Мухаммед Али был поклонником западной цивилизации и посвятил всю свою энергию модернизации страны, поощряя иммиграцию из Европы, особенно из Греции, развивая тесные контакты с Францией, используя иностранный капитал и европейских специалистов для развития Египта, при этом, однако, избегая брать на себя долговые обязательства по отношению к другим странам. После массовой резни мамлюков в 1811 г., которая укрепила его позиции, он провел серьезные реформы в армии, сельском хозяйстве, образовании и здравоохранении и попытался провести индустриальную революцию в Египте. К концу своего правления — к середине XIX столетия — он заложил основы инфраструктуры современного Египта.
1798 г. 3 июля французская армия начинает марш от Александрии к Каиру. Частые нападения на небольшие французские отряды и солдат, отставших от своих частей, являются свидетельствами враждебности местного населения по отношению к французам.
21 июля в битве у Пирамид — в тринадцати километрах от Эмбабы, на территории западной части современного Каира, — армия Наполеона Бонапарта разбивает войска мамлюков. Ибрахим-бей бежит в Сирию, а Мурад-бей отступает в Верхний Египет. В руках французов теперь оказываются Каир, Александрия и Розетта.
1 августа в битве на Ниле у Абукира — у места впадения реки в Средиземное море, к востоку от Александрии, — британский адмирал Горацио Нельсон наносит поражение французскому флоту, отрезая войска Наполеона от родины. После таких событий Мурад-бей отказывается от предложения Наполеона править Верхним Египтом под верховным контролем Франции.
22 августа Наполеон создает Египетский институт, набирая его членов из состава Комиссии по наукам и искусствам, в которую входили 167 ученых, математиков, естествоиспытателей, инженеров, специалистов по мелиорации земель, арабистов и художников, сопровождавших Бонапарта в его египетском походе. Целью создания Института было распространение научных знаний в Египте, изучение природных, исторических и экономических реалий страны, публикация результатов исследований и предоставление консультаций по различным вопросам французской администрации в Египте. Самым главным достижением наполеоновских ученых станет знаменитое 24-томное «Описание Египта» (Description de VEgypte), которое будет опубликовано спустя десять лет.
В начале сентября Османская империя объявляет войну Франции. Фирман (декрет) султана, призывающий мусульман оказывать сопротивление французам и обещающий скорое прибытие турецких войск, зачитывается во всех мечетях Каира. 21 октября в Каире раздается призыв к джихаду против французов, назначенного ими военного губернатора убивают. Мятежники собираются вокруг мечети аль-Азхар, французы открывают по ним артиллерийский огонь из цитадели. За 36 часов восстание удается подавить ценой жизней 300 французов и примерно 3000 жителей Каира. Шесть шейхов аль-Азхара казнены.
«Труд ученых заполнил пробел в наших знаниях, который имел место еще с римских времен. Вряд ли найдется такой аспект жизни египтян, который не был бы тщательно рассмотрен в этом монументальном, состоящем из двадцати четырех томов «Описании Египта», а иллюстрации… дают нам наглядное представление об этой непревзойденной цивилизации. Это была одна из самых амбициозных публикаций, которые когда-либо предпринимались… Это настоящая перепись всего того, что есть в Египте».
1799 г. Один из наполеоновских инженеров, Лепер, делает ошибочное заключение о том, что уровень водной поверхности Красного моря на 33 фута выше, чем Средиземного, из-за чего планы строительства канала через Суэцкий перешеек откладываются на неопределенный срок. Весной Наполеон ведет 13 тысяч солдат в Палестину, чтобы не позволить англичанам занять портовые города, но британский флот и местные жители, лояльно настроенные по отношению к османам, останавливают его у Акры. В Дельте подавлены два восстания против власти французов. Генералу Дезе удается успокоить Верхний Египет, хотя Мурад-бей и его мамлюки бегут в Нижнюю Нубию, откуда время от времени совершают набеги.
Когда французы осмотрели библиотеку одного ученого, работавшего в университете при мечети аль-Азхар в Каире, они обнаружили, что помимо книг религиозного содержания там были только трактат о любви, антология песен и стихов, сборник исторических анекдотов, руководство по составлению брачных договоров и документов о разводе и справочник по технике сексуальных отношений. Печатных изданий не было вообще, и не потому, что египтяне не знали о такой технологии — каирские евреи использовали свой собственный печатный станок с XVI столетия. Но когда французы продемонстрировали египтянам первую машину для печатания книг на арабском языке, ее сочли дьявольским устройством: для шейхов аль-Азхара Коран был источником истины, а себя они считали его учеными толкователями, так что, по их мнению, печатный станок мог способствовать лишь дальнейшему распространению лжи.
В июне Наполеон уходит из Палестины и возвращается в Египет, где становится ясно, что его положение безнадежно из-за господства англичан на море. Армия Наполеона несет тяжелые потери в боях и от болезней, и он докладывает в Париж, что к весне 1800 г. силы французов в Египте сократятся до 12 тысяч человек.
В июле французские саперы под командованием П.-Ф.-К. Бушара нашли в Розетте базальтовую плиту с древними иероглифическими и демотическими надписями. Бушар понял, что «Розеттский камень», как окрестили находку, может иметь огромное научное значение, поскольку непонятные египетские надписи сопровождались параллельным текстом на вполне читаемом греческом языке.
Наполеон наносит поражение османским войскам, которые британцы высадили со своих кораблей в Абукире 25 июля.
Передав командование армией генералу Клеберу, Наполеон 23 августа тайно отплывает из Александрии. Прибыв в Париж в ноябре, он лишает власти Директорию и объявляет себя Первым консулом — то есть диктатором Франции.
1800 г. 6 июня в Каире сириец-мусульманин убивает генерала Клебера. Французы сажают убийцу на кол, а также отрубают головы трем шейхам мечети аль-Азхар.
«В девять часов, когда мы обогнули крутой выступ, перед нами внезапно раскинулись древние Фивы во всей своей красе. Этот знаменитый город… окутанный пеленой тайны и туманом прошедших столетий, благодаря которым его колоссальные памятники становятся в нашем воображении еще величественнее, все еще потрясает человеческий разум. Целая армия, охваченная единым душевным порывом, внезапно остановилась в изумлении перед обветшавшими руинами, и все в восторге зааплодировали, словно была достигнута цель их тяжелых трудов и завоевание Египта было завершено и надежно закреплено самим фактом обладания этими великолепными развалинами древней столицы».
«Мухаммед Али, бесспорно, был великим человеком. Его способ обращения с людьми, неутомимая активность, предпринимательский дух и способность подняться над национальными и религиозными предрассудками справедливо снискали ему славу одного из самых образованных людей и наилучших правителей исламского мира, которые когда-либо занимали египетский престол. Когда он впервые возглавил каирское правительство, во всех его департаментах царила анархия… За шестнадцать лет его энергичного управления мятежные солдаты превратились в регулярную армию, доходы государства резко возросли, наладилось производство новых товаров, торговля поднялась до прежде невиданного уровня, были осуществлены несколько важнейших строительных проектов и вся страна от Александрии до Сиены [Асуана] стала безопасной для европейских путешественников».