«Папа — настоящий простофиля, а его помощник — первосортный дурак. Оскорбление нанесено не только герцогу Пармскому — оно нанесено всему дому Бурбонов. Это акт мести, репрессалия против тех монархов, которые изгнали иезуитов. Если не ответить на эту возмутительную меру, римский двор, возглавляемый человеком, не ведающим никакой меры [в своих поступках], не остановится ни перед чем. Монаршее достоинство и династическое соглашение не позволяют оставить оскорбление, нанесенное принцам дома Бурбонов, безнаказанным».
Шуазель полагал, что кризис разрешится наилучшим образом, если французские, испанские и неаполитанские короли, представители дома Бурбонов, отправят совместный меморандум папе, где выразили бы изумление по поводу письма герцогу Пармскому — столь же оскорбительного, сколь и несправедливого. По его мнению, Святому престолу следовало отозвать свое бреве. В случае отказа папы дипломатические отношения с Римом прервутся до тех пор, пока он будет оставаться на престоле. Как и следовало ожидать, Климент действительно ответил отказом, и в июне 1768 года французская армия вновь оккупировала Авиньон и Венессен, а также Беневенто близ Неаполя, являвшееся с XI века папским фьефом.
Тем временем не удавалось разрешить и другую проблему: что делать с несчастными изгнанниками? Считалось, что их следует разместить в Риме, но специальная конгрегация кардиналов большинством всего в один-два голоса решила не давать им разрешения поселиться в городе. Число изгнанников измерялось тысячами; у ордена не хватало ни обителей, чтобы их расселить, ни денег, чтобы платить за их проживание. Была сделана попытка отправить около 3000 иезуитов-испанцев на остров Корсика, но она обернулась катастрофой. Уже около сорока лет на острове бушевало восстание против генуэзских властителей; повсюду шли бои, и у местных жителей едва хватало пищи, чтобы прокормить самих себя. Прибывшим разрешили провести на острове не более месяца, причем им пришлось самим добывать себе пропитание у недовольного, а иногда и проявлявшего открытую враждебность крестьянства. Через пять месяцев шестнадцать членов ордена из Кастилии скончались.
Затем 15 мая 1768 года Корсика перешла под власть Франции. Изгнав всех иезуитов со своей территории четыре года назад, король Людовик, разумеется, не собирался разрешить им заселить его новые владения. Их вновь собрали, посадили на французские суда и высадили в Сестри-Леванте между Генуей и Ла-Специей; предполагалось, что оттуда они втайне, понемногу, небольшими группами переберутся в Папскую область. Но с того момента, как они ступили на землю Италии, отношение к ним изменилось. Жалостливые итальянцы ужаснулись, увидев сотни монахов без гроша в кармане и крыши над головой, оборванных и худых, физически и морально измученных, бредущих неведомо куда. Климент не мог более держать двери перед ними закрытыми. В итоге они наконец получили доступ на папскую территорию, хотя им запрещалось появляться в Риме без специального разрешения генерала ордена.
Однако в державах, где правили Бурбоны, власти не питали к иезуитам никакой жалости. Теперь они желали полного уничтожения ордена и не удовлетворились бы меньшим. 16 января 1769 года, в понедельник, испанский посол в Риме вручил папе сообщение своего правительства. Климент принял его, благословил посла и отпустил его. Лишь после этого он открыл письмо и не принимал посетителей в течение следующих двух дней, отменив все аудиенции. Он пережил сильнейшее потрясение и унижение, от которых так и не оправился. Назначив специальное совещание консистории на 3 февраля, накануне ночью он перенес тяжелый сердечный приступ и к утру скончался.
В годы правления на его долю выпало немало горестей: это время оказалось отравлено ненавистью дома Бурбонов к Обществу Иисуса, за что Климент, разумеется, не нес ответственности. Однако ему не хватало воображения, и он отличался узостью мышления — тем более удивительной для венецианца. Возможно, будь он великим папой и прояви больше уверенности в себе и решительности, то смог бы защищать Общество куда лучше, но даже в этом случае Климент вряд ли смог бы изменить ситуацию радикально. Причина коренилась в самой эпохе: можно сказать, Просвещение и папа питали друг к другу взаимную неприязнь. Папство утратило свой престиж, а с ним во многом и власть. Христианская Европа обязана была выказывать Святому престолу почтение на словах, но этим дело в основном и ограничивалось.