В таком положении союзникам ничего не оставалось, как обратиться за помощью к государствам материка. Аристагор сам отправился с этой миссией. Спартанцы остались верными своей политике — по возможности не посылать большого числа спартанцев далеко за пределы родины, особенно когда они поняли, что обезопасить себя от персов можно только совершив поход в Персию, а для этого надо три месяца идти по суше.
В Афинах сложилась гораздо более благоприятная для ионян обстановка. Изгнанный Гиппий интриговал при персидском дворе и добился, наконец, того, что персы (примерно в 501—500 г.) потребовали от афинян, поскольку те за девять лет до этого признали верховную власть Персии, принять к себе Тираном Гиппия, «если они желают продолжать существовать». Теперь это требование вызвало, однако, негодование народных масс: мы видели уже, что одной из важных причин свержения Гиппия был захват проливов персами, а отсюда — невозможность получать сколько-нибудь регулярно хлеб из Понта. К тому же в Афинах городская промышленность, а также в значительной мере и сельское хозяйство работали на вывоз, и закрытие проливов угрожало жизненным интересам широких народных масс. Приход к власти персидского ставленника Гиппия означал протекторат Персии и, следовательно, полный отказ от надежды на возвращение к блестящему прошлому; и для широких народных масс становилось все более понятно, что регулярный подвоз из Понта — важнейший жизненный вопрос: Афины не имели, подобно малоазиатским городам, примыкающего к ним азиатского «хинтерлянда», и, пока Персия господствовала на море, их снабжение всецело зависело от произвола персов. В результате происшедшего партия Алкмеонидов, как виновница унижения перед персами, была устранена от власти. Верх взяла партия, не признававшая верховной власти персов, несмотря на данную Клисфеном «землю и воду». Требование персов было отвергнуто. Однако, как видно из дальнейших событий, партийная борьба продолжалась с переменным успехом, и стоявшая у власти партия не была достаточно сильна, чтобы вести решительную антиперсидскую политику. Поэтому, по-видимому, и было принято решение послать на помощь союзникам только двадцать кораблей. Это была, в сущности, не помощь, а демонстрация разрыва с Персией. Партия Алкмеонидов и теперь и позже (Перикл), несомненно, считала как самое ионийское восстание, так и эту посылку помощи безумием; недаром близкий к Алкмеонидам Геродот замечает: «Легче провести многих, нежели одного: Аристагор не мог провести одного Клеомена, тогда как провел тридцать тысяч афинян», и считает отправку этих кораблей «началом всех бед для эллинов».
Из других греческих государств только Эретрия на Евбее, имевшая тесные торговые связи с Милетом, послала еще пять кораблей.
Персы не теряли времени и в ответ на восстание осадили руководивший восстанием город Милет, где в это время Аристагор добровольно сложил с себя власть тирана и было введено демократическое устройство, т. е. господство ведущих торгово-промышленных групп. Союзникам удалось поднять против персов все малоазиатское побережье, захватить ряд городов на Геллеспонте и присоединить к союзу греческие города на Кипре. В 498 г. объединенные силы союзников, включая Афины и Эретрию, собрались у Эфеса. Чтобы отвлечь персидские силы от Милета, был предпринят сухопутный поход на Сарды. Взять эту крепость не удалось; занят был только богатый нижний город. Большинство домов здесь было из глины с крышами из тростника. Когда по неосторожности одного из воинов загорелся один из домов, сгорел весь город вместе с дворцами и храмами. Этот пожар был крайне невыгоден для самих греков, тем более, что он озлобил против них местное население. Однако основная цель похода была достигнута: персы сняли осаду Милета и двинулись навстречу грекам. Близ Эфеса персы нанесли поражение грекам, но это поражение не имело решающего значения, так как и после него война продолжается с неослабевающей энергией и к повстанцам даже присоединяются новые союзники; с другой стороны, союзники совершают победоносный поход в Геллеспонт и захватывают, наконец, также и Византий.