С помощью союзников-раджпутов Акбар покорил сопротивлявшиеся раджпутские княжества, присоединив Читор в 1568 г… Рантхамбхор в 1569 г. и подавляющую часть Раджпутаны. Лишь раджа Мевара Партаб Сингх ушел в горы с горсткой последователей и почти четверть века вел борьбу с Акбаром.
Полководец Акбара Асаф-хан овладел обширным княжеством Гондвана, которым правила рани (правительница) Дургавати. Княгиня мужественно сражалась и, потерпев поражение, заколола себя кинжалом. Завоевав богатое владение и ограбив казну прежних правителей, Асаф-хан счел себя достаточно сильным, чтобы стать независимым государем. Он примкнул к восстанию в Пенджабе, начавшемуся в 1563 г. и возглавленному другими сепаратистски настроенными военачальниками Акбара. Мятежники взяли Лахор, провозгласив правителем малолетнего брата Акбара, жившего в Кабуле. К восставшим присоединились также влиятельные военачальники-узбеки из Самбхалы, так называемые мирзы. Все они были противниками выдвижения при дворе Акбара раджпутских князей-индусов. К счастью для Амбара, восставшие не смогли установить связь между собой, и в 1567 г. этот мятеж феодалов был подавлен. «Мирзы» бежали в Гуджарат.
В Гуджарате после предательскою убийства в 1537 г. Бахадур-шаха португальцами боролись за власть различные феодальные клики, объединенные по признаку землячества, — тюрки, афганцы, абиссинцы и т. д. «Мирзы» тоже включились в борьбу, претендуя на власть. Против них в Гуджарат были посланы войска Акбара, и в 1572 г. Гуджаратское государство было завоевано Моголами. Однако, как только могольская армия вернулась в Агру, «мирзы» снова восстали, и Гуджарат пришлось Моголам отвоевывать вторично.
На покорение Бенгалии, мусульманский правитель которой (считавшийся вассалом Акбара) объявил себя независимым, ушло больше двух лет. На этом завоевания временно прекратились. На передний план выдвинулись вопросы внутреннего устройств огромной империи.
Главным, ведомством в Могольском государстве было финансовое, во главе которого стоял диван. Налоговыми чиновниками были в основном индусы. В армии главный интендант и казначей мир-и-бахши осуществлял контроль над выдачей джагиров, а на смотрах проверял воинов и снаряжение. Остальное решали отдельные военачальники, командуя своими отрядами. Ведомство по религиозным делам называлось садарат. Главный садр назначал судей по уголовным и гражданским искам мусульман и ведал раздачей суюргалов. В областях и округах действовали параллельно гражданская и военная власти, которые должны были контролировать друг друга и пресекать любые проявления сепаратизма. В некоторых крупных областях были также свои областные садры.
Население, вошедшее в состав Могольской империи принадлежало к многочисленным племенам и народам, оговорило на разных языках, находилось на разных уровнях общественного развития и было разделено кастовыми перегородками и религиозными воззрениями. Однако большинство жило в узком мирке сельской общины. Крестьяне уплачивали ренту государству в виде налога с земли. Хотя правительство и было заинтересовано в бесперебойном поступлении этой ренты-налога, но в хозяйственную деятельность крестьян ни государство, ни феодалы не вмешивались.
Долей государства была объявлена 1/3 урожая. В основном такой налог воспринимался как «справедливый», но порой крестьяне не могли его уплатить. Тогда налог собирали с помощью войск. В хрониках сохранились упоминания о селениях «непокорных разбойников», где крестьяне, укрывшись за стенами, защищались от акбаровских воинов. Однажды сам Акбар своим слоном сокрушил глиняную стену и вошел в деревню во главе карательных отрядов.
Обработка земли была государственной повинностью, и сборщику налогов предписывалось строго следить за тем, чтобы засевалась вся пригодная площадь. Для упорядочения сбора налога Акбар ввел в центре своего государства обмер всех пахотных земель, причем не веревкой, которую можно произвольно сжимать и растягивать, а бамбуковым шестом.