Однако трудности оказались связаны не только с французской стороной. Для многих кардиналов Наполеон по-прежнему был олицетворением революции — той самой, что преследовала церковь, отобрала ее имущество, погубила множество священников, похитила папу римского и отняла у церкви светскую власть — в том числе возможность учить, лечить, помогать бедным. Пусть Наполеон мечет громы и молнии, думали они; пусть он угрожает расколом вроде того, что пережила Англия, или даже сделается кальвинистом и увлечет за собой Европу, но даже эти ужасы предпочтительнее сделки с Антихристом! В мае 1801 года переговоры едва не прервались, и французские войска во Флоренции начали готовиться к маршу на Рим. Лишь срочный приезд из Парижа в Рим кардинала Консальви, канцлера Папской области, спас ситуацию — и 15 июля стороны наконец подписали долгожданный конкордат. Но даже это не положило конец трудностям: ратификация договора едва закончилась и необходимые разработки законодательства еще продолжались, когда Наполеон в одностороннем порядке опубликовал свои семьдесят две «Органические статьи», еще более усилив хватку государства и дополнительно ограничив возможности вмешательства папы. Легации оставались в руках французов; то же касалось Авиньона и Венессена, церковь не получала назад ничего из своей прежней собственности. Стороны по-прежнему вели спор между собой, когда в мае 1804 года Наполеон провозгласил сам себя императором Франции. Вскоре после этого папа получил приглашение в Париж на коронацию.
Папа оказался в затруднительном положении. Европейские монархи, узнав о конкордате, пережили шок: они расценили случившееся как акт капитуляции. Если теперь папа отправится на коронацию этого корсиканского авантюриста, не говоря уже о том, что сам проведет ее, то репутация папства еще больше ослабеет. А император Франц, защищавший церковь в годы революции, как он отреагирует, увидев, как папа возлагает корону на голову его соперника — выскочки, безродного и невоспитанного? И в то же время папа понимал, что не может отвергнуть приглашение. Сказав себе, что по крайней мере само получение короны Наполеоном из его рук поднимет его престиж, он отправился через Альпы в сопровождении шести кардиналов.
По прибытии в Париж он обнаружил неожиданно открывшуюся возможность показать свою власть. Жозефина призналась ему, что они с Наполеоном до сих пор не обвенчаны, и папа наотрез отказался присутствовать на коронации, пока они не заключат церковный брак. Кардинал Феш, дядя Наполеона, совершил обряд — тайно, без свидетелей, и, к великому неудовольствию жениха, — накануне коронации. Но император отомстил папе. В день торжества 2 декабря 1804 года в соборе Парижской Богоматери он вначале заставил папу ждать целый час, а затем возложил обе короны сам, вначале на себя, а потом на Жозефину. Пию разрешили благословить короны, но этим дело и кончилось: в остальном он оказался низведен до роли простого зрителя. На великой картине Жака Луи Давида, посвященной описываемому событию, неудовольствие явно заметно на его лице.
Папа оставался во Франции еще четыре месяца. Несмотря на все усилия, ему не удалось добиться ни одной из главных целей, поставленных им перед собой: «Органические статьи» сохраняли силу. С другой стороны, он пользовался громадным успехом у населения. Стоило ему появиться на публике, а он не упускал ни одной возможности сделать это, как его приветствовали ликующие толпы, и люди рвались вперед, чтобы получить его благословение. Со времен революции маятник качнулся в другую сторону; Франция находилась на пороге католической реакции, и присутствие папы оказалось как нельзя более уместным. Когда наконец Пию пришло время возвращаться в Рим, вдоль его пути стояли еще более многочисленные толпы. Это путешествие ничем не напоминало его поездку в Рим из Венеции после избрания его папой — а ведь дело происходило всего пять лет назад.