Весной 1644 г., не встречая сильного сопротивления со стороны правительственных войск, повстанческие армии быстро продвигались к Пекину. Ослабленная внутренней войной, продолжавшейся более 15 лет, а также борьбой против маньчжуров, постоянно предпринимавших опустошительные набеги на Китай, минская династия была не способна противостоять внутренней смуте. В апреле 1644 г. Пекин был захвачен отрядом Ли Цзычэна, а последний император минской династии покончил жизнь самоубийством.
Заняв столицу, победители стремились обеспечить порядок в городе и установить спокойствие. Торгово-ремесленным корпорациям горожан была обещана поддержка, из тюрем освобождались узники, коррумпированные минские чиновники привлекались к суду. Однако для содержания армии и государственного аппарата новым властям, так же как и их предшественникам, требовались значительные средства, получить которые можно было только за счет налогов. По этой причине правительство Ли Цзычэна объявило о восстановлении отмененных незадолго до этого минских налогов и повинностей. Этот непопулярный шаг ставил прочность положения повстанцев под угрозу. Между тем еще большую опасность для новой династии представляли войска маньчжуров, угрожавшие Китаю с севера.
Маньчжурские племена, являвшиеся потомками воинственных чжурчжэней, некогда завоевавших Китай, обитали за северными границами китайской империи и в начале XVII в. переживали процесс политической консолидации. Особую роль в этом сыграл видный маньчжурский военачальник Нурхаци, сумевший в первые десятилетия XVII в. создать первое государство маньчжуров. Его сын и преемник хан Абахай провозгласил государство Цин (Чистое), став его первым правителем.
К этому времени маньчжуры восприняли многие элементы китайской культуры, в первую очередь некоторые важнейшие принципы государственного управления. Управление государством Цин было сосредоточено в шести ведомствах, подобных минским. Маньчжурские правители в своей завоевательной политике опирались на сильное войско, состоявшее главным образом из конницы, разделенной на восемь армий (знамен), в связи с чем оно получило название «восьмизнаменное». В ходе завоевательных походов против Китая, Монголии и Кореи в составе цинских войск были дополнительно созданы восемь армий, состоявших из монголов, а позднее — восемь армий из китайцев, желавших служить маньчжурским правителям. Общая численность маньчжурских вооруженных сил накануне решающего вторжения в Китай насчитывала около 200 тыс. человек.
В начале 40-х гг. XVII в. маньчжуры постоянно совершали опустошительные набеги на территорию Китая, уводя с собой тысячи пленных, которых обращали в рабов.
Весной 1644 г. минский генерал У Саньгуй, командовавший армиями, охранявшими подступы к Великой стене, неожиданно предложил маньчжурскому командованию, которое готовилось к очередному набегу на Китай, пропустить их конницу в китайские земли. Причины, толкнувшие У Саньгуя на этот шаг, не вполне ясны. Очевидно, он имел далеко идущие честолюбивые планы, рассчитывая использовать маньчжурскую конницу для разгрома повстанческого движения Ли Цзычэна с целью основать впоследствии собственную династию. Не исключено, что свою роль сыграли и мотивы личного характера. По сообщениям китайских источников, Ли Цзычэн пытался заручиться поддержкой У Саньгуя в будущей борьбе с маньчжурами. Последний также был готов к переговорам. Однако во время посещения дома семьи У Саньгуя Ли Цзычэн был пленен красотой его любимой наложницы, что не осталось незамеченным. Узнав об этом, генерал вместо переговоров с новым императором установил контакт с маньчжурами.
Сначала маньчжуры отвергли предложение У Саньгуя, но затем воспользовались предоставленной возможностью и без боя преодолели Великую стену, а армия У Саньгуя присоединилась к маньчжурам в наступлении на Пекин. Стремясь подчеркнуть твердость своего намерения сотрудничать с маньчжурами, У Саньгуй отдал своим воинам приказ изменить прическу на маньчжурский лад — обрить голову спереди, а длинные волосы, оставленные сзади на затылке, заплести в косу. На несколько столетий эта своеобразная прическа стала символом подчинения китайцев новой маньчжурской цинской власти.
