В Бенгалии с ее развитой торговлей и ремеслом, с труднодоступными горными округами раньше, чем в остальных частях империи, стали развиваться отношения субвассалитета. Могольский наместник и крупные военачальники распоряжались завоеванной ими территорией как собственным владением, раздавали джагиры, назначали сборщиков налогов и других представителей власти на местах, отдавали земли ха-лиса на откуп. В Бенгалии получило развитие совмещение нескольких должностей в одном лице. Наместники Бенгалии фактически действовали независимо. Когда Джахангир за беззакония отстранил бенгальского наместника от должности, тот укрепился в крепости близ Дакки, и только войско смогло выбить его оттуда.
Войны Моголов тяжело сказывались на крестьянском хозяйстве. Настоящим бичом для бенгальских крестьян были также откупщики. Их действия вызывали возмущения крестьян. В Кампуре вспыхнуло восстание крестьян под руководством Санатана против сборщиков налога и откупщиков. Захватив укрепленный форт Рангамати, крестьяне стали контролировать значительную территорию. Могольским войскам все же удалось выбить их из Рангамати; тогда восставшие укрепились в крепости Дхандхама, но и она после продолжительной осады была взята правительственными войсками.
В начале XVII в. юсуфзаи отошли от движения рошанитов, но другие афганские племена, особенно бангаши, продолжали его поддерживать. Стремление к освобождению от могольского владычества сочеталось у рошанитов с крестьянской мечтой о равенстве, антифеодальной по своему существу. Во главе рошанитов стал Ахдад, внук Баязида Ансари. В 1611 г. ему удалось взять Кабул (правда, через несколько дней он был изгнан из города). В районы, занятые рошанитами, неоднократно направлялись могольские карательные экспедиции с приказам убивать любого встреченного члена секты. С помощью предательства Моголам удалось наконец овладеть лагерем рошанитов. Оставшиеся в живых повстанцы бежали в горы. После многолетнего преследования был убит Ахдад (1626 г.). Однако на его место встали другие вожди, и только к концу 30-х годов XVII в. движение рошанитов было обезглавлено и пошло на убыль.
Сикхи исподволь готовились к вооруженной борьбе с Моголами. Гуру Хар Гобинд (1606–1638 или 1645 гг.) предписал всем сикхам вооружиться и быть готовыми к сражениям. Вокруг него собрались многотысячные отряды, располагавшие даже собственной артиллерией. В 1612 г. Хар Гобинд был вызван ко двору Джахангира. Желая сохранить свои отряды, он поступил на могольскую службу, тренируя втайне своих воинов. Но он вел себя слишком независимо, за что попал в заточение на 12 лет.
С 1628 по 1634 г. могольские наместники Пенджаба неоднократно посылали карательные экспедиции против сикхов, которых так и не удалось подавить в первой половине XVII в.
Могольские правители в XVII в. еще не теряли надежды подчинить свое всю Южную Индию. Основным плацдармом могольских войск являлся Гуджарат. Противостояли Моголам Ахмаднагар, Биджапур и Голконда. Эти три государства вечно спорили друг с другом из-за смежных территорий, изредка заключая союз для совместного сопротивления могольским армиям.
Моголы напали первоначально на самое слабое из деканских государств — Ахмаднагар. Однако за несколько предшествовавших нападению лет это государство в результате реформы Малика Амбара, раба-эфиопа, до некоторой степени окрепло. Малик Амбар в 1614 г. снизил поземельный налог до 1/3 урожая, сделав его посильным для крестьян, и стал широко привлекать в свою армию маратхов, которые были хорошими воинами.
В XVII в. маратхи выходят на первый план индийской истории. В маратхской общине происходило обострение противоречий, шел процесс превращения общинной верхушки в мелких феодалов. Через земли маратхов проходили караванные пути из Могольской империи к Малабарскому побережью. Товарно-денежные отношения рано проникли в маратхскую общину. Земля по существу свободно продавалась и покупалась, хотя формально продавались только права общинника, в том числе и на его участок.
Маратхская легкая конница Ахмаднагара совершала внезапные налеты на отряды противника, угоняли обозы и наносила большой урон огромной, но громоздкой могольской армии.