1989 г. Египет вновь присоединяется к Лиге арабских государств.
Под улицами Каира начинает действовать разветвленная система метро.
1990 г. В августе Саддам Хусейн вторгается в Кувейт.
1991 г. В январе, во время войны в Персидском заливе, войска международной коалиции во главе с Соединенными Штатами, в которую входил и Египет, изгоняют захватчиков из Кувейта.
1992 г. В марте начинаются совместные франко-египетские подводные археологические исследования в Восточной гавани Александрии, где за несколько лет удалось найти остатки рухнувшего Фаросского маяка и царских дворцов Птолемеев, которые ушли под воду еще в древние времена.
8 июня писатель Фараг Фуда, открыто выражавший свои атеистические взгляды, был застрелен в Каире членом группировки «Джамаат аль-Исламийя». 30 сентября эта организация предупреждает туристов о нежелательности поездок в Египет.
Октябрьское землетрясение причиняет значительный ущерб средневековым мечетям и другим памятникам Каира, разрушает тысячи жилых домов и уносит жизни 500 человек. Исламские фундаменталисты называют стихийное бедствие возмездием, посланным свыше на безбожное египетское государство.
1993 г. «Египетский исламский джихад» прекращает террористические действия внутри Египта, в то время как часть группировки во главе с египетским военным врачом Айманом аль-Завахири объединяется с «АльКаидой» («Базой») саудовского миллионера Осамы бен Ладена, действующей в Судане, а затем в Афганистане.
7 января в Каире возле одного из туристических автобусов была взорвана бомба. Эта был первый террористический акт в столице. 26 февраля еще одна бомба убивает двух иностранцев и одного жителя Египта в каирском кафе.
В том же месяце была предпринята попытка взорвать Всемирный торговый центр в Нью-Йорке; слепой шейх Омар Абдель Рахман, который в свое время оправдал убийц Садата и был духовным вождем «Джамаат аль-Исламийя», участвовал в подготовке теракта.
В сентябре Израиль и Организация освобождения Палестины (ООП) подписывают в Осло договор о взаимном признании и начинают процесс мирного урегулирования, в котором Египет играет важную роль. Палестинская интифада, продолжающаяся с 1987 г., заканчивается.
В октябре Мубарак переизбран президентом на третий срок.
В 80-е и начале 90-х гг., когда ведущие политические и культурные деятели Египта, не говоря уже о египетском правительстве, потворствовали исламистам, писатель Фараг Фуда практически в одиночку вел борьбу против тех, которых он называл «философы тьмы» — фундаменталистов, видевших в исламе «лекарство от всех проблем». Фуда был последовательным борцом за гражданские свободы и в 1978 г. вступил в «Вафд», но в 1984 г. был вынужден покинуть ряды этой партии, поскольку она предала свои либеральные идеалы и заключила предвыборный союз с «Братьями-мусульманами». Фуда утверждал, что «Братство» по-прежнему враждебно относится к демократии и политическому плюрализму и принадлежит к числу военизированных исламских группировок, использующих насилие для осуществления своих целей.
После выхода из «Вафда» Фуда написал восемь книг, разоблачающих фальшивое благочестие исламских политиков и разрушительное воздействие ислама на интеллектуальную целостность личности. Он выступал против нападок исламистов на искусство и художников, критиковал их за агитацию среди студентов, призывавшую к уничтожению памятников и запрещению концертов. Он предсказывал, что настанут времена, когда исламисты захотят разрушить статуи Рамсеса II, — словно предвосхищая разрушение талибами знаменитых статуй Будды в Афганистане. В конце 80-х гг., когда «Джамаат аль-Исламийя» начала преследовать коптов, Фуда обвинил аль-Азхар за пропаганду идеи о том, что мусульмане могут проявлять любовь только по отношению к единоверцам, а нападения на последователей других религий разрешены исламом. «Самая страшная напасть, которая поразила наше общество, — писал Фуда, — это участие наших ученых-богословов в политических делах, что ведет к появлению чуждых представлений и извращенных идей». В 1992 г. шейхи аль-Азхара назвали Фуда «последователем нерелигиозного течения, особенно враждебного ко всему исламскому». Это определение несколько месяцев спустя процитировал убийца писателя, боевик организации «Джамаат аль-Исламийя».
1994 г. Нобелевский лауреат Нагиб Махфуз едва не погибает от ножевого ранения, нанесенного исламским боевиком после того, как писатель осудил фетву аятоллы Хомейни, лидера иранской революции, в которой был вынесен смертный приговор Салману Рушди за его «Сатанинские стихи».
1995 г. После убийства премьер-министра Ицхака Рабина к власти в Израиле приходит ультраправое правительство Биньямина Нетаньяху.
Суд Нью-Йорка признает шейха Омара Абдель Рахмана виновным в подготовке заговора с целью взрыва Всемирного торгового центра, нескольких городских мостов и тоннелей.
В июне на жизнь президента Мубарака, прибывшего в Аддис-Абебу на саммит Организации африканского единства, совершается покушение.
1996 г. Верховный суд подтверждает приговор, вынесенный профессору Каирского университета Насру Абу Заиду за публикацию ревизионистского исследования по истории ислама, и, поскольку тот больше не является мусульманином, обязывает его развестись с женой, Ибтихаль Юнее, тоже университетским профессором. Спасаясь от преследований и угроз, супружеская чета бежит в Голландию.
1997 г. Поскольку численность населения Египта достигает 65 миллионов человек, 9 января президент Мубарак обнародует план создания «Новой долины», но которому воды из озера Насер будут отведены в Западную пустыню и вернут к жизни огромные территории.
Отбывающие заключение лидеры «Джамаат аль-Исламийя» в марте обращаются к правительству с предложением заключить перемирие, заявляя, что насилие противоречит исламу.
Хадж в век высоких скоростей: некоторые мусульмане любят увековечивать свое паломничество в Мекку с помощью рисунков на стенах домов. Здесь — роспись на стене «фабрики алебастра».
18 сентября террорист убивает шестерых иностранцев и трех жителей Египта у стен Египетского музея в Каире. Насильственные действия достигают своей кульминации в ноябре, когда шестеро членов группировки, отколовшейся от «Джамаат аль-Исламийя», расстреливают 58 иностранных туристов и четверых египтян в храме Хатшепсут в Луксоре. Число приезжающих в страну туристов немедленно сокращается. Потребовалось два года, чтобы восстановить туристическую индустрию, в которой прямо или косвенно задействован каждый пятый житель страны.
1998 г. Лига арабских государств, в которую входят 22 страны, одобряет контртеррористический договор, предусматривающий сотрудничество в сфере борьбы с террористами и выдачу преступников. Договор не признает террористическими такие организации, как ливанская «Хезболла» или палестинская «ХАМАС», но призывает к введению санкций против Израиля за так называемый «государственный терроризм» в отношении палестинцев. Осама бен Ладен заявляет о создании «Всемирного исламского фронта борьбы с евреями и крестоносцами», который объявляет священную войну Соединенным Штатам Америки. Правой рукой бен Ладена является лидер «Египетского джихада» Айман аль-Завахири, а среди членов его группировки числится Мухаммед Исламбули, брат человека, убившего Анвара Садата. В августе группы боевиков «АльКаиды», в состав которых входят египтяне и граждане Саудовской Аравии, взрывают американские посольства в Кении и Танзании.