Павел V, однако, отличался куда менее сговорчивым характером. Теперь папские легаты, как никогда прежде, часто искали аудиенций дожа, дабы уговаривать и убеждать его. Почему сенат недавно запретил строительство новых религиозных сооружений в городе без специального разрешения? Напрасно венецианцы доказывали, что стало невозможно содержать в порядке даже существующие храмы и монастыри, которые уже заняли половину города: подобные нехитрые аргументы просто не принимались во внимание, и сообщения от папы начали звучать в новом, угрожающем тоне. Таким образом, с самого начала правления нового папы две силы вступили в непримиримое противоборство. Венецианцы изо всех сил старались сохранить со Святым престолом хорошие отношения и даже включили фамилию Боргезе в списки родовитых семей города; но долго сохранять вежливую мину им не удалось.
Гроза разразилась в конце лета 1605 года, когда двое высокоученых клириков (впоследствии выяснилось, что один из них вовсе не был священнослужителем) подверглись обвинению со стороны венецианских властей: один — в неоднократных посягательствах на честь своей племянницы, другой — в «убийствах, мошенничестве, насилии и всевозможных жестоких действиях в отношении своих подчиненных». В обоих случаях Совет десяти отдал приказ начать немедленное расследование и взял на себя ответственность за суд над преступниками и их наказание. Папа немедленно ринулся в атаку. Эти двое заключенных, возражал он, были клириками и, следовательно, находились вне юрисдикции республики. Их немедленно следует передать церковным властям.
Спор продолжался в течение всей осени; затем в декабре папа отправил дожу два бреве. Одно касалось вопроса церковной собственности, другое — двух клириков. Если Венеция, во-первых, не аннулирует немедленно свои постановления и, во-вторых, не выдаст обоих заключенных, проклятие церкви падет на нее. Нечего и говорить, что венецианцы не собирались делать ни того, ни другого. Но время, когда конфликт можно было бы уладить дипломатическими методами, прошло. Теперь, чтобы представить сложившуюся ситуацию всему миру, республике требовался эксперт в области канонического права, одновременно сведущий в теологии, диалектике, политической философии, полемист, способный вести спор со всей необходимой ясностью, вооружившись логикой. Сенат не медлил: он послал за Паоло Сарпи.
Сарпи исполнилось пятьдесят три года; еще в возрасте четырнадцати лет он вступил в братство сервитов. Он пользовался широкой известностью благодаря своей учености, далеко перешагнувшей за пределы религиозного знания; действительно, он обладал скорее естественно-научным складом ума, нежели таким, который подошел бы теологу. Он оставил свой след в анатомии — открыл циркуляцию крови более чем за четверть века до Гарвея; за свои изыскания в оптике он заслужил признательность самого Галилея. Теперь в качестве официального советника сената он набросал ответ республики папе. «Князья, — писал он, — согласно Божественному закону, противодействовать коему не в силах человеческих, имеют право издавать законы о вещах земных, каковые находятся под их юрисдикцией; в увещеваниях Вашего святейшества нет нужды, ибо дело касается не духовного, но преходящего».
Папа не потерпел подобных доводов: по его замечанию, они «отдавали ересью». 16 апреля 1606 года он объявил в консистории, что, если Венеция в течение двадцати четырех дней не покорится полностью, отлучение и интердикт вступят в силу. Венеция, однако, не готова была ждать. 6 мая дож Леонардо Дона поставил свою печать на эдикте, адресованном всем патриархам, архиепископам, епископам, викариям, аббатам и настоятелям на территории республики. В нем он торжественно заявлял пред лицом всемогущего Господа, что приложил всевозможные усилия и испробовал всевозможные методы, чтобы папа уяснил себе законные права республики. Однако так как вместо этого папа замкнул свой слух и издал предостерегающее послание «вопреки разуму и всему, чему учит Святое писание, отцы церкви и Священный канон», республика официально объявляет, что это послание отныне ставится ею в ничто. Итак, клириков просят продолжать исполнять свои обязанности по-прежнему: заботиться о душах верующих и служить мессу. Протест оканчивался молитвенным обращением ко Господу с просьбой даровать папе осознание суетности его деяний, вреда, причиненного им республике, и правоты венецианцев.
Затем по совету Сарпи дож изгнал всех иезуитов (с самого начала принявших сторону папы) с территории республики и отослал папского нунция с такими словами:
«Монсеньор! Знайте, что мы, все до одного, тверды и всемерно преданы не только правительству, но и всему благородному сословию и народу нашего государства. Мы игнорируем Ваше отлучение; мы считаем его ничем. Подумайте теперь, к чему приведет Ваше решение, если другие последуют нашему примеру».