Нежелание Бруно принимать это предложение было вполне искренним и в то же время едва ли неожиданным. Он согласился принять его лишь при условии, что его назначение будет немедленно одобрено после того, как он прибудет в Рим, клириками и народом, и когда ему это обещали, отправился в Вечный город в январе 1049 года, одевшись как простой паломник. Сразу же по прибытии его провозгласили папой и ввели в сан под именем Льва IX (1049-1054), и вплоть до своей смерти в возрасте пятидесяти одного года этот высокий, рыжеволосый, выглядевший как настоящий воин, эльзасец — он фактически командовал армией во время одного из походов Конрада II в Италию — продемонстрировал качества настоящего лидера, которого церковь давно ожидала.
До сей поры папство оставалось по преимуществу римским институтом; Лев IX сделал его поистине интернациональным. Он все время был в разъездах, путешествуя то по Южной Италии, то по Франции и Германии, председательствуя на синодах, яростно обличая симонию и браки священников, проводя роскошные церемонии и проповедуя перед огромными толпами. Благодаря ему папство заняло в Европе положение, какого не имело прежде ни при одном понтифике. Он также сделал интернациональной и саму курию. Папу более не окружали своекорыстные, постоянно интригующие церковники, происходившие по большей части из римской знати. Лев собрал вокруг себя самых различных людей, таких как пылкий аскет Петр Дамиан (Дамиани) — учитель церкви и предшественник Франциска Ассизского в качестве апостола добровольной бедности, как блистательный аббат Гуго Клюнийский, под чьим влиянием средневековое монашество достигло своего апогея, как Фридрих Лотарингский, аббат Монтекассино, позднее папа Стефан IX (1057-1058), и кардинал Гильдебранд, который под именем Григория VII (1073-1085) стал одним из крупнейших церковных деятелей Средневековья.
Едва ли церковь могла предполагать, откуда последует новый удар. Король Франции Генрих I, не желавший, чтобы папа вмешивался в производившиеся им назначения на церковные посты, запретил своим епископам присутствовать на синоде в Реймсе, который состоялся в первый же год понтификата Льва IX. Примерно двадцать из них ослушались его, но вскоре раскаялись в том, что поступили так. При открытии синода Лев IX потребовал, чтобы каждый из церковников по очереди встал и объявил, брал ли он деньги при своем поставлении на должность. Призналось не менее пятерых. Их простили и восстановили на их кафедрах. Одного из них, самого архиепископа Реймсского, вызывали в Рим, чтобы он там защищал себя. Другого, епископа Нантского, который наследовал собственному отцу в своем диоцезе, лишили духовного сана. Однако еще один, епископ Лангрский, бежал и был отлучен от церкви. Архиепископ Безансонский, пытавшийся защитить его, в буквальном смысле был поражен немотой при произнесении своей речи, из чего присутствующие сделали соответствующие выводы.
Однако когда Лев умирал, его наполняла горечь и разочарование по двум причинам. Первая — норманны. История с ними началась примерно в 1015 году, когда группа приблизительно из сорока паломников — молодых норманнов явилась в храм Святого Михаила Архангела на Монте-Гаргано, на этом странном скалистом выступе, который можно назвать лодыжкой Италии и который вдается в Адриатическое море. Увидев в этом малонаселенном и неуправляемом краю отличную возможность для себя, они легко дали убедить себя местным лангобардам остаться в Италии в качестве наемников с целью изгнать византийские оккупационные силы с полуострова. Весть об этом вскоре достигла Нормандии, и если поначалу это была небольшая группа авантюристов, то теперь началась постоянная иммиграция. Сражаясь за тех, кто больше заплатит, они вскоре добились того, что им стали давать землю в виде платы за свою службу. В 1030 году герцог Серджо Неаполитанский пожаловал их предводителя Райнульфа графством Аверса. С этого времени сей процесс приобрел устойчивый характер. К 1050 году норманны очистили от византийцев почти всю Апулию и Калабрию, и папа Лев, видя нарастание угрозы на южных границах своего государства, объявил священную войну и направил против них армию.