Стратегическое значение Египта в этом конфликте прекрасно понимал немецкий адмирал, предложивший Гитлеру поддержать наступление Роммеля к Эль-Аламейну в 1942 г. ударом с моря по Александрии и Суэцкому каналу. Он считал, что захват этих двух целей будет для англичан страшнее, чем оккупация Лондона. Гитлер не последовал его совету, Роммель был остановлен под Эль-Аламейном, а после того, как русские отстояли Сталинград, в ходе войны наступил коренной перелом.
«Любая попытка охарактеризовать [ «Вафд»] повлечет за собой полное описание Египта. В нем заключалось все благородство, интеллектуальная путаница, добродушие, противоречия и страсть к фантазиям, свойственные миллионам его сторонников. Он объединил крайнюю нищету одних и оскорбительно огромные богатства других, требования перемен и склонность к консерватизму».
1941 г. 22 января австралийцы берут Тобрук — жизненно важный порт в Киренаике (Восточной Ливии).
Немецкие танковые части под командованием генерала Эрвина Роммеля присоединяются к итальянской пехоте в Ливии, чтобы 30 марта начать новое наступление держав «Оси» на Восток. 13 апреля объединенные силы окружают Тобрук, а затем стремительно атакуют египетскую границу, где на протяжении последующих нескольких месяцев идут ожесточенные сражения.
Низкий урожай, собранный в апреле — мае, становится причиной нехватки муки, бобов, масла и сахара в Египте. Попытки введения карточной системы, проводимые лояльным к англичанам, но некомпетентным правительством Хусейна Сирри, приводят к увеличению цен на основные продукты в два раза по сравнению с довоенными показателями. Среди бедноты появляются агитаторы, кричащие на улицах о том, что британская армия съедает все запасы продовольствия.
5-6 июля вражеские налеты на городские кварталы и порт Александрии достигают своего пика.
22 июня Германия нападает на Советский Союз, нарушая пакт о ненападении, заключенный между двумя державами. Британия начинает поставки огромного количества оружия и боеприпасов своему новому союзнику.
Летом Британия заключает соглашение с правительством Сирри, что в этом году она на равных с Египтом будет вкладывать средства в закупку урожая хлопка и что площади, занятые этой культурой, будут сокращены на четверть, в пользу более необходимых, хотя и менее прибыльных зерновых, а также других видов продовольствия.
23 августа, в годовщину смерти Саада Заглула, Мустафа ан-Наххас приступает к осуществлению того, чем он угрожал Лэмпсону в апреле 1940 г., и начинает свою антибританскую кампанию пылкими выступлениями в Каире и Александрии. Он обвиняет Британию и уступчивое правительство Сирри в разрушении экономики страны и — соответственно — нарушении англо-египетского договора, приводя в пример дефицит продовольствия и рост цен на основные продукты питания. При этом он, не замечая внутренней противоречивости своей позиции, объединяется и с рассерженными землевладельцами, которые по новому законодательству должны были в ущерб себе выращивать больше продовольственных культур и меньше хлопка. Осенью беспорядки продолжаются, и британский министр иностранных дел Антони Иден 24 октября отправляет телеграмму Майлзу Лэмпсону, в которой выражает неудовольствие стремлением партии «Вафд» «влиять на общественное мнение по прихоти Наххас-паши, не беря при этом на себя ни малейшей ответственности». Но Идена заботила не столько безопасность Египта в текущий момент, сколько сохранение британского влияния после войны, когда, в соответствии с условиями англоегипетского договора, Британии пришлось бы вывести из страны свои войска, а в 1956 г. перезаключить и сам договор. Иден приходит к выводу, что с ан-Наххасом нужно заключить сделку — сделать его премьер-министром в обмен на обещание поддержки долгосрочной политики Британии в Египте.
