Дискриминация и тяжелые налоги вызвали возмущение среди коптов, чья национальная гордость уже была задета появлением арабов и постоянным проникновением в Египет кочевых племен. Это привело к череде коптских восстаний, которые удалось подавить только с помощью массового кровопролития. После одного из таких восстаний, в 726 г., власти предприняли первое широкомасштабное переселение арабов в Египет. Многие копты приняли ислам после жестоких репрессий 832 г.; будучи не в состоянии платить налоги, в том числе из-за того, что состояние ирригационной системы становилось все хуже, они перебирались в города и оставляли большие земельные угодья необработанными.
В 870 г. Аббасиды назначили наместником Египта турецкого генерала ибн Тулуна, но он провозгласил независимость от Багдада. Впервые со времен Птолемеев Египтом стал править человек, который начал развивать экономический потенциал страны для ее же собственного блага. Ибн Тулун восстановил систему орошения, тем самым повысив производительность сельского хозяйства, и реформировал налогообложение, освободив египтян от непосильного бремени. Величественная мечеть, носящая его имя, по-прежнему является самой большой в Каире и второй по древности во всем Египте после сильно перестроенной мечети Амра в Фустате.
В 905 г. Аббасиды вновь отобрали Египет у менее талантливых преемников ибн Тулуна, но владычество Багдада продержалось только тридцать лет, до того момента, когда еще один турецкий наместник, Ихшид, основал свою собственную правящую династию. В 969 г. она была свергнута, на сей раз арабскими правителями из рода Фатимидов, которые, используя созданную ибн Тулуном и Ихшидом сильную административную систему, сделали Египет независимым государством.
«Многим воинам этой армии удалось повидать прекрасные города Палестины — Эдессу, Дамаск, Иерусалим; некоторые, возможно, даже любовались на легендарные красоты Антиохии и чудеса Пальмиры; но ничто не могло сравниться с величием города, который теперь вырастал перед их глазами, пока они проходили через сады, виноградники и монастыри на его окраинах. Даже в седьмом столетии Александрия все еще оставалась прекраснейшим городом в мире: за исключением разве что древнего Карфагена и Рима, ни один строитель не возводил ничего подобного ни до, ни после. На всем пространстве, которое можно было окинуть взглядом, тянулась бесконечная цепочка стен и башен, которые и спустя много столетий будут вызывать восторг у путешественников. За стенами и над ними сверкали купола и фронтоны, колонны и обелиски, статуи, храмы, дворцы… а на заднем плане над морем возвышался огромный монумент — Фаросский маяк, который по праву был причислен к чудесам света. Даже в душах этих полудиких воинов пустыни зародилось непривычное волнение, вызванное величием и пышностью, а также мощью и размерами этой столицы, которую они пришли подчинить себе…»
640 г. В январе арабский полководец Амр ибн аль-Ас после месяца осады захватывает средиземноморский порт Пелусий в северо-восточной части Дельты. Весной он подступает к стенам византийской крепости Вавилон.
Войско мусульман было ослаблено после нескольких недель военных действий, и Амр, осознавая, что у него недостаточно сил для взятия крепости, посылает в Аравию за подкреплением. Тем временем сам он переправляется через Нил, идет к юту, минуя Мемфис, который пришел в упадок после основания Александрии, и предпринимает набег на Файюм, где встречает энергичное сопротивление и вынужденно отступает.
В июне подкрепление — общей численностью около 12 тысяч человек — прибывает к Гелиополю, где объединяется с войском Амра. В следующем месяце под Гелиополем происходит крупное сражение: 15 тысяч арабов наносят поражение 20 тысячам византийцев, которые отступают в крепость Вавилон. Мусульмане начинают осаду крепости.
641 г. 11 февраля в Константинополе после долгой болезни умирает император Ираклий. После его смерти среди его военачальников в Египте начинаются внутренние распри. 9 апреля префект и патриарх Кир сдает Амру крепость Вавилон, тем самым лишая византийские войска, размещенные в Верхнем Египте, практически всех возможностей координировать свои действия с Нижним Египтом и получать распоряжения из Константинополя.
В конце июня Амр осаждает Александрию, столицу Египта, и одновременно пытается подчинить себе территорию Дельты, но без особых успехов.
8 ноября Кир подписывает договор с Амром, по условиям которого Египет обязуется платить дань, а Александрия будет сдана мусульманам в течение одиннадцати месяцев — и это несмотря на то, что город был практически неуязвим и мог держаться годами. Тем временем Амр распространяет свою власть в Верхнем Египте до самых Фив.
В декабре корабли, нагруженные золотом и данью для халифа Омара, отплывают из Александрии.
642 г. На месте, где войско Амра первоначально разбило лагерь во время осады Вавилона, захватчики зимой основали постоянный лагерь, который получил название Фустат, возможно, происходящее от греческого слова phossaton или латинского fossatum («лагерь»). Здесь они построили первую в Египте мечеть — мечеть Амра. Амр также очистил канал Нехо и вернул его в рабочее состояние.
Византийские войска были выведены из Александрии 17 сентября, а 29 числа того же месяца Амр беспрепятственно вошел в город.
«Ярмо, которое они наложили на египтян, было тяжелее, чем то бремя, которое некогда фараон наложил на Израиль. Бог осудил его своим справедливым судом и обрек на смерть в волнах Красного моря, наслав перед тем чуму на его людей и скот. Пусть правосудие Божие настигнет этих мусульман, и Господь поступит с ними так же, как некогда поступил с фараоном!»
643 г. Амр завоевывает Киренаику. По возвращении в Египет он собирается оставить правительство в Александрии, но получает от халифа приказ перенести столицу в Фустат.
644 г. После того как Омар был убит рабом-христианином, халифом становится Осман.
645 г. Византийский флот и войска под командованием полководца Мануила отвоевывают Александрию. Византийцы продвигаются к югу, где терпят поражение от Амра в жестокой битве при Никиу и отступают в Александрию.
646 г. В результате предательства стражника городских ворот арабы врываются в Александрию, грабя, сжигая и уничтожая все на своем пути, а женщин и детей забирая в качестве добычи.
652 г. Арабы отправляют военную экспедицию в Нубию, но завоевать страну им не удается. Вместо этого между мусульманским Египтом и христианской Нубией подписывается мирный договор, по которому граница устанавливается на уровне Асуана.
655 г. Халиф Осман отстраняет Амра от должности и делает наместником Египта своего двоюродного брата.