Однако нельзя не отметить один из результатов действий императорских войск. Когда в 965 году скончался Лев VIII, римляне направили в Саксонию к императору свою делегацию, чтобы тот назвал своего кандидата. Намеченный императором Иоанн XIII (965–972) благодаря этому получил большинство голосов, таким образом, избрание было каноническим.
Император Оттон II (972–983) не очень занимался Италией, ибо дома его донимали свои противники. Это способствовало тому, что в Риме вновь к власти пришла партия аристократов. Почти полвека семейство Кресченциев распоряжалось папским престолом. Сын уже упоминавшейся выше Теодоры Младшей, Кресченций, велел заточить в Замок Святого Ангела и убить выдвинутого императором папу Бенедикта VI (973–974). Папу Бонифация VII из рода Кресченциев (973–984) войска императора в свою очередь изгнали из Рима, и Бонифаций, захватив церковные ценности, бежал, не останавливаясь до самой Византии. Вновь папство на протяжении многих десятилетий оказалось между молотом и наковальней, воюющими между собой германским императором и римской аристократией. В 983 году в Германии скончался Оттон II, и на троне оказался 3-летний Оттон III. Воспользовавшись этим, Кресченций путем убийства новых пап восстановили свою власть.
Положение изменилось лишь тогда, когда в 996 году Оттон III взял власть в свои руки и вновь навел порядок в Риме. Оттон, как только получил церковный сан его дальний родственник — немецкий епископ, возвел его на папский престол. Григорий V (996–999) был первым немцем, ставшим папой, за которым последовал затем целый ряд его соотечественников. Уверовавшая в поддержку Византии римская аристократия, возглавляемая Кресченцием, не хотела мириться с немецким господством. Папа, ставленник Оттона, был вновь изгнан, и на папский престол возведен антипапа. Но за это император страшно отомстил. В 998 году Кресченций был обезглавлен на крыше Замка Святого Ангела, антипапа (Иоанн XVI) — низложен, изувечен и, привязанный к спине осла, изгнан из города.
Оттон III не возобновил Оттонианум (Оттоновы привилегии) для пап, а полностью подчинил их своей власти. Он сделал попытку ликвидировать также власть крупных феодалов, но с небольшим успехом. Оттон возвел на папский престол под именем Сильвестра II своего приближенного, учителя и друга, француза Герберта, архиепископа Реймсского, занимавшего папский престол с 999 по 1003 год. Здесь прослеживается аналогия: император Оттон мнил себя новым Константином, во время правления которого папой был Сильвестр I. Император Оттон III и папа Сильвестр II мечтали о Христианской республике, и это воодушевляло их на реставрацию империи. Однако в 1002 году бунт римской аристократии побудил к бегству молодого императора-мечтателя и папу: их власть была еще недостаточной, чтобы держать в узде римлян.
Когда произошло образование венгерской государственности, Оттон III и папа Сильвестр II предполагали осуществить идею христианского универсализма, в соответствии с которой в 1000 году Святой Иштван получил из рук Сильвестра корону. Характерно, что Иштван испрашивал корону не у Византии, хотя венгерскую церковь организовали латинские и греческие миссионеры. Присылка короны была также символическим актом, означавшим независимость страны: тем самым папа признавал Иштвана суверенным христианским монархом, в семье которого власть передается по наследству. Одновременно это символизировало божественное происхождение власти. Иштван в свою очередь даровал свою страну Святому Петру (поэтому позже, например, Григорий VII и Иннокентий III выдвигали требования вассальной субординации) и получил титул апостолического посла (отсюда апостолический титул венгерских королей). В более поздние времена венгерские короли в противостоянии сверхдержаве, Германской империи, пытались опираться на пап.
После смерти Оттона III (1002) род Кресченциев восстановил свое господство в Риме. В первой половине XI века вновь последовала череда пап, которые в гораздо большей степени зависели от аристократических партий, чем от германских императоров. Вначале всю полноту власти в Риме осуществлял сын казненного Кресченция, Иоанн, который, будучи патрицием, и назначал пап. После смерти Иоанна, наступившей в 1012 году, власть перешла к противной партии, к потомкам семейства Теодоры-Марозии, к дому графов тусколомских. Граф Аль-берих посадил на папский трон своего брата под именем Бенедикта VIII (1012–1024). Папу Бенедикта следует упомянуть в связи с тем, что лишь с него стало обычаем — в настоящее время это уже закономерное явление — менять при избрании в папы имя, до этого такие случаи были редки. Тусколомские графы жили мирно с далеким германским императором. Короля Генриха II (1002–1024) папа Бенедикт VIII в 1014 году короновал в Риме в императоры. Генрих был довольно щедр в Германии по отношению к высшему духовенству, но именно поэтому он был столь упорным в отстаивании своего права назначать епископов. Стоит также упомянуть о том, что Генрих в согласии с папой в 1022 году в связи с проводимым в Павии собором высказался за строгое наказание женатых священников и нарушителей целибата хотели покарать, исключив их из духовного сословия.
Последовавшего за Генрихом II Конрада II (1024–1039), который был коронован в Риме императором в 1027 году, Италия не очень интересовала. В Риме власть над папами он уступил аристократам. В 1024 году тосканская партия даже посадила на папский престол мирянина, брата скончавшегося папы. Иоанн XIX (1024–1032) за один день прошел все ступени церковной иерархии. Этот папа стал одиозной фигурой в связи с тем, что он за крупные суммы открыто занимался продажей епископских должностей. После смерти Иоанна папой вновь стал представитель тусколомских графов: молодой человек 18 лет, получивший имя Бенедикт IX. При нем симония расцвела в такой степени, что сам папа продал тиару и трон за довольно крупную сумму денег, предложенную покупателем, протопресвитером по имени Джованни Грациано, который под именем Григория IV (1045–1046) вступил на престол Святого Петра. Купленное папство неожиданно было поддержано теми, кто как раз и выступал противниками симонии, ибо новый папа этим актом хотел освободить папский престол от юнца Бенедикта, который вел позорную, развратную жизнь. Однако с куплей-продажей папского престола ни император, ни римские партии не были согласны. Вновь усилившаяся партия Кресченциев уже в противовес Бенедикту IX выдвинула антипапу в лице Сильвестра III. Таким образом, в 1046 году одновременно было трое пап: Бенедикт IX, Григорий IV и Сильвестр III.
Наконец Генрихи, императоры, происходившие из баварской (франконской) Салической династии, с помощью немецкого духовенства и церковного движения за реформы сломили власть римской аристократии. При Генрихе III (1039–1056) власть германских императоров достигла своего пика. Вновь временно пересеклись интересы императора и папы. Чтобы удержать в повиновении разбогатевшее высшее немецкое духовенство, императоры использовали папство. Поэтому Генрих III еще более решительно выступил в поддержку церковного движения за реформу, которая была направлена на ликвидацию анархии внутри церкви и на упрочение централизованного управления. Именно потому, что император сажал на папский престол своих приверженцев и через них мог держать в руках папство, оно превратилось в опору имперской власти. Поэтому восстановление авторитета папы, который тем самым мог воспрепятствовать устремлениям окрепших немецких епископов к самостоятельности, было в интересах императора.