афанасия с арианами Констанций пытается арестовать Афанасия, но тот тайно бежит в пустыню, где скрывается в монастырях. Во время этого третьего изгнания Афанасия, продлившегося шесть лет, власти разрешают арианам захватывать ортодоксальные церкви. Вместе с язычниками ариане нападают на Цезареум, который Афанасий ранее вытребовал для своих сторонников.
Св. Антоний умирает в возрасте 105 лет.
Ок. 361–363 гг. Монастырь св. Антония строится возле пещеры, где жил отшельник.
361 г. Император Юлиан (правил в 361–363 гг.), перешедший из христианства в язычество, восстанавливает систему государственной поддержки языческих культов и одновременно разрешает ортодоксальным епископам, последователям Афанасия, вернуться к пастве.
362 г. Афанасий возвращается в Александрию, но Юлиан, который считает его образцом нетерпимости, изгоняет его вновь. Во время этого четвертого изгнания Афанасий находит прибежище в Фиваиде — области вокруг Фив.
364 г. Император Валент (правил в 364–378 гг.), будучи арианином, тем не менее позволяет Афанасию вернуться в Александрию.
373 г. Вскоре высланный из города Валентом, Афанасий укрывается в гробнице своего отца, а затем возвращается в Александрию, где и умирает.
380 г. Император Феодосий I (правил в 379–395 гг.) провозглашает, что веро-определение, принятое Никейским собором, является единственно правильным. Арианство теряет поддержку со стороны императорской власти.
381 г. Феодосий созывает Второй Вселенский собор в Константинополе, который исправляет Никейский символ веры и провозглашает, что константинопольский патриарх подчиняется только римскому Роль Александрии на Востоке становится второстепенной.
«Более чем вероятно, что мы обязаны этим отшельникам первой проповедью евангелия в Англии, где до св. Августина преобладал египетский монашеский устав. Но еще более важно понимание того, что ирландское христианство, великий распространитель культуры и цивилизации среди северных народов эпохи раннего Средневековья, было детищем Египетской церкви».
391 г. 24 февраля Феодосий издает декрет, запрещающий любые проявления язычества на территории империи.
16 июня издан второй эдикт о запрете языческих культов, адресованный непосредственно жителям Александрии и Египта. Этот документ, приравнивающий язычество к государственной измене, побудил патриарха Феофила повести воинственно настроенную толпу на Серапеум, который был варварски разрушен. Библиотека, насчитывавшая 40 тысяч книг, была уничтожена. К этому времени от половины до двух третей населения Египта исповедовали христианство.
394 г. Последняя известная нам иероглифическая надпись, найденная на острове Филэ, сообщает о празднестве в честь рождения Осириса (24 августа).
395 г. Наследниками Феодосия становятся его сыновья, которые официально оформляют разделение Римской Империи. Гонорий правит на Западе, а Аркадий (правил в 395–408 гг.) — на Востоке. Этот год считается условной датой начала существования Византийской империи (хотя некоторые ведут ее историю от 324 г., другие — от 527 г.).
407 г. Демотическая надпись из Филэ показывает, что культ Исиды сохраняет там свою популярность.
410 г. Бедуины разоряют монастыри Вади-Натрун, вестготы захватывают Рим.
412 г. Патриарха Феофила сменяет его племянник Кирилл (правил в 412–444 гг.), который до этого пять лет провел в монастырях и мог рассчитывать на поддержку монахов. Он настраивает мойахов и александрийскую чернь против евреев, которых лишают имущества и изгоняют из города. При жизни Кирилла с его авторитетом и мнением считались как Восточная, так и Западная церкви.
415 г. Кирилл решительно берется за подавление деятельности философских школ в Александрии и натравливает повинующуюся ему толпу монахов на Гипатию, язычницу и философа-неоплатоника. Они притащили ее в церковь и растерзали, вооружившись битой черепицей.
Ок. 421 г. Блеммии возобновляют свои набеги из Нубии на территорию Верхнего Египта. 20 тысяч беженцев ищут спасения за стенами Белого монастыря возле Сохага.
444 г. Диоскор (правил в 444–454 гг.) становится патриархом Александрийским после Кирилла. Он унаследовал очень влиятельный как в духовном, так и в мирском отношении пост. Его называют «фараоном Церкви». В годы патриаршества Диоскора монах из Константинополя по имени Евтихий стал утверждать, что Христос обладал только одной природой, в которой человеческое и божественное было слито. Это учение известно под названием «монофизитство».