Завоевание маньчжурами Китая, начавшееся при поддержке У Саньгуя весной 1644 г., продолжалось почти сорок лет и завершилось лишь в 1683 г. 27 мая 1644 г. в районе Шаньхайгуанского прохода в Великой стене состоялось сражение между войсками Ли Цзычэна и объединенными силами маньчжуров и У Саньгуя. Войско Ли Цзычэна под ударами маньчжурской конницы было вынуждено отступить, затем оставить Пекин и вернуться на запад к старым базам повстанческой борьбы. После вступления в Пекин маньчжуры провозгласили императором Китая одного из сыновей хана Абахая. С этого момента на протяжении 267 лет в Китае правила маньчжурская династия Цин (1644—1911).
Единый центр, способный объединить и возглавить сопротивление вторжению кочевников, так и не сложился. Отступавшие отряды Ли Цзычэна были неспособны оказать стойкое сопротивление преследовавшим их цинским армиям. Да и сам Ли Цзычэн не воспринимался как легитимный правитель Китая даже товарищами по антиправительственной борьбе. Второй, наиболее авторитетный и влиятельный вождь повстанцев, Чжан Сяньчжун, контролировавший пров. Сычуань, вообще не принял участия в походе на Пекин. Весной 1645 г. после ожесточенных сражений на территории Северо-Западного Китая основные силы повстанцев Ли Цзычэна были разгромлены, а вскоре в одном из боев погиб и их предводитель. Лишь летом 1646 г., намереваясь дать маньчжурам решающее сражение, выступил Чжан Сяньчжун Однако и его попытка остановить маньчжурское вторжение закончилось неудачей. В одном из боев зимой 1647 г. он был ранен, пленен, а затем и казнен.
После гибели наиболее влиятельных руководителей антиминских повстанцев их отряды не были рассеяны полностью Завершив захват Северного Китая, маньчжуры столкнулись с упорным сопротивлением в провинциях Центрального и Южного Китая. Здесь в отражении маньчжурского вторжения приняли участие самые широкие слои городского и сельского населения. В китайской традиции особенно отмечаются трагические события, разыгравшиеся во время осады г. Янчжоу (весна 1645 г.), расположенного у Великого канала и имевшего важное стратегическое значение. Сопротивление горожан возглавил Ши Кэфа, военачальник, оставшийся верным поверженной минской династии. В течение десяти дней войска и горожане отбивали попытки маньчжуров взять город штурмом, наконец он пал и был отдан победителям на разграбление. По свидетельству современников, при этом погибло около 800 тыс. человек.
Сравняв с землей Янчжоу, цинские войска вышли на подступы к Нанкину — второму после Пекина политическому центру Китая. Военачальники, возглавившие оборону Нанкина, опасаясь расправы, предпочли сдаться, несмотря на наличие в городе многочисленных военных сил и готовность горожан сражаться. Нанкин был взят без боя.
Продвижению маньчжуров на юг способствовало отсутствие единства среди военных и политических сил, стремившихся к изгнанию захватчиков. Эти антиманьчжурские силы включали уцелевшие повстанческие отряды, отдельные минские Армии, вставшие на путь сопротивления, вооруженные отряды, создававшиеся горожанами Центрального и Южного Китая. Попытки достичь организационного объединения патриотических сил были безуспешными. Из-за политических противоречий и амбиций руководителей «Армия тринадцати соединений», созданная на основе объединения различных политических сил, стремившихся участвовать в борьбе с маньчжурами, фактически распалась в 1647 г. после ряда поражений.
Так завершился первый период маньчжурского вторжения в Китай. На протяжении 1644—1647 гг. цинским армиям удалось подавить сопротивление в Северном и Центральном Китае, а также в основных районах Южного Китая. Однако патриотическая борьба все еще продолжалась. В 1648 г. в большинстве провинций вновь вспыхнули вооруженные восстания. Их подавление продолжалось в течение двух лет, до 1650 г., и это можно считать вторым этапом маньчжурского завоевания Китая.
Между тем и после восстановления во многих ключевых районах Китая контроля династии Цин в некоторых провинциях сохранились очаги сопротивления. В Хунани, Гуйчжоу, Гуанси продолжали сражаться остатки антиминских повстанческих отрядов, командование над которыми принял Ли Динго, один из сподвижников Чжан Сяньчжуна. Против Ли Динго маньчжурами были направлены армии У Саньгуя, которому удалось вытеснить повстанцев в пограничную с Индокитаем провинцию Юньнань. Вплоть до 1662 г. Ли Динго упорно сопротивлялся, но и его ждало поражение и гибель.