Хотя Персею пришлось воевать почти одному, начало войны не принесло славы римскому оружию. Первое же крупное столкновение в Фессалии кончилось поражением римской конницы и легко вооруженных, что вызвало в Греции новую волну симпатий к Персею. Однако вместо того, чтобы воспользоваться этим для перехода в наступление, он малодушно завел переговоры о мире, и не его вина, что из них ничего не вышло (римляне потребовали безусловной сдачи). Римское командование было бездарно, солдаты недисциплинированы Своими насилиями они вызвали недовольство населения и жалобы римских союзников. Несмотря на эти благоприятные для него обстоятельства, Персей после нескольких мелких сражений очистил Фессалию и отступил в Македонию, отказавшись тем самым от наступательной войны.
Следующие две кампании (170 и 169 гг.) шли так же вяло, но Персей развил за это время усиленную дипломатическую деятельность. Она дала некоторые результаты благодаря активизации македонского флота в Эгейском море и кажущейся неспособности Рима победоносно закончить войну. У родосцев снова взяла верх промакедонская партия, и даже Эвмен, как говорили, вступил в какие-то таинственные переговоры с Персеем. В начале 168 г. родосцы, торговле которых война мешала, энергично взялись за посредничество для заключения мира. Но это дало только обратные результаты: сенат решил во чтобы то ни стало кончить войну быстрой победой.
Одним из консулов на 168 г. избрали Люция Эмилия Павла (сына Эмилия Павла, погибшего под Каннами). Он был небогатым человеком и, хотя принадлежал к старой знати, не играл очень большой роли в политической жизни. Здесь сказывалось и его родство со Сципионами. Зато Люций Эмилий Павел пользовался репутацией отличного полководца (он выдвинулся в испанской и лигурийской войнах) и безукоризненно честного человека. Прибыв на театр военных действий, новый главнокомандующий быстро восстановил упавшую дисциплину и перешел к решительным действиям. Ему удалось обойти укрепленные позиции Персея в южной Македонии и заставить его отступить к г. Пидне. Здесь 22 июня 168 г. произошла знаменитая битва, положившая конец Македонской монархии.
Первый удар македонской фаланги был настолько силен, что римский авангард оказался смятым, и даже легионы стали отступать к возвышенностям, находившимся возле самого римского лагеря. Поседевший в боях Эмилий Павел никогда не видел ничего более страшного и впоследствии, по словам Плутарха, часто вспоминал о том впечатлении, которое произвела на него атака фаланги. Но сама стремительность удара погубила македонян. Ряды фаланги кое-где разорвались вследствие быстрого преследования ими римлян и неровностей почвы. Эмилий воспользовался этим и, перейдя в наступление, бросил манипулы в образовавшиеся интервалы. Римляне стали нападать на македонян с флангов и с тыла, приведя их ряды в полное расстройство. Великолепная македонская конница в эти трагические минуты стояла в полном бездействии, а затем, видя поражение пехоты, стала уходить с поля боя. Персей, растерявшись и думая только о спасении своих сокровищ (он был чрезвычайно скуп), первым показал пример бегства.
Все было кончено менее чем за час. По словам Ливия (Liv., XLIV, 42), 20 тыс. македонян остались на поле боя, 11 тыс. попали в плен. Римские потери были до смешного малы. Персей убежал со своим золотом (у него еще оставалось более 6 тыс. талантов) на о. Самофракию в тщетной надежде воспользоваться правом убежища, которое давали самофракийские святыни. Там он сдался в плен вместе со всеми своими богатствами и с двумя сыновьями. Македонский царь был интернирован в Италии, где и умер несколько лет спустя. Его старший сын Филипп умер года через два после отца, а младший сын впоследствии служил простым писцом.
Битва при Пидне была решающим событием в завоевании греческого востока, уничтожив последнее крупное государство на Балканском полуострове. Однако даже теперь Македония не была обращена в провинцию. Сципионовские традиции внешней политики, несмотря на падение Сципионов, еще продолжали жить в Риме, поэтому Македонии оставили призрак независимости, но царскую власть уничтожили там навсегда. Страну разделили на 4 самостоятельные, абсолютно изолированные республики, жители которых не могли сноситься друг с другом, не могли вступать в брак и вести торговлю. У власти в каждой из республик была поставлена преданная Риму аристократия. Половина податей, которые Македония платила своим царям, теперь выплачивалась Риму. Македонянам было запрещено разрабатывать золотые и серебряные рудники, вывозить строевой лес и ввозить соль. Население было обезоружено, крепости срыты.