Видимо, Оттон принял это решение в одностороннем порядке и без консультаций с кем-либо (нет никаких свидетельств о выборах папы по всем правилам), а потому можно полагать, что папа Иоанн до самой смерти был лишен поддержки, даже со стороны императрицы Феофано, которая поспешно вернулась в Германию, чтобы отстоять интересы своего трехлетнего сына Оттона III. Поэтому у него не было надежды уцелеть, когда ненавистный антипапа Бонифаций неожиданно возвратился из Константинополя в Рим, получив щедрую финансовую поддержку от императора Василия II (впоследствии прозванного Болгаробойцем). Иоанна схватили, жестоко избили и, как обычно бывало в таких случаях, заключили в замок Святого Ангела, где он умер через четыре месяца от голода или яда. Однако Бонифаций зашел слишком далеко. Даже для римлян убийство двух пап — это было уже чересчур. Он продержался на папском престоле одиннадцать месяцев, приказав ослепить кардинала-диакона, которого заподозрил во враждебных ему действиях, и затем, 20 июля 985 года, неожиданно умер. Был ли он убит? На сей счет нет надежных свидетельств, однако его посмертная судьба позволяет думать именно так. С него сорвали папские одежды, а его голое тело проволокли по улицам и выставили под статуей Марка Аврелия. Здесь оставленные на произвол толпы останки антипапы Бонифация подверглись неописуемым издевательствам — и поделом.
Новый папа, Иоанн XV, оказался приемлемым кандидатом и для курии, и для своего родственника Иоанна Кресценция (глава фамилии Кресценциев), в то время — фактического правителя Рима. (Поскольку Феофано с маленьким сыном находилась в Германии, империя ничего не имела против.) Следует заметить, что Иоанн представлял собой значительно улучшенный вариант Бонифация. Однако, несмотря на это, он отличался жадностью, алчностью и склонностью к бесстыдному непотизму и еще задолго до того, как стал папой, был непопулярен среди клириков и народа. Хотя он имел достаточно сильные связи с иностранными правителями и епископами (кстати сказать, именно Иоанн первым провел обряд канонизации), в Риме ему приходилось довольствоваться ролью марионетки Иоанна Кресценция, который обеспечивал ему некоторую защиту. Однако в 988 году Кресценций умер, а его брат Иоанн Кресценций II, наследовавший ему, захватил власть в папском государстве и держал папу под домашним арестом — так, в 991 году синод французских епископов жаловался, что он отказался допустить их посланцев к его святейшеству; папскому канцлеру Льву пришлось признать — его хозяин пребывает в столь горестном и угнетенном состоянии духа, что не сможет дать им удовлетворительный ответ. Четыре года спустя, преследуемый Кресценцием и ненавидимый духовенством, Иоанн бежал из Рима и нашел убежище в Сутри. Летом того же года он отправил посланцев к юному Оттону III, которому было тогда всего пятнадцать лет, с просьбой о помощи. Оттон ответил немедленно, и угрозы нового марша имперской армии на Рим оказалось достаточно, чтобы римляне пошли на мир.
Иоанна пригласили обратно в Рим и со всеми почестями вновь водворили в Латеранском дворце. Однако еще задолго до того, как армия достигла города, его свалил сильный приступ лихорадки. Через несколько дней он скончался.