Создаваемый генуэзцами административный аппарат постепенно усложнялся и разрастался^- по мере того, как разрасталась вся их колониальная система на Черном море. Уже в 1290 г. Кафа имела свой устав, определявший, по существу, всю внутреннюю организацию и устройство черноморских колоний, для которых Кафа являлась административным центром. Затем появились новые уставы, самый пространный из которых относится к 1449 г. Формально управление носило республиканский характер. Во главе всей колониальной системы стоял консул, назначаемый советом дожей Генуи сроком на один год. Ему принадлежала почти вся полнота власти, включая право пыток, определение цены товара и т. п. Впрочем, деятельность его разделялась и даже контролировалась колониальными учреждениями — советом попечителей, советом старейшин, двумя управляющими финансами, торговым комитетом. Особое положение занимали 16 генеральных синдиков (судей), вершивших суд и расправу. Они имели право предать суду даже консула. Вся эта генуэзская администрация, продажная по своей сути, покровительствовала купеческой и феодальной знати, нередко в ущерб престижу самой Генуи. Даже такие ответственные места, как должности консулов Таны и Копы, продавались с разрешения банка Сан-Джорджио консульством Кафы.
Положение итальянцев в регионе никогда не являлось прочным. Сама Кафа несколько раз подвергалась разрушению со стороны татар — в 1298 и 1308 гг., и генуэзцы были вынуждены Спасаться бегством. В правление хана Узбека (1312–1342) генуэзцы вновь появились на берегах Феодосийского залива. В 1313 г. в Орду было направлено посольство из Генуи, договорившееся с ханом об условиях возвращения генуэзцев на развалины Кафы, а в 1316 г. возрождающийся город получил новый Устав. К середине XIV в. Кафа стала мощной крепостью, а в 1380-х годах была возведена внешняя линия обороны города. Несмотря на осложнение отношений с татарами (с 1434 г. генуэзцы стали уплачивать постоянную дань крымскому хану Хаджи-Гирею, своему злейшему врагу), Генуя идет на громадные затраты по восстановлению своего присутствия в Крыму. Ведь, несомненно, большие доходы она получала от торговли с местным населением, вывоза в Европу колониальных товаров, рабов. Генуэзцы предприняли попытки разработки серебряных рудников в горах Кавказа. Исследуя местные земли, они тщательно наносили их на карты.
Документы еще XIII в. говорят о товарообмене с черкесами в устье Кубани, о ярмарке в Копе. В обмен на икру и рыбу местное население получало грубые ткани, а генуэзцы — громадную прибыль, о которой упоминают источники даже XVI в. В Европу вывозились следующие товары: соленая рыба, икра, строевой лес, зерно (просо, ячмень, пшеница), фрукты, овощи, вино, мясо, меха, воск, кожи, смола, пенька. О значении поставок зерна из колоний свидетельствуют многочисленные документы. Когда в начале 1340-х годов торговля через Тану и Кафу прервалась, в Визангни вскоре возник серьезный недостаток ржи и соли. В контрактах Кафы за XIII в. часто фигурируют большие транспорты ржи, ячменя и проса, отправляемые в Трапезунд и Самсун. Урожаи зерна у алан и черкесов находили быстрый сбыт у татар в неплодородном Крыму. В обмен на товары, предоставляемые черкесами, генуэзцы предлагали им соль, рис, горчицу, пряности, хлопчатобумажные ткани, хлопок-сырец, мыло, благовония, в том числе ладан, имбирь (мешая который с медом, черкесы варили крепкий напиток). Черкесская знать охотно приобретала дорогие сорта тканей, предметы роскоши — ковры, ювелирные украшения, художественное стекло, богато украшенное оружие. Торговля носила по преимуществу меновой характер, денежные отношения с трудом проникали в эту сферу (аспры служили генуэзцам главным образом для торговли с татарами). В качестве единицы товарообмена выступал бокассин — мера простой ткани, достаточной для пошива одной мужской рубахи. Торговля велась на неравноправной основе, поскольку адыги не знали истинной ценности предлагаемых им на обмен товаров. Сотрудничая с местной верхушкой, купцы не церемонились с рядовыми людьми. Так, черкесов, живших в Копе, генуэзцы принуждали к заключению выгодных для себя сделок под угрозой лишения их соли, так необходимой для засолки рыбы. Один из параграфов Устава 1449 г. предписывал всю неиспользованную в Копе соль привозить обратно в Кафу или бросать ее в море под угрозой взимания крупного штрафа в случае неисполнения предписания. Население колоний Северо-Западного Кавказа, кроме того, отбывало налоговую повинность в пользу Генуи, пытаясь освободиться от нее. Местную знать, напротив, колонизаторы поощряли богатыми подарками (Генуя выделяла для этого специальные средства), приглашали ко двору консула Кафы. Князья Мапы и Таманского полуострова субсидировались ежегодной суммой из Генуи, естественно, с целью удержания их в зависимости. Пытаясь упрочить свое положение, генуэзцы рука об руку выступали с папским Римом в попытках окатоличить местное население — во многом православное.