После победы при Плесси служащие Кампании в полной мере использовали свое положение завоевателей для личного обогащения и устранения всех своих конкурентов, как местных торговцев, так и частных европейских купцов. Своим скупо оплачиваемым служащим Компания всегда разрешала вести собственную торговлю. Прикрываясь фирманом Великого Могола от 1717 г., даровавшим Компании лишь право беспошлинной внешней торговли, ее служащие стали вести беспошлинную торговлю также и внутри страны. Мало того, они продавали своим агентам дастаки, или свидетельства, освобождающие от пошлин товары Ост-Индской компании. Пользуясь этими дастаками, агенты вытесняли из торговли тех купцов, которые не были связаны с англичанами. По словам современника, Ост-Индская компания выступала в Бенгалии в качестве «государства в обличии торговца».
Энергичный Мир Кастам, фактически купив навабство у англичан, надеялся стать действительным правителем Бенгалии, а не просто марионеткой в руках английской Компании. Повысив налоги и неуклонно взыскивая их, он за два года смог заплатить англичанам всю сумму, обещанную при вступлении на престол. Затем потребовал от чиновников Компании прекратить торговлю дастаками, разорявшую страну. Получив отказ, Мир Касим отменил все пошлины с индийских купцов, поставив их в равное положение с английскими. В ответ служащие Компании вооружились и овладели в 1763 г. городом Патна. Узнав об этом, Мир Касим поднял восстание против англичан.
К Мир Касиму и его войскам (ядро которых составлял отряд авантюристов-европейцев разных национальностей) присоединились все недовольные бесчинствами англичан в Бенгалии. К нему стекались крестьяне, бежали ремесленники, ему оказывали денежную поддержку индийские торговцы и крупные купцы-армяне Калькутты. В 1763 г. Мир Касиму удалось отобрать Патну, но вскоре его разнородные и в основном необученные войска потерпели поражение.
Отступив в Ауд, Мир Касим заключил соглашение с навабом Ауда, а также с Али Гоухаром, сыном могольского правителя, бежавшим после битвы при Панипате и впоследствии вступившим на престол под именем Шах Алам II (1760–1806 гг.). Объединенная армия подступила к Патне. Положение англичан стало серьезным. Однако в решающей битве при Буксаре в 1764 г. англичане снова наголову разбили своею врага. Шах Алам сдался, а Мир Касим бежал в Дели.
После битвы при Буксаре уже никто не решался оспаривать господство англичан на всем нижнем течении Ганга. Навабом Бенгалии опять стал покорный англичанам Мир Джафар. После его смерти навабами назначались один за другим малолетние члены его семьи, которые получали крупную пенсию, не вмешиваясь в управление.
Клайв, после подавления восстания Мир Касима назначенный губернатором Бенгалии, заставил своего пленника Шаха Алама II подписать фирман, дарующий Компании права «дивани» (т. е. финансового управления). В результате сложилась система «двойственного управления»: гражданскими делами — судом, поддержанием порядка и т. д. ведали бенгальские местные власти, Компания же взяла в свои руки сбор земельного налога. Первоначально весь аппарат сборщиков и налоговая система оставались прежними.
Клайв уехал из Индии в 1767 г., а в 1773 г. в комиссии палаты общин разбирался вопрос о награбленных им богатствах. Его оправдали на том основании, что «лорд Роберт Клайв оказал большие похвальные услуги своей стране».
Со времени введения «двойственного управления» вопросы торговли для Компании и ее служащих отодвинулись на второй план. Основным источником дохода стал сбор налогов с бенгальского крестьянства. Полученные таким образом суммы выделялись на покупку индийских товаров. Лицемерно это называлось «инвестмент» (т. е. вложение капитала). Не вкладывая в действительности ни гроша, Компания за счет своего «инвестмента» ввозила в Англию товары. Деньги, полученные от грабежа Бенгалии, шли на финансирование захватнических войн в других частях Индии. Так население Индии было вынуждено оплачивать порабощение своей страны.
Эксплуатация крестьянина, прежде ограниченная общинным строем и обычаями, стала теперь поистине ужасной. Сборщики налогов отбирали у крестьян все, что только могли, не оставляя даже необходимого количества зерна для собственного пропитания. В 1770 г. недород превратился в страшное народное бедствие: миллионы людей умирали от голода, цены на продовольствие астрономически росли, а лондонские джентльмены и слышать не хотели об уменьшении налогов. Однако в 1771 г. Компании пришлось обратиться в парламент за ссудой. Экономическое положение Бенгалии стало предметом партийной борьбы вигов и тори, и в 1773 г. на основании компромисса между ними был принят Акт об управлении Индией, по которому Компания признавалась не просто торговой организацией, а владетелем на индийской территории. К английскому правительству переходило наблюдение за ее политической деятельностью. Парламент назначал генерал-губернатора (этот пост был введен впервые) и четырех советников. Эта пятерка составляла Бенгальский совет и решала все Вопросы большинством голосов. Кроме того, в Калькутте создавался Верховный суд, который должен был решать вопросы, касающиеся жителей этого города.