Не ограничившись нападками на учение и богослужение Православной Церкви, Толстой в 1880-е годы принялся за переделку Евангелия и издал несколько сочинений, в которых Евангелие было «очищено» от мистики и чудес. В толстовской версии Евангелия отсутствует рассказ о рождении Иисуса от Девы Марии и Святого Духа, о воскресении Христовом, отсутствуют или в искаженном виде представлены многие чудеса Спасителя. В сочинении под названием «Соединение и перевод четырех Евангелий» Толстой представляет произвольный, тенденциозный и временами откровенно безграмотный перевод отдельных евангельских отрывков с комментарием, отражающим личную неприязнь Толстого к Православной Церкви.
Антицерковная направленность литературной и нравственнопублицистической деятельности Толстого в 1880–1890-е годы вызвала резкую критику в его адрес со стороны Церкви, лишь еще более ожесточившую писателя. 20 февраля 1901 года решением Святейшего Синода Толстой был отлучен от Церкви. Постановление Синода содержало следующую формулу отлучения: «…Церковь не считает его своим членом и не может считать, доколе он не раскается и не восстановит своего общения с нею». Отлучение Толстого от Церкви вызвало громадный общественный резонанс: либеральные круги обвинили Церковь в жестокости по отношению к великому писателю. Однако в своем «Ответе Синоду» от 4 апреля 1901 года Толстой писал: «То, что я отрекся от Церкви, называющей себя православной, это совершенно справедливо… И я убедился, что учение Церкви есть коварная и вредная ложь, практически же собирание самых грубых суеверий и колдовства, скрывающее совершенно весь смысл христианского вероучения». Отлучение Толстого было, таким образом, лишь констатацией того факта, которого Толстой не отрицал и который заключался в сознательном и добровольном отречении Толстого от Церкви и от Христа, зафиксированном во многих его сочинениях.
До последних дней жизни Толстой продолжал распространять свое учение, которое приобрело многих последователей. Некоторые из них объединились в общины сектантского характера — со своим культом, в который вошли «молитва Христу-Солнцу», «молитва Толстого», «молитва Мухаммеда» и прочие произведения народного творчества. Вокруг Толстого сформировалось плотное кольцо его почитателей, которые бдительно следили за тем, чтобы писатель не изменил своему учению. За несколько дней до смерти Толстой неожиданно для всех тайно покинул свое имение в Ясной Поляне и отправился в Оптину пустынь. Вопрос о том, что влекло его в сердце православного русского христианства, навсегда останется тайной. Не доехав до монастыря, Толстой слег с тяжелым воспалением легких на почтовой станции Астапово. Сюда к нему приехала жена и еще несколько близких людей, которые застали его в тяжелом душевном и физическом состоянии. Из Оптиной пустыни к Толстому был прислан старец Варсонофий — на тот случай, если перед смертью писатель захочет принести покаяние и воссоединиться с Церковью. Но окружение Толстого не оповестило писателя о его приезде и не допустило старца к умирающему — слишком велик был риск разрушить толстовство разрывом с ним самого Толстого. Писатель умер без покаяния и унес с собой в гроб тайну своих предсмертных духовных метаний.
В русской литературе XIX века не было более противоположных личностей, чем Толстой и Достоевский. Они различались во всем, в том числе в эстетических взглядах, в философской антропологии, в религиозном опыте и мировоззрении. Достоевский утверждал, что «красота спасет мир», а Толстой настаивал на том, что «понятие красоты не только не совпадает с добром, но скорее противоположно ему». Достоевский верил в личного Бога, в Божественность Иисуса Христа и в спасительность Православной Церкви; Толстой верил в имперсональное Божественное бытие, отрицал Божество Христа и отвергал Православную Церковь. И все же не только Достоевский, но и Толстой не может быть понят вне Православия.