Еще ранее Улугбек жаловался своему отцу, что Шахмелик оскорбляет его достоинство и плохо управляет страной, Шахрух поинтересовался на этот предмет у вельмож и получил разъяснение: Шахмелик ведет правильную политику, но держится с Улугбеком надменно, что и вызывает у того неприязнь. Когда Шахруху была доставлена голова Нурад-дина, тот „спустил“ гнев на Шахмелика и обвинил того в самоуправстве и нарушении приказа. Была эта сцена разыграна или нет — вопрос не столь важный. В этот год 17-летний Улугбек освободился от власти опекуна: Шахрух забрал Шахмелика с собой в Герат. Улугбек начал править в Самарканде своей волей.
При Шахрухе была восстановлена видимость цельности оставленной Тимуром империи: огромная страна вроде бы казалась единой. На самом же деле, все было несколько иначе. Да, Шахрух считался держателем власти, но от него мало зависело управление на местах. Если при его отце Тимуре местные эмиры боялись даже пикнуть, хорошо понимая, чем им грозит малейшее неповиновение, и вся система власти была так хорошо отлажена, что не допускала и тени самостоятельности, то при Шахрухе, который считался главой государства, от него зависел лишь красивый фасад империи. Он, как мог, этот фасад реставрировал и поддерживал. На самом же деле управляли за него дети, вельможи и старшая жена, мать Улугбека.
Управляли они, скажем, не худшим образом. Современники отмечали даже некоторое благоденствие и порядок, которые наступили в империи после первых лет смуты.
Ему очень повезло с выбором главного эмира империи — Джелаль ад-дина Фируз-шаха, который был весьма сведущ в деле управления. Сам Шахрух мало интересовался как военным искусством, так и государственными законами, он был человеком верующим и целиком отдавался религии, пытаясь строить мир по нормам шариата. Так что всем, что выходило за религиозные рамки, занимались те, кто больше понимал и в войне, и в торговле, и в политике.
Его сын Улугбек гораздо больше придерживался монгольского права, чем Шахрух, в этом он оказался продолжателем Тимура. Свой самаркандский улус он обустраивал согласно традиции Тимура. При нем город „прирастал“ новыми строениями и сверкал как жемчужина во всей среднеазиатской земле. Герат в этом плане не мог никак сравниться с Самаркандом. Правда, нововведение Халиль Султана — отказ от соправления с монгольскими ханами и „поставка на видимость власти“ ханов из рода Тимура (таковым был при нем Мухаммед-Джехангир) — при Улугбеке было отменено, он действовал традиционным, то есть дедовским методом: имел реальную власть при марионеточном монгольском хане. Это никак не мешало Улугбеку проводить собственную политику. Ханы-соправители при нем были еще более ширмой, чем при Тимуре: он их ни к каким делам не допускал, их правильнее можно назвать даже не соправителями, а самаркандскими узниками: ханам выделялось особое место в городе — „ханская ограда“, там они содержались в почете и довольстве, но за пределы своей тюрьмы не выходили. Насколько их власть была иллюзорной, говорит хотя бы тот факт, что история даже не сохранила их имен.
В последние годы жизни Улугбек и вовсе, кажется, отменил этих ханов, потому что одна сохранившаяся надпись в качестве назначенного хана называет малолетнего царевича, сына самого Улугбека. На короткое время после смерти Улугбека появился монгольский хан, оставшийся безымянным, но после него тимуриды больше не пользовались монгольской подставой. Сам Улугбек был женат на дочери Мухаммед-Султана, ведущей свой род от хана Узбека, вторая его жена была дочерью Махмуд-Султан-хана, так что он, как и Тимур, носил титул гурагана (царского зятя) и мог даже „ставить“ своего хана из собственной семьи — такая вот запутанная родословная история.