После гибели Улугбека Абдуллатиф расправился и со своим братом-соперником Абдулазизом (того очень любил Улугбек), и с приближенными к Улугбеку эмирами, все они были казнены все по тому же приговору шариатского суда. Отцеубийца просидел на престоле совсем недолго: сразу после восшествия на престол он стал наводить в стране порядок такого рода, что, по словам современников, не оказывалось почтения старости и снисхождения юности, то есть казнили всех. Это вряд ли могло внести умиротворенность в жизнь Мавераннахра! Против Абуллатифа составился заговор, и утром, когда Абдуллатиф торжественно ехал на молитву, 8 мая 1450 года он был повержен выстрелом из лука.
После гибели Абдуллатифа на престол был возведен мирза Абдулла. Его правление было сложным и проходило в междоусобных войнах. В Бухаре утвердился Абу Са’ид, в Шапургане, Балхе и Хисаре — Алауддоулэ, получивший потом от хорасанского Султан-Мухаммеда юго-западную часть Афганистана. Начались новые стычки. В 1452 году войско Абулхайра соединилось с отрядами Абу Са’ида и пошло на Самарканд. Абдулла двинулся им навстречу. Далее приведу рассказ хрониста:
«Так как степь Дизакская (Джизакская) лежала на пути, и победоносное войско приходило в расстройство от зноя той степи, хан приказал нескольким людям узбекским привести в действие камень „йеде“. Узбеки поступили согласно приказанию, привели его в действие и заставили проявить его особенность, которая является одним из чудных дел творца: (способность) изменять погоду, (вызывать) тучи, снег, дождь и стужу. В два-три дня погода так изменилась, что покрывало тучи задержало сияние солнца, гром начал греметь и молния стала прыгать, и от стужи, снега и дождя образовался в мире потоп… Ливень и холод так усилились, что некоторые жители Хорасана, которые не знали о действии камня „йеде“, некоторое время удивлялись этому. Наконец, высочайший стан, под счастливой звездой и благоприятным гороскопом, приблизился к селению Шираз, лежащему в 4 фарсахах к северу от Самарканда.
С того времени, как подтвердился слух о походе его величества на Самарканд, ко двору его величества приходил отряд за отрядом из армии мирзы Султан-Абдаллаха. Люди, убившие мирзу Абд-ал-лятифа и встретившие разные милости от мирзы Султан-Абдаллаха, также отложились. Мирза Султан-Абдаллах с устроенным войском переправился через реку Кухак и пошел навстречу. Оба войска, стремящиеся к битве, сошлись и занялись выравниванием рядов и размещением воинов…
С той стороны победоносное войско, отряд отважный и подобный львам, и полк, злобный, как тигр, ищущий боя, который стрелою пробивал глаз Меркурия и извергающим огонь копьем сжигал мозг Сатурна. С другой стороны была огромная армия и бесчисленное войско, мощное и столь многочисленное, что мысль смущалась от исчисления его, и счетчик воображения путался от счета его. С обеих сторон устроены были боевые ряды и принадлежности битвы и борьбы, и образ сражения стал виден взору. От пыли битвы небо стало не видно, и от крови убитых земля приняла цвет зари.
Отряды обеих армий накинулись один на другой, как волны зеленого моря и наподобие равнины страшного суда. Мирза Султан-Абдамах, насколько можно было, удерживал позицию до тех пор, пока не были разбиты правое и левое крыло и центр, как его счастье, не был опрокинут, войско самаркандское разом обратилось в бегство; на лик судьбы мирзы Султан-Абдаллаха во время битвы легла пыль несчастья, и, попавшись в сеть беды, он был убит».
В Самарканде утвердился Абу Са’ид. Вместо культурного расцвета и учености Самарканд погрузился в объятия ташкентских дервишей. Оттуда новый правитель «выписал» ходжу Ахрара — ревностного сторонника шариата. О науке и развлечениях можно было забыть. Новый правитель не увлекался книжными диковинами, он следовал учению своего ташкентского наставника, что истинная цель хорошего мусульманина — праведная жизнь, так что над Самаркандом витала вера в чудеса и праведная жизнь воплощалась в ревностной молитве. Сам Абу Са’ид прославился не только тем, что имел при своем дворе двух шейхов — одного ташкентского, другого хорасанского, но и тем, что оказался более жестоким, чем его предок Тимур, такого количества казней и таких изощренных не было во время Улугбека и Шахруха, не отличавшихся мягким характером. В 1469 году во время завоевательного похода в западную Персию Абу Са’ид погиб. В Самарканде утвердился его сын Султан Ахмед. Султан Ахмед, дядя Бабура, стремился к праведной жизни, но у него был один порок — Султан Ахмед был алкоголиком. Он честно выполнял намаз, и хотя периодически впадал в запои, даже пьяный не забывал усердно молиться. При нем в Самарканде наука и культура отошли даже не на второй, на пятый план. Место Самарканда занял Герат. Там правил правнук Умар-шейха Султан Хусейн. Все культурные люди бежали из Самарканда в Герат, вместе с ними, как водится, бежала и культура.