С 1540 по 1545 г. в Дели травил Шер-хан, принявший титул Шер-шаха. Своей первоочередной задачей он считал обуздание феодалов, особенно афганцев Бихара и Бенгалии, на которых, кстати, опирался при захвате власти. С этой целью он стал строго требовать от джагирдаров (владельцев джагиров) содержания обусловленного величиной джагира числа наемных всадников, которые составляли основную часть армии государства. Для контроля Шер-шах ввел обязательное клеймение коней тавром джагирдара и периодические смотры войск, чтобы прекратить практиковавшийся джагардарами наем случайных людей, распускаемых после смотра. Шер-шах стремился ввести твердую норму при сборе доли урожая, причитавшегося государству, и ограничить в интересах казны произвол сборщиков при определении величины крестьянских участков и тем самым размера урожая. Платя своим наемным воинам исключительно деньгами, Шер-шах пытался, где только возможно, перевести натуральный налог в денежный. Он жестоко подавлял сопротивление крестьян и всякие сепаратистские движения (например, выступление афганцев племени ниязи, живших в районе Агры).
Стремясь раздвинуть границы своего государства, Шер-шах, как и Хумаюн, пытался подчинить себе раджпутские княжества, пробиваясь к торговым районам западного побережья Индии. Однако при осаде одной из раджпутских крепостей — Каланджара — в 1545 г. Шер-шах погиб.
Правление Акбара
Среди афганских феодалов вновь разгорелась борьба за престол. Власть захватил младший сын Шер-шаха; он правил до 1554 г. После его смерти начались ожесточенные схватки между четырьмя претендентами на трон. Этим воспользовался Хумаюн, пришедший из Ирана с разноплеменной армией, состоявшей из тюрок, персов, афганцев, туркмен и узбеков. Он разбил войска претендентов и занял Дели в 1555 г. Однако он правил недолго: через несколько месяцев, упав с мраморной лестницы, разбился насмерть. Туркмен Байрам-хан, наставник 13-летнего престолонаследника Акбара, поспешил возвести его на трон, оставшись при нем регентом.
Владения Моголов в это время не простирались дальше двуречья Ганга — Джамны (связи с Пенджабом и афганскими землями на севере были прерваны). Основным противником Моголов был Хему, главнокомандующий армией одного из Суров. Несмотря на свое «низкое» происхождение (из торговцев-индусов), Хему (выдвинулся как талантливый полководец. Он овладел Дели и провозгласил себя правителем под именем раджи Викрамадитья. В решающем сражении с Моголами на Панипатском поле в 1556 г. Хему удалось смять фланги более многочисленной армии Акбара, но случайной стрелой он был ранен в глаз и упал со слона. Не видя больше своего полководца, его воины (как это обычно бывало с наемным войском в Индии при смерти военачальника, от которого зависела уплата жалованья) разбежались, и Акбар выиграл битву. Тут же, на поле боя, он, наставляемый Байрам-ханом, стал раздавать своим военачальникам земельные пожалования и почетные титулы.
В течение почти полувекового правления Акбара (1556–1605 гг.) в Северной Индии укрепилась власть Моголов. Своей столицей Акбар сделал Агру на реке Джамне.
Первоначально государством фактически правил регент Акбара Байрам-хан. Он отнял Аджмир и крепость Гвалиур у раджпутов и упрочил за Моголами Пенджаб. Однако, будучи шиитом, он раздавал государственные посты своим единоверцам, чем восстановил против себя придворных-суннитов. В 1560 г. власть захватила другая дворцовая группа, Байрам-хан был отправлен в почетную ссылку в Мекку, но по пути, в Гуджарате, был убит.
Какое-то время государством управляла узбекская клика родственников кормилицы Акбара. Ими была присоединена к могольским владениям Мальва. Правитель Мальвы Баз Бахадур бежал из своей страны, позднее поступив на службу к Акбару. Его возлюбленная, танцовщица Рупмати, предпочла смерть плену и покончила с собой. Любовь Баз Бахадура и Рупмати стала темой ряда индийских баллад.
Вскоре, отстранив временщиков, Акбар стал править самостоятельно. К этому времени ему исполнилось 18 лет. Это был умный, сильный, смелый юноша, любивший охоту, обладавший феноменальной памятью, но, несмотря на все усилия своих воспитателей, не желавший ни читать, ни писать. Уже в раннем возрасте он понял, что править Индией можно, лишь опираясь как на мусульман, так и на индусов. Первым долгом он решил заручиться поддержкой воинственных раджпутов и заключил с ними союзы, скрепленные его браком с раджпутскими княжнами. В могольскую армию влилась раджпутская конница, возглавляемая Ман Сингхом, талантливым полководцем, приемным сыном правителя Амбера. Переход раджпутов на службу к мусульманскому (правителю вызвал протесты ортодоксальных раджпутских кругов, считавших, что пребыванием при дворе индусы оскверняют себя.