Недовольство в войске кончилось для Бабура печально: ему пришлось-таки отдать Самарканд. Дело в том, что противники обложили Андижан, где находилась и мать Бабура, и поскольку он считал, что, имея Андижан, всегда можно вернуть Самарканд, то вышел из города и отправился с союзными монголами отбирать Андижан. В руках Бабура Самарканд находился сто дней. Надо ли говорить, что Самарканд тут же был захвачен? А Бабур, подойдя к Андижану, обнаружил, что город сдан.
Город сдали ровно в тот день, когда войско Бабура вышло из Самарканда. Причиной столь неприятных дел была неожиданная болезнь Бабура. Внезапно он… онемел. В Самарканде тогда находился воин из Андижана, который, вернувшись в свой город, доложил так: «У государя отнялся язык; ему в рот капают воду с ваты». Прибыв с такого рода сообщением, он клятвенно подтвердил его перед Али Дустом.
Али Дуст находился у ворот Хакана. От таких слов он лишился твердости и, призвав врагов, заключил с ними договор и условие и сдал крепость. Бабур даже поверить не мог, что нукер не умышлял дурного, он называл его «лицемерным, неблагодарным, ничтожным человеком», хотя вполне может статься, что тот и не был виноват: увидев своего правителя в бедственном состоянии, он мог решить, что дни Бабура сочтены. Но благодаря этой ошибке Бабур потерял вдруг и Самарканд, и Андижан. Попытки взять оба города были безуспешны, пришлось возвращаться в Ходжент. Только в 1499 году он вернул Андижан.
Полтора месяца спустя «Хусрау шах, вознамерившись повести войска на Балх, вызвал Байсункар мирзу в Кундуз и выступил к Балху. Дойдя до Убаджа, Хусрау шах… схватил Байсункар мирзу и его беков и накинул на шею Байсункар мирзе веревку. Было десятое мухаррама, когда он сделал мучеником такого даровитого царевича, полного достоинства, украшенного личными заслугами и высоким происхождением. Из его беков и приближенных Хусрау шах тоже некоторых убил».
После смерти Байсункара Бабур снова решил идти на Самарканд. Для этого он заключил мир с Джехангиром. Мирный договор предполагал следующее: «…области на Ахсийской стороне реки Ходженда отойдут к Джехангиру, а области на Андиджанской стороне отойдут ко мне. Узгенд, когда оттуда уйдут их люди, они тоже припишут к нашему дивану. Когда определят границы наших владений, мы с Джехангир мирзой вместе пойдем на Самарканд. Как только столичный город Самарканд будет завоеван и покорен, я отдам Андиджан Джехангир мирзе».
Бабур двинулся с войсками на Самарканд, но за город тем временем шла война у тогдашнего самаркандского правителя Султан Али мирзы и претендующих на город монголов, мирзе удалось отбить монгольское войско. Улучив удачный момент (дележку земель в стане противника), Бабур подошел к Самарканду. Тут-то и выяснилось (Бабур дошел уже до Кеша), что Самарканд перешел к другому хозяину — Шейбани-хану. Город был сдан на условии, что Шейбани-хан возьмет в жены мать Султан Али-мирзы. Бабур был в ярости.
«После того как узбеки взяли Самарканд, — рассказывал он, — мы направились из Кеша в сторону Хисара. Самаркандские беки во главе с Мухаммед Мазид тарханом двинулись за нами вместе с женами, семьями и родичами. Когда мы остановились на поляне Чилту в Чаганиане, самаркандские беки во главе с Мухаммед Мазид тарханом, отделившись от нас, ушли и стали нукерами Хусрау шаха. Мы лишились своей столицы и страны; куда нам идти, где нам стоять — неизвестно!»
С таким настроением он лег спать, и во сне ему явился Ходжа Убайд Аллах. Во сне Бабур чувствовал себя страшно виноватым, что не оправдал надежд Ходжи. Но, когда он прощался с Ходжей, тот приподнял его над землей. Проснувшись, Бабур истолковал сон так, что нужно идти на Самарканд и брать его боем. Ему это действительно удалось: он взял Самарканд. Ему было 19 лет. Шел 1500 год.