Завоевание Египта и основание Каира было делом рук фатимидского военачальника Джаухара, грека, принявшего ислам, а создание административной и налоговой системы было заслугой Якуба ибн Киллиса, еврея, тоже перешедшего в мусульманство. Проявляя заботу о сохранении опыта и преемственности, Фатимиды предпочитали назначать на государственные должности коптов. Особенно это касалось ведомств, занимавшихся ирригацией земель, для которой традиционные методы и знания были особенно важны, и сбором государственных доходов, где тщательно продуманная коптская система учета была незаменимой. Однако в первое столетие правления Фати-мидов копты перестали составлять большинство египетского населения.
Предшествующие арабские правители не уделяли особого внимания внешней торговле, но при Фатимидах Египет стал центром густой сети торговых путей, тянувшихся от Индии до Испании, а гавань Александрии была полна кораблей, плывущих в Амальфи, Пизу и Венецию. В середине XI столетия, в период расцвета своего могущества и богатства, Фатимиды держали в своих руках Северную Африку, Сицилию, Египет, Палестину, Сирию и Западную Аравию, но стихийные бедствия, внутренние несогласия и появление на исторической арене турков-сельджуков привели к упадку династии. Ее судьба была решена в 1099 г., когда участники Первого крестового похода после страшного кровопролития захватили принадлежавший Фатимидам Иерусалим.
Наступление христиан на мусульманские владения началось практически одновременно в Испании и на Ближнем Востоке. Успех испанской Реконкисты был многим обязан поддержке, полученной от соседних христианских государств, но на Ближнем Востоке антагонизм между латинской и греческой церквями привел к тому, что византийцы были сначала выведены из игры, а затем, во время Четвертого крестового похода, и вовсе стали жертвой предательства со стороны Запада. Крестовые походы на Ближнем Востоке окончились неудачей еще и потому, что в глазах крестоносцев религиозное значение Иерусалима затмило собой стратегическое значение Египта. Крестоносцы в полной мере смогли ощутить последнее только в 1218 г., когда участники Пятого крестового похода захватили порт Дамьетга в Дельте, а испуганный египетский султан аль-Камиль предложил им взамен Иерусалим. Аль-Камиль был племянником Саладина, основателя династии Айюбидов, который в 1171 г. уничтожил Фатимидский халифат в Каире, вернул Египет в суннитскую веру и в 1187 г. отобрал у латинян не только Иерусалим, но и большую часть Святой земли. После падения Фатимидов и прихода к власти Саладина, который был курдом по национальности, Египтом больше никогда не правили арабы.
После смерти Саладина последовали новые нападения на Египет, самым заметным из которых был Седьмой крестовый поход под предводительством французского короля Людовика Святого, который захватил Дамьетту в 1249 г. Когда крестоносцы продвигались вглубь Дельты, в Каире умер султан ас-Салих, но его вдова Шаджарат ад-Дурр скрыла это и вела войну от его имени, опираясь на войско тюркских рабов. Вскоре эти рабы осознали возможность взять власть в свои руки и положили начало 250-летнему господству мамлюков в Египте.
969 г. Фатимидская армия во главе с Джаухаром, бывшим рабом, а теперь военачальником, входит в Египет, не встречая какого-либо серьезного сопротивления. Джаухар основывает новую столицу в трех километрах к северу от Фустата, которой первоначально дает название Аль-Мансурийя, в честь аль-Мансура, отца фатимидского халифа аль-Муизза (правил в 953–975 гг.)
970 г. Турки-сельджуки вторгаются на территорию халифата Аббасидов с востока.
971 г. В центре своей новой столицы Фатимиды открывают мечеть аль-Азхар, которая одновременно служит богословским учебным заведением и способствует распространению шиитского учения в Египте.
973 г. В июне халиф аль-Муизз прибывает в Египет и поселяется во дворце новой столицы Аль-Мансурийя, которая теперь именуется «Городом победы аль-Муизза» — Аль-Кахира аль-Муиззийя, или просто Аль-Кахира (Каир).
Мечеть аль-Азхар, изображенная на египетской купюре, была основана Фатимидами-шиитами, но впоследствии стала главным учебным заведением суннитов.
975 г. После смерти аль-Муизза Абу Мансур аль-Азиз (правил в 975–996 гг.) становится вторым каирским халифом. В его правление держава Фатимидов достигает своего расцвета и включает в себя Северную Африку, Египет, западную часть Аравии, Палестину, Южную Сирию и Сицилию. Развивается внешняя торговля Египта, а налоги снижаются. Абу Мансур создает войска из рабов-тюрков, которые становятся источником напряженности в армии, поскольку рост их влияния ущемляет интересы берберов, приведших Фатимидов к власти.
996 г. Аль-Хаким (правил в 996-1021 гг.), третий каирский халиф, приходит к власти. Этот могущественный, но психически нездоровый человек в конце концов провозглашает себя богом.
Кочевники, пришедшие из пустынь Аравии, никогда не были ни ремесленниками, ни строителями, поэтому после завоевания Египта в этих сферах деятельности им пришлось положиться на коптов. Коптские мастера не делали различий между своими собственными церквями и мечетями, которые они строили по велению арабов, и применяли в обоих случаях одни и те же художественные решения. Поэтому между коптским и арабским искусством, относящимся к периоду от завоевания Египта до конца правления Фатимидов, нельзя установить четких различий.
Будучи шиитами, Фатимиды не соблюдали обязательный для суннитов запрет на изображение живых существ и украшали свои дворцы и мечети фигурами людей и животных. В частности, в деревянном убранстве мечети аль-Азхар имеются типично коптские изображения львов. И в мусульманских, и в христианских культовых постройках можно увидеть крест посреди геометрического орнамента, или многоугольный медальон, обрамленный бордюром с фигурами волшебных зайцев, или символ Осириса — защитника мертвых и т. д. Или возьмем, например, типично коптскую архитектурную деталь — стрельчатую арку: копты использовали ее при строительстве своих церквей еще в IV столетии, а впоследствии повторили этот мотив в мечети ибн Тулуна. Даже в XIV веке мамлюкский султан Хасан нанял архитектора-копта для строительства своей мечети. Как писал в своей книге «Арабское завоевание Египта» А. Дж. Батлер, «чем глубже мы изучаем Египет, как византийский, так и арабский, тем яснее становится тот факт, что во всех ремеслах — в ювелирном деле, в изготовлении эмалей, в обработке металла, в стеклоделии — и во всех областях искусства и архитектуры именно копты выступали в качестве хранителей художественных традиций страны».
1021 г. После смерти аль-Хакима трон наследует его сын аль-Захир (правил в 1021–1035 гг.). Время его правления отмечено голодом и народными волнениями.
1035 г. Аль-Мустансир (правил в 1035–1094 гг.) получает власть над Каирским халифатом. В первые годы его долгого правления Египет процветает.
1055 г. Турки-сельджуки захватывают Багдад и берут халифат в свои руки. Военная доблесть сельджуков способствует возрождению влияния суннизма в Ираке, Сирии и Иране.
1061 г. Норманны начинают завоевание Сицилии.