Продолжали ожесточенную борьбу против Моголов и сикхи. К ним примыкали все новые слои пенджабского населения. Девятый гуру сикхов Тег Бахадур сплотил их и построил крепость Анандапур. Вокруг него собирались пенджабские крестьяне. Однако в конце концов он все же был схвачен Моголами и в 1675 г. четвертован в Дели. Его сын гуру Гобинд военизировал всю сикхскую организацию. С этого времени сикхизм из сектантского течения среди торгово-ремесленного населения стал превращаться в антифеодальную идеологию мятежных крестьян. Гобинд заявил, что власть гуру отныне распространяется на всю сикхскую общину (хальсу). Сикх должен отречься от прежних кастовых или религиозных связей и сознавать только общность с другими сикхами. Для сикхов были установлены особые правила, резко отличавшие их от индусов и мусульман. Они носили одежду особого покроя, имели особую прическу, особые религиозные символы.
В результате этих мер гуру Гобинд смог превратить сикхов в могучую организацию, ставшую серьезной угрозой власти Моголов в Пенджабе. Социальной базой сикхизма стали пенджабцы, однако к сикхам мог примкнуть любой человек из другой части Индии. Гобинд построил ряд фортов в Пенджабе, заключил союзы с мелкими раджами горных заминдарств, но, все же не смог противостоять могольской армии; после долгого сопротивления Анандапур был взят. Гобинду пришлось бежать. Он долго скитался, а в 1708 г. был убит. Однако борьба сикхов продолжалась.
Начались волнения и среди раджпутов — опоры могольского войска. В 1678 г., после смерти князя Марвара, бывшего сановником Аурангзеба, разгорелась борьба между могольским ставленником в княжестве и сторонниками младенца-сына покойного князя, ставшего знаменем восстания против могольского ига. Аурангзеб двинул армию в Марвар. Деревни были разорены, города разграблены, индусские святилища разрушены. Но тут восстал Радж Сингх — князь соседнего раджпутского княжества Мевар. Аурангзеб выслал против него войско своего сына Акбара; раджпуты разбили армию Акбара и начали с ним тайные переговоры, обещая поддержку, если он попытается свергнуть своего отца. Акбар поднял бунт, но Аурангзеб хитростью расстроил союз сына с раджпутами, и Акбар бежал к маратхам.
Аурангзеб заключил мир с княжеством Мевар, а Марвар продолжал борьбу с Моголами до 1709 г. Единству действий двух крупнейших раджпутских княжеств воспрепятствовала феодальная обособленность их. В какой-то мере борьба с раджпутами ослабила и Моголов: необходимость держать войска в Раджастхане отвлекала их от борьбы с маратхами.
Борьба с народными восстаниями требовала больших средств. Аурангзеб решил пополнить казну — он напал на Биджапур. Столица была осаждена, ее окрестности разорены. Однако крепость не сдавалась полтора года, пока голод и эпидемии в 1686 г. не подорвали духа сопротивлявшихся. После сдачи весь город был разграблен и разрушен могольскими войсками, водоснабжение нарушено; на месте блестящей столицы остались развалины, на которые наступали джунгли. Затем настал черед Голконды. Моголы смогли взять крепость лишь путем подкупа голкондских военачальников (1686 г.). Голконда была аннексирована. Аурангзеб захватил огромную добычу.
Это был период наибольшего расширения Могольской империи. Она охватывала почти всю территорию Индии, доходя на юге до рек Пеннар и Тунгабхадра, а на севере включала Кашмир и афганские земли с Кабулом и Газни. Лишь Кандагар оставался под властью Персии.
После смерти Шиваджи чрезвычайные законы, фактически ограничивавшие развитие феодализма у маратхов, перестали соблюдаться. Маратхские военачальники значительную часть военной добычи стали оставлять себе, имущественная разница между маратхским воином и военачальникам все росла. Самбхаджи и его приближенные больше думали о развлечениях, чем о военных действиях. Попытка маратхов захватить в 1680–1682 гг. остров Джанджира, где правила династия эфиопов Сидди, окончилась неудачей, как и нападение на португальский порт Чаул в 1683 г. В 1689 г. могольские войска неожиданно напали на ставку Самбхаджи, и он попал в плен вместе со своим сыном Саху (Шаху). Махараштра вновь подпала под могольское иго.