Хотя экономическое благополучие вернулось в Египет и Каир вновь обрел прежний блеск в конце XV века при султане Каитбее, экономику страны постепенно подрывали коммерческие успехи европейцев в Индийском океане и Средиземноморье. Уже только по одной этой причине режим мамлюков был обречен, но теперь им пришлось еще и столкнуться с османами, обладавшими новым современным войском, оснащенным пушками и мушкетами, от которых лучники-мамлюки отказывались как от оружия, недостойного настоящих воинов.
1250 г. Сын ас-Салиха Тураи-шах, с опозданием узнав о смерти отца, в мае прибывает в Египет из-за Евфрата, но его убивают мамлюки-бахри. Шаджарат ад-Дурр, не имея поддержки у бахри, заявляет о своей принадлежности к династии Айюбидов и получает титул султана. Она становится первой и последней женщиной-правительницей в истории мусульманского Египта. Но аббасидский халиф в Багдаде не мог признать правителем женщину, так что, не имея достаточной поддержки в Каире, Шаджарат ад-Дурр в июле отрекается от престола, пробыв у власти всего лишь 80 дней. Она выходит замуж за Айбека (правил в 1250–1257 гг.), которому помогают стать султаном противники мамлюков, жаждущие отстранить бахри от власти.
В этом году мечеть и духовное училище аль-Азхар в Каире, прежде принадлежавшая шиитам, становится центром суннитской веры.
1254 г. Айбек приглашает лидера мамлюков-бахри на встречу в каирской цитадели, где отрубает ему голову и выбрасывает ее к ногам его товарищей, ждущих у ворот. Многие из мамлюков-бахри бегут из Египта.
1257 г. Услышав разговоры о том, что Айбек замышляет взять еще одну жену, Шаджарат ад-Дурр убивает его, когда тот принимает ванну. Затем она обращается к тем мамлюкам-бахри, которые остались в Египте, но ни один из них не предлагает ей своей поддержки. Сторонники Айбека убивают Шаджарат ад-Дурр, а младший сын Айбека Мансур становится султаном (правил в 1257–1259 гг.), на деле являясь лишь марионеткой в руках соперничающих группировок мамлюков.
Шаджарат ад-Дурр, имя которой в переводе означает «Дерево жемчужин», разделяет с Хатшепсут и Клеопатрой редкую славу женщины-правительницы Египта. Ас-Салих купил ее как рабыню и сделал ее одной из своих наложниц; став султаном, он женился на ней, несмотря на то, что прежде любезно уступал ее своим друзьям. У них был общий ребенок, Мансур Халиль, умерший в детстве. Другому сыну ас-Салиха — Туран-шаху — Шаджарат ад-Дурр стала приемной матерью.
В 1249 г., пока участники Седьмого крестового похода осаждали порт Дамьетту, ас-Салих умирал от рака, и французскому королю казалось, что падение власти султана в Египте и переход страны в руки французов — всего лишь вопрос времени. Но Шаджарат ад-Дурр спрятала мертвое тело мужа и поддерживала боевой дух египетской армии, отдавая приказы якобы от имени султана. Сама она в это время ждала возвращения в Египет Туран-шаха. Тем временем крестоносцы потерпели поражение от элитных подразделений мамлюков-бахри, которые теперь стремились отведать вкус власти. Туран-шах самонадеянно отмахнулся от них, назначив на высшие посты своих собственных мамлюков, и погиб от рук бахри. Теперь и сама Шаджарат ад-Дурр начала претендовать на власть, объясняя свое право на престол тем, что она родила ас-Салиху сына, хотя ребенок и умер раньше своего отца. В мае 1250 г. она приняла титул султана, были выпущены монеты с ее именем, на которых имелась надпись: «Правительница мусульман, мать царевича Мансур Халиля». Хотя Шаджарат ад-Дурр была вынуждена отказаться от титула всего лишь через 80 дней, она оставалась в центре политической жизни на протяжении последующих семи лет, пока не оказалась втянутой в цепь кровавых интриг, погубивших и ее саму. Ее обнаженное тело сбросили со стен каирской цитадели на растерзание собакам. Свои последние дни она провела, размалывая в пыль свои драгоценности, чтобы их больше не смогла надеть ни одна женщина на земле.
1258 г. 10 февраля монголы во главе с Хулагу, внуком Чингисхана, захватывают, грабят и разрушают Багдад. Десять дней спустя казнят аббасидского халифа, и с его смертью халифат как единство всех мусульман-суннитов перестает существовать.
1259 г. В ноябре мамлюк Кутуз (правил в 1259–1260 гг.), не принадлежавший к династии Бахри, свергает Мансура и становится султаном.
1260 г. Монголы в январе берут Алеппо, а в марте — Дамаск. Когда в Египет прибывают монгольские послы с требованиями того, чтобы летом страна подчинилась завоевателям, Кутуз убивает их. 3 сентября мамлюкское войско под предводительством Кутуза громит монголов в битве при Айн-Джалуте в Северной Палестине.
23 октября Кутуз был убит заговорщиками-мамлюками, среди которых был принадлежавший к бахри Бейбарс. Он и стал султаном. Бейбарс I (правил в 1260–1277 гг.) основывает мамлюкскую династию Бахри, которая останется у власти до 1382 г.
1261 г. Бейбарс приглашает в Каир уцелевшего наследника багдадских Аббасидов, чтобы тот принял титул халифа, но и он, и его преемники являются лишь придворными функционерами мамлюкских султанов.
1261 г. Византийцы отвоевывают Константинополь у латинян.
1279 г. Султаном становится Калаун (правил в 1279–1290 гг.). За годы своего правления он отражает еще одно нападение монголов и ведет войну против крестоносцев на Ближнем Востоке, сокращая их владения до Акры в Северной Палестине и Тортосы (совр. Тартус) в Сирии. Калаун выкупает черкесских мамлюков, которых размещает в цитадели. От «бурдж» — «крепость, башня» — происходит их название «мамлюки-бурджи».
«В своей щедрости Бог спас веру, оживив ее умирающее дыхание и восстановив единство мусульман в египетских пределах, сохранив порядок и защитив твердыни ислама. Он сделал это, выбрав из великих и многочисленных племен турецкого народа и послав мусульманам правителей, чтобы защитить их, и преданных помощников, которые были приведены из Дома Войны в Дом Веры под ярмом рабства, в котором скрывалось божье благословение. Благодаря рабству они познают славу и блаженство и испытывают на себе силу божественного провидения. Исцеленные рабством, они входят в мир мусульманской религии с твердой решимостью истинных правоверных, сохранив при этом добродетели, не запятнанные испорченностью характера, не испорченные излишними удовольствиями, не ослабленные городской жизнью, и рвение, не сломленное избытком роскоши. Торговцы рабами привозят их в Египет целыми группами, сходными со стаями птиц, водящимися в богатых влагой местах, а чиновники-покупатели осматривают их и наперебой предлагают цены… Так год за годом приходят новобранцы, поколение следует за поколением на благо мусульманской веры, и все государство расцветает юной свежестью».