Выжимая из Египта все прибыли и введя чеканку неполноценной монеты, снизившую стоимость египетских денег на треть, османы обрекли провинцию на неизбежный упадок. После военных беспорядков 1586 и 1607–1611 гг. даже османские паши стали терять власть и на протяжении XVII–XVIII веков были лишь подставными лицами, в то время как Египет управлялся без какой-либо системы непрочными союзами торговцев, военных, духовенства и мамлюкской элиты. По сути, ко второй половине XVIII века некоторые беи — преемники прежних мамлюкских военачальников — сосредоточили в своих руках такую власть, что стали практически самостоятельными хозяевами Египта, а при Али-бее были прекращены все выплаты Константинополю. Но хотя местные хронисты в это время предпочитают называть мамлюков «египтянами», а не «турками» (словно их своекорыстное сопротивление Константинополю соответствовало интересам всего Египта), именно алчное и неумелое правление Али-бея в 60-х гг. XVIII века и особенно его наследников Мурад-бея и Ибрахим-бея превратило в руины богатейшую провинцию Османской империи.
Франция, которая еще недавно получала немалые выгоды от активной торговли с Египтом, получила особенно чувствительный удар от неспособности Мурада и Ибрахима выполнить обязательства по капитуляциям. Вместе с другими европейцами французских торговцев дважды изгоняли из Каира, несколько торговых домов обанкротились. Более того, успехи русских в войне с турками угрожали падением самой Османской империи и переходом к России контроля над Константинополем и значительной частью левантийских торговых путей. Поэтому, чтобы защитить торговые интересы Франции в Восточном Средиземноморье, в 1798 г. правительство Директории наделяет Наполеона полномочиями для вторжения в Египет. Ибрахим-бей и Мурад-бей были не готовы к появлению французов и не осознавали всей серьезности этого события.
1517 г. В январе мамлюкский султан Туман-бей (правил в 1516–1517 гг.) поспешно собирает фузилеров и артиллерию, чтобы встретить Селима и его турецкую армию на подступах к Каиру, но мамлюки попадают в окружение и терпят поражение. Османы грабят город на протяжении трех дней, выслеживают и убивают мамлюков, а все, на кого падает подозрение в сочувствии к мамлюкам, подвергаются смертной казни (согласно некоторым источникам, число казненных достигло 10 тысяч, хотя эта цифра, возможно, преувеличена). Потрясение от этих событий было столь велико, что жители Каира стали сравнивать судьбу своего города с участью Багдада, разрушенного монголами в 1258 г., а для мусульман это был символ величайшего несчастья. Египет становится провинцией иноземной державы.
В апреле Туман-бей (бежавший из Каира в январе) попадает в руки османов. Они вешают его на городских воротах Баб-Зувайла, чтобы продемонстрировать жителям, что с мамлюкским правлением покончено. Знатных горожан, чиновников и ремесленников увозят в Константинополь вместе с аббасидским халифом, подчеркивая тем самым, что Египет теперь не больше чем провинция. В XVIII веке турки стали заявлять о том, что именно в то время халиф передал свои полномочия Селиму и его преемникам. Незадолго до отбытия Селима из Египта, в сентябре, уцелевшие мамлюки получают прощение, их преследования заканчиваются.
1520 г. Боевой дух мамлюков возрастает после восшествия на османский престол Сулеймана Великолепного (правил в 1520–1560 гг.). В годы его правления многие из вывезенных в Константинополь жителей Египта получают право вернуться в Каир.
1522 г. Сулейман использует отряды мамлюков для завоевания Родоса и выражает изумление, что его отец предавал смерти таких прекрасных воинов.
1523 г. Некоторые мамлюки в Египте восстают против турков, а те, кто сохраняет лояльность по отношению к османам, с неохотой идут против своих бывших товарищей. Восстание удается подавить, но этот эпизод еще больше обостряет отношения между мамлюками и турками.
1524 г. В феврале вспыхивает еще более серьезный мятеж против константинопольских властей. Его возглавляет османский наместник Ахмет-паша, который присваивает себе титул султана. В марте Ахмета берут в плен и затем обезглавливают, но беспорядки в стране продолжаются еще год. Это последняя серьезная попытка отделения Египта от Османской империи, предпринятая до 1760 г.
1525 г. Ибрахим-паша, великий визирь Сулеймана, в апреле прибывает в Египет и восстанавливает власть османов.
1528 г. Османы закрепляют свое господство в Нижней Нубии, помещая в Каср-Ибриме, к северу от Абу-Симбела, гарнизон, состоящий из боснийских воинов. Со временем боснийцы заключают браки с представительницами местного населения.
1535 г. Сулейман дает Франции особые права на торговлю с Османской империей. Документ, известный под названием «капитуляции» (от латинского слова capitula, означающего «заголовки» или «главы» договора), гарантирует французским торговцам безопасность их жизни и собственности, свободу вероисповедания и подсудность французскому консулу, а не исламскому суду.
1538 г. Османы посылают в Индию через Красное море корабли под командованием египетского наместника Сулейман-паши, но флот терпит поражение от португальцев.
«В Ибриме, как и в Дерре, есть «светлые» семьи, члены которых имеют светлые волосы и голубые глаза, унаследованные от боснийских предков, пришедших сюда 360 лет назад. Эти люди ведут себя заносчиво и считаются местным высшим обществом».
1568 г. Турки предпринимают неудачную попытку строительства канала через Суэцкий перешеек.
1580 г. Османская империя предоставляет капитуляции англичанам.
1586 г. Плохое управление страной приводит к инфляции, которая задевает интересы военных. Те облагают феллахов незаконной податью — тул-бой. Солдаты, часть которых составляли мамлюки, восстают против османского паши и нападают на чиновников и офицеров.
1604 г. В Каире восставшие египетские военные убивают османского пашу.
1607–1611 гг. Новый наместник Мехмет-паша подавляет бунт среди военных и отменяет тулбу.
1630 г. Между высокопоставленными египетскими военными — беями — разгорается ожесточенная борьба за власть. Турецкие наместники становятся не более чем марионетками в их руках.