Под руководством генерала Клода Окинлека, который летом сменил Уэйвелла на посту главнокомандующего, англичане 18 ноября начинают операцию «Крестоносец» и за последующие девять недель вытесняют немцев и итальянцев из Киренаики.
7 декабря японцы атакуют Перл-Харбор. Соединенные Штаты Америки вступают в войну, но их войска высадятся на противоположном берегу Атлантики лишь в 1942 г.
«Я с готовностью верю в то, что во время войны мы не столкнемся в Египте с серьезной угрозой, если только обстоятельства не обернутся против нас; однако сразу после прекращения военных действий все может сложиться по-другому. В таких обстоятельствах, возможно, будет правильным уже сейчас начать приготовления к тому, чтобы восстановить еще до окончания войны правительство, в котором «Вафд» будет составлять большинство. Нужно сделать так, чтобы эта партия не смогла до бесконечности пребывать в том положении, которое позволяет не брать на себя ответственность за то, что происходит в Египте».
2 февраля 1942 г. премьер-министр Хусейн Сирри ушел в отставку, предоставив англичанам возможность оказать давление на короля Фарука, чтобы тот поручил Мустафе ан-Наххасу организовать вафдистское правительство. Однако монархия и «Вафд» долгое время были соперниками в борьбе за право решать судьбу Египта, и между Фаруком и ан-Наххасом не осталось никакой взаимной привязанности. Более того, Лэмпсон вел себя покровительственно по отношению к юному королю, часто называя его «мальчиком». По словам самого Лэмпсона, проблема Фарука заключалась в том, что он хотел быть «независимым королем независимого Египта». Неудивительно, что Фарук медлил.
Тем временем Роммель начал новое наступление на восток через Ливию, а студенты аль-Азхара выкрикивали на улицах слова «долой англичан». Утверждая, что упрямство короля было несовместимо с важнейшими требованиями военного союза, Лэмпсон силой ворвался во дворец Абдин и потребовал от короля отречься от престола. Чтобы сохранить трон, король согласился назначить ан-Наххаса премьер-министром.
Однако действия Лэмпсона в ночь на 4 февраля имели эффект, противоположный ожидаемому: они спровоцировали всплеск народного возмущения иностранным вмешательством, дестабилизировали ситуацию в правительстве и обострили отношения между Британией и Египтом. Египетские военные были глубоко уязвлены, поскольку король был их верховным главнокомандующим. «Для армии эти события были тяжелым шоком», — писал Гамаль Абдель Насер, в то время бывший молодым армейским офицером. «Военные сожалеют о том, что не вмешались, несмотря на свою очевидную слабость, и не защитили честь страны кровью. Но будущее за нами».
1942 г. 4 февраля английские бронеавтомобили окружают дворец Абдин в Каире, где посол Британии сэр Майлз Лэмпсон требует от короля Фарука отречения от престола. Фарук сохраняет за собой власть, соглашаясь назначить премьер-министром Мустафу ан-Наххаса.
В мае-июне Роммель наносит удар в восточном направлении, через всю Киренаику. 21 июня он занимает Тобрук. Англичане отступают вглубь Египта и сосредотачивают силы под Эль-Аламейном, всего в 97 километрах от Александрии. 1 июля к Эль-Аламейну подходит Роммель, британский флот отступает из Александрии через Суэцкий канал в Красное море, а по всему Египту расползаются слухи, что англичане потеряли весь Ближний Восток. Но к 17 июля, после двух недель боевых действий, Роммелю не удается продвинуться ни на шаг, а англичане под командованием Окинлека одерживают победу в первом сражении под Эль-Аламейном. В августе в Египет прилетает британский премьер-министр Уинстон Черчилль, который назначает генерала Гарольда Александера главнокомандующим британскими войсками на Ближнем Востоке вместо Окинлека, а генерала Бернарда Монтгомери — командующим 8-й английской армией. В сентябре проводится официальное открытие университета Фарука (впоследствии — Александрийского), хотя на самом деле он функционировал уже целый